Después de llegado Villagra a la ciudad de Santiago, juntó los de el cabildo y les pidió le recibiesen como lo habían hecho las demás ciudades de el reino. Respondiéronle que Pedro de Valdivia había nombrado a Francisco de Aguirre por su sucesor y no a él; y que por este respeto en cumplimiento de lo que el rey mandaba, no había lugar a recibirle. Volvióles a decir con algunos que le ayudaban y eran hombres principales sustentando su parte, que después de haber hecho Valdivia el testamento por donde nombraba a Francisco de Aguirre, hizo otro en que anulaba aquél, y que de ello daría fe su secretario Cárdenas, que era el escribano ante quien se hizo, en el cual nombraba a Francisco de Villagra en el gobierno de el reino, y que este testamento Valdivia lo había llevado consigo en un cofre pequeño, en donde tenía sus escrituras, y que a esta causa no parecía. Algunos hombres de ropa larga decían que aunque el nombrado fuese Aguirre, no había lugar cumplirlo, por cuanto estaba fuera de el reino y Villagra recibido en la mayor parte de él. Anduvieron en estas pláticas algunos días, hasta que le pidieron parecer de letrados, y para determinarlo se juntaron el licenciado de las Peñas natural de Salamanca, y el licenciado Altamirano, natural de Huete, a los cuales encomendaron determinasen este negocio. Villagra en cabildo, tratando de lo que convenía a su recibimiento, estando en ello acudieron sus amigos armados a la puerta de el ayuntamiento con palabras bravas y fieros que hacían; poniéndoles temor lo recibieron contra su voluntad y por fuerza como hombre poderoso.

En este tiempo, Francisco de Aguirre, como tuvo nueva de la muerte de Valdivia, partió de los Juries, y en llegando a Coquimbo envió a los del cabildo de Santiago, que pues él era legítimo gobernador y sucesor en el gobierno por nombramiento de Valdivia, lo recibiesen por gobernador, llamándose señoría. Villagra, porque no se le metiese en Santiago, envió al camino quince soldados amigos suyos que estuviesen en guarnición corriendo los valles y rompiendo los caminos, poniendo espías en la parte que les pareciese para que no pudiesen pasar cartas sin que las tomasen y se las enviasen; y si alguna gente viniese de Coquimbo, a quien llaman también la Serena, le diesen aviso. Francisco de Aguirre, teniendo plática de esta prevención, puso así mismo otra guarnición cerca de donde la tenía puesta Villagra, con la misma orden. Villagra se hallaba en aquel tiempo con doscientos hombres bien aderezados, que a muchos de ellos había hecho amigos con esperanza que les daría de comer, que es dalles indios de repartimiento, en la ciudad de Valdivia; porque el gobernador Valdivia no había repartido aquella ciudad, donde había para todo; y como el interés atrae así las voluntades, los tuvo a todos por su parte. Aunque en Santiago, Aguirre tenía principales amigos, estaba tan apoderado Villagra de todo, que no le podían favorecer más de con el deseo.

Andando todos revueltos y desasosegados con aquella manera de discordia, trataron los de el cabildo con Villagra y oficiales de el rey, que para quitar de sí una confusión tan grande, que los dos letrados arriba nombrados, pues en el reino no había otros bien informados de la causa, diesen parecer cuál de los dos, Villagra o Aguirre, era legítimo gobernador; y que este parecer aprobarían por apartarse de tomar las armas, cosa tan dañosa para todo el reino; y que los pareceres se enviasen a la audiencia de los Reyes, para que en ella, vistos por aquellos señores, proveyesen lo que más conviniese al servicio de su majestad. Tratado con ellos en su acuerdo el licenciado Altamirano, dijo que por servir al rey y por la paz de el reino, él daría su parecer. El licenciado Peñas dijo que no daría parecer alguno si no se lo pagaban, y que en tal caso él lo estudiaría; y porque hubiese efecto, le dieron luego en oro cuatro mil pesos, que son casi seis mili ducados; y para el efecto los mandaron meter en un navío, que estaba surto en el puerto, y que se hiciese con ellos a la vela dentro en el golfo, porque no dijesen que estaban oprimidos. Estos caballeros letrados dieron de parecer que Villagra debía gobernar y no Aguirre, por razones que para ello dieron, al dicho de hombres discretos no bastantes, pues era cierto que Aguirre tenía por el título de el testamento de Valdivia mejor derecho. Con este parecer volvió el navío al puerto y traído a la ciudad de Santiago, después de haberlo visto en su ayuntamiento, quedaron de guardarlo hasta que de la audiencia de los Reyes viniese proveído lo mejor. Ya descansando algún tanto los unos y los otros, retiraron las guarniciones que tenían puestas. En el mismo navío enviaron a informar a la audiencia de los Reyes de el estado de Chile, pidiendo que su alteza proveyese.