Gobernando el reino del Perú el marqués de Cañete como visorrey que el emperador don Carlos había proveído, el rey don Felipe, después que heredó todos los reinos que su invitísimo padre tenía, por causas que le movieron, proveyó al reino del Perú nuevo gobierno, y así mismo al gobierno de Chile a Francisco de Villagra sacando de él a don García de Mendoza, hijo del marqués de Cañete, que gobernaba al Perú, por noticia que de Villagra tenía y cartas que había recibido de los cabildos y ciudades del reino en que lo enviaban a pedir cuando envió a Gaspar Orense a España a hacer sus negocios con el rey, queriendo hacerles merced con este proveimiento. Vino un sacerdote deudo suyo, hombre principal, llamado Agustín de Cisneros, que mucho lo había solicitado en corte. Partió de Castilla trayendo consigo la mujer de Villagra y algunas deudas otras; se embarcó en Sanlúcar. Llegado a Nombre de Dios halló buen aviamiento para la otra mar del Sur hasta que llegó al puerto de los Reyes, donde Villagra estaba; allí le dió los despachos que de la gobernación le traía. Luego se comenzó [a] aprestar para venir a Chile, y en el entre tanto envió un criado suyo con un traslado de su provisión para que constase la merced que su majestad le había hecho. Llegado que fué, algunos que con Villagra estaban bien y otros que con don García habían estado mal, se regocijaron y holgaron, aunque después que tuvo el gobierno en sí comenzaron a sentir su daño por la mala maña que se daba, que ser capitán o ser gobernador va mucho de lo uno a lo otro. Villagra, para tan gran cosa como le había llegado, hallábase pobre de dineros; mas como tenía tan buena mano en buscarlos procurándolos con el crédito del gobierno y la gran fama que tenía aquella provincia de minas ricas de oro, halló más de los que hubo menester que le prestaron a pagar en Chile, y algunos de los que se los dieron se vinieron con él, creyendo que de más de cobrarlos les hiciera alguna merced en aquel reino, y fué Dios servido que el uno de ellos murió a manos de indios muerte muy cruel, y el otro vivió pocos días pobre, pudiendo vivir en el Perú ricos.

Aderezado Villagra, se embarcó con su casa y algunos soldados que con él quisieron venir; navegando con buen tiempo llegó a la ciudad de la Serena, llamada Coquimbo por otro nombre, ques a la entrada del reino; desde allí se vino por tierra a la ciudad de Santiago, donde le estaban esperando de todo el reino muchos vecinos y hombres principales. La justicia y regimiento le tenían aparejado un recibimiento, el mejor que ellos pudieron, conforme a su posible. En la calle principal, por donde había de entrar, hicieron unas puertas grandes, a manera de puertas de ciudad, con un chapitel alto encima, y en él puestas muchas figuras que lo adornaban; y la calle toldada de tapicería, con muchos arcos triunfales, hasta la iglesia; por todos ellos muchas letras y epítetos que le levantaban en gran manera, dándole muchos nombres de honor; y una compañía de infantería, gente muy lustrosa y muy bien aderezada, y por capitán de ella el licenciado Altamirano, y otra compañía de caballo con lanzas y dagas, y más de mil indios, los más de ellos libres, con las mejores ropas que pudieron haber todos. En orden de guerra les salieron a recibir al campo, fuera de la ciudad, a la puerta de la cual quedaba el cabildo esperándole, con una mesa puesta delante de la puerta de la parte de afuera, cubierta de terciopelo carmesí, y baja a manera de sitial, con un libro misal encima para tomarle juramento, como es costumbre a los príncipes, que cierto, porque me hallé presente, toda la honra que le pudieron dar le dieron. De esta manera llegó a la puerta de la ciudad, encima de un macho negro, pequeño más que el ordinario, con una guarnición de terciopelo negro dorada, y una ropa francesa de terciopelo negro aforrada de martas; lo metieron en la ciudad como a hombre que querían mucho, y le habían tenido por amigo mucho tiempo. Después de las ceremonias del juramento lo llevaron a la iglesia debajo de un palio de damasco azul, llevándole dos alcaldes el macho por la rienda, y desde allí a casa del capitán Juan Jufre, que era su posada. Y habiendo sido informado Villagra que había necesidad de gente en la Concepción y Tucapel, [y que] a causa de la muerte de don Pedro de Avendaño se alborotaba la provincia, envió al capitán Reinoso con comisión que castigase y quietase aquellos indios, y le avisase de todo lo que entendiese que convenía a la quietud de la provincia.

Los indios, cuando supieron que Villagra venía por gobernador, se alegraron, diciendo que con él siempre les había ido bien, que querían tomar las armas y pelear, pues don García era ido, que les parecía se había de acordar de cuando lo desbarataron en la cuesta de Arauco, y había de querer vengar tantos cristianos como allí murieron; y pues le tenían por hombre que por la guerra no se le hacían bien sus cosas, que se juntasen todos y a un tiempo se alzasen y declarasen por enemigos, como lo hicieron. Francisco de Villagra, después que desembarcó en la Serena, parecía venir pronosticando al reino mal agüero, y que de su venida les había de venir mucho mal en general a todos, porque en desembarcando se inficionó el aire de tal manera, que dió en los indios una enfermedad de viruelas, tan malas, que murieron muchos de toda suerte, que fué una pestilencia muy dañosa, y por ella decían los indios de guerra, que Villagra no pudiendo sustentarse contra ellos, como hechicero había traído aquella enfermedad para matarlos, de que cierto murieron muchos de los de guerra y de paz.