En el tiempo que Pedro de Villagra estaba en la Concepción cercado de indios de guerra, el capitán Gabriel de Villagra residía en su casa en la Ciudad Imperial; y como los indios de aquella provincia supieron que los comarcanos de la Concepción habían tomado las armas e ido sobre aquella ciudad, trataron hacer ellos lo mismo e ir sobre la Imperial. Gabriel de Villagra, como le estaba encomendada aquella ciudad por el gobernador, y las demás a ella comarcanas, que eran otras tres ciudades, como tuvo esta nueva, hallándose con poca gente a causa de andar algunos vecinos y estantes sacando oro en los términos de Valdivia, tuvo necesidad de ir allá y enviar alguna gente a la Ciudad Imperial para su defensa si caso se ofreciese. Llegado a las minas de la Madre de Dios, que así se llamaban, tratándolo con Pedro Guajardo, vecino de Valdivia, y con el padre Diego Jaymes, sacerdote que allí estaba, que sería bien que la ciudad de Valdivia, pues sus términos estaban de paz, consintiese llevar algunas personas a la Imperial por algún tiempo para seguridad de aquella plaza: éstos escribieron al consejo de Valdivia diciendo lo que les había dicho. Como de ordinario acaecer suele, vistas las cartas en su ayuntamiento, salen añadiendo más, diciendo que el capitán Villagra volvía aquella ciudad a llevar gente, y tomar a los mercaderes la ropa que tenían y repartirla entre soldados; y que decía había de llevar treinta hombres para sustentar aquel pueblo: que no era justo perder sus haciendas y casas por sustentar las ajenas, que todos de conformidad le defendiesen la entrada; y como no había más de tres meses que había hecho gente en compañía del capitán Lorenzo Bernal, y las llagas estaban frescas en general diciendo los había agraviado, estaba mal quisto. Los del cabildo, tomando la mano, trajeron a su voluntad a todos los demás, porque es cierto estando los ánimos desdeñados, pequeña ocasión basta para hacerlos inclinar a venganza. Luego le escribieron, diciendo habían entendido venía aquella ciudad a hacer gente: que como capitán, ni como soldado, ni de otra manera alguna no viniese a ella, porque le defenderían la entrada. Recibida esta carta estuvo indeterminable, quisiera venir y castigar una desvergüenza como aquella, mas hallábase sin gente para poderlo hacer. Por otra parte era informado que toda la ciudad estaba en arma, y que de noche dormían en la plaza todos juntos, y tenían en la iglesia cuerpo de guardia, y que no había ninguno que voluntariamente no tomase las armas, sino eran pocos, y éstos le escribían no viniese por evitar escándalo, que lo habría, y si se revolvían habría muertes causadas por pequeña ocasión. El licenciado Peñas, que era teniente de gobernador en aquella ciudad, no sólo no lo quiso remediar, mas se supo después que de secreto les daba favor y decía cómo se habían de regir. Quitaron los barcos que en el río tenían y todas las canoas en que pasaban, y para más seguridad pusieron guarnición de soldados y vecinos de la ciudad; hacían estas cosas con tanta calor, que entendido por el capitán Villagra se volvió a la Imperial. Los vecinos de Valdivia, aunque supieron se había vuelto, no dejaron de velar la ciudad y tener espías en los caminos, porque no se les entrase sin sentirlo; creían ser ido a la Imperial a rehacerse de gente y volver sobrellos; por cuyo respeto, recelándose, trataron informar al gobernador, que estaba en la Concepción, de lo sucedido, dando colores a su yerro, y para negociarlo enviaron a Cristóbal Ramírez, natural de la Bañeza cerca de León, en un navío del rey que estaba en el puerto de aquella ciudad. Embarcando en él trigo, harina, con otros bastimentos, llegó en dos días a la Concepción, e informando a su voluntad, sin haber contraditor alguno, proveyó el gobernador que el capitán Gabriel de Villagra no tuviese entrada en la ciudad de Valdivia en caso ni cosa que se ofreciese de justicia, ni de otra manera, sino el licenciado de las Peñas, como su teniente, y que apartaba la ciudad de Valdivia de su mando, y alzaba el recibimiento del concejo que en él habían hecho. Con este proveimiento volvió el embajador, de que no recibieron poca alegría los vecinos de aquella ciudad en haber salido con su intinción, aunque después lo pagaron todo junto.

Pasado esto, y los indios levantado el cerco que sobre la Concepción tenían, Pedro de Villagra determinó irse a la ciudad de Santiago y tener allí el invierno, y al verano, recogida la gente que del capitán Vaca había quedado y la del capitán Zurita, con la demás que podría juntar, volver a la Concepción haciendo la guerra en sus términos el verano siguiente; y encomendando la ciudad al capitán Reinoso, antiguo en las Indias, y prudente en cosas de guerra, por el cual respeto de entenderla tan bien se llevaba mal con el gobernador, porque Reinoso trataba y murmuraba de algunas cosas que hacía, que se podían hacer mejores, pues tomando a su cargo la defensa de aquella ciudad, el gobernador se embarcó en un navío con cuarenta soldados. En dos días llegó a la ciudad de Santiago, navegación de sesenta leguas: en el puerto le proveyeron caballos en que fuese a la ciudad. En ella fué bien recibido, que era bienquisto, aunque sin ceremonias de recibimiento.