Después que Valdivia hubo alcanzado la merced que pretendía, pidió licencia al licenciado Gasca para irse, el cual se la dio con provisión y título de gobernador; así mismo le dió algunos desterrados que iban del Perú para Castilla que los llevase a Chile, y otros que estaban en la cárcel que habían sido secuaces de Gonzalo Pizarro, teniéndolos para castigar, Valdivia los pidió al licenciado Gasca le hiciese de ellos merced; el cual se la concedió, pues iban a servir al rey y en tierra nueva, conmutándoles la pena en aquel nombre de destierro. Siguiendo su camino llegó a Arica, donde estándose proveyendo de algunas cosas para su viaje, formaron delante del presidente muchas quejas de él; éstas por cartas que enviaron a Arequipa y de otras partes diciendo que iba amotinado y en servicio de el rey; porque los que iban con él robaban a los indios por donde pasaban y los metían en colleras, y que a los españoles que topaban por el camino les quitaban sus haciendas, los cuales males los hacía Valdivia todos, pues los consentía. Esto indinó en tanta manera al presidente Gasca, que mandó luego al capitán Pedro de Hinojosa, general que había sido en el Perú en servicio del rey contra Gonzalo Pizarro, fuese tras de él y donde lo alcanzase lo volviese preso. Hinojosa tomó veinte soldados arcabuceros, y se dió tanta prisa a caminar, que antes que Valdivia saliese de Arica lo alcanzó, y con todo buen término le dió a entender su venida y de lo que el presidente le mandaba. Valdivia le dijo que mucho en hora buena se hiciese así; aunque algunos soldados amigos y criados que allí consigo tenía le dijeron que si quería lo defenderían y se irían su jornada. A éstos reprehendió gravemente y proveyó que sus criados caminasen a Chile, y la gente que estaba en camino con los capitanes que la llevaban a su cargo continuasen su viaje y él se volvió preso a Lima con Hinojosa.

Antes que llegase en la corte del presidente había varios pareceres, y unos decían que volvería, otros que no, antes se afirmaban que como era hombre de guerra y había recibido aquella befa lo quería apostar, y que fácilmente lo podría hacer, pues llevaba gente consigo y se le llegarían otros muchos. Tratándose de ordinario en esto, llegó nueva de cómo venía Hinojosa y Valdivia con él, de que el presidente Gasca, viendo aquel nublado deshecho, recibió grandísimo placer en haber sucedido bien caso tan dudoso; mandó que le diesen cárcel conforme a su persona. Desde a pocos días, conocida su humildad, de la cual no le hacían sus émulos y que era mentira lo que de él se había dicho, teniendo tan buenos amigos y terceros, en especial un caballero de el hábito de Santiago llamado Alonso de Alvarado, mariscal de el Perú, que había venido con el presidente Gasca de Castilla y servido a su Majestad en aquella guerra, tuvo tan buenos medios en negociar, que breve le fué concedida licencia para irse.

En este tiempo parece andaba la fortuna jugando con Valdivia por las muchas contrariedades que de ordinario se le ofrecían; porque estándose aprestando para su viaje llegaron a la ciudad de los Reyes los que iban en la fragata contra él. Puestos delante del licenciado Gasca formaron su querella, diciendo de Valdivia muchos males: respondióles que diesen información de lo que decían, y como eran hombres mal pláticos de negocios, quejándose los treinta hombres que iban, entendiendo que cuanto más fuesen las quejas más hacían en su caso, siendo ellos propios los que habían de atestiguar contra él. Habiendo todos quejado no tuvieron con quien probar lo que decían; porque el que llevaba las probanzas como lo vió bien puesto, conforme a la orden que tenía, no las quiso presentar, porque no se entendiese le abonaba en lo que podía. Viéndose engañados, y que no podían hacer el efecto que deseaban, ni dan la información que les pedían y que volvía por gobernador, procuraron reconciliarse con él. Valdivia les prometió pagar todo el dinero que había tomado y que les daría de comer, que es dalles repartimientos de indios, a todos, y que fuesen amigos de allí adelante. Confirmados en amistad, le dió el presidente Gasca una galera que había hecho en Panamá para venir en ella a Lima cuando vino de Castilla, la cual Valdivia deshizo en Chile porque de armada no la podía sustentar, y le dió así mismo un navío en que se embarcó, que por quitar el decir a sus enemigos no quiso ir por tierra.

Navegando con buen tiempo llegó a la ciudad de la Serena, y mandó salir en tierra algunos hombres que fuesen a la ciudad y diesen aviso al pueblo de su llegada. Estos soldados llegaron a la ciudad y no hallaron gente alguna, que pocos días había los indios comarcanos, pareciéndoles que también eran ellos hombres como los de Copiapó, se concertaron todos y una mañana al amanecer entraron en la ciudad repartidos por su orden tantos a cada uno, fueron a sus casas como hombres que las sabían bien, dando en general una grita. Los españoles que salieron a ella, antes que se juntasen ni aprovechasen de cosa alguna en su defensa, los mataron todos, no escapando más de un pobre hombre metido en un horno. Éste llevó la nueva a Santiago, escondiéndose de día y caminando de noche. Visto por Valdivia que no tenía a qué detenerse allí, navegó al puerto de Santiago. Llegado, envió a hacer saber estaba allí, y viniéronle a ver los amigos que en la ciudad tenía. En este mismo tiempo, entre la gente que venía por tierra cuando Valdivia volvió preso de Arica, dos capitanes que venían por orden suya, sobre el mandar y otras cosas que se ofrecieron, vinieron en discordia, llamado el uno Juan Jufre y el otro Francisco de Ulloa, en que el capitán Juan Jufre se adelantó y prendió al capitán Francisco de Ulloa, y descompuesto de la gente lo trajo consigo. Después entre ellos hubo largo pleito hasta que vino por gobernador de Chile don García de Mendoza, que conociendo de la causa fué condenado el capitán Juan Jufre por el licenciado Hernando de Santillán que volviese a Ulloa cierta cantidad de dineros en recompensa de las cosas que le tomaron los soldados que consigo llevaba. Siendo todos llegados a Santiago, Valdivia se comenzó a aderezar para ir a conquistar la tierra de Arauco.