Después de preso Pedro de Villagra y enviado al puerto con guardas que con su persona tuviesen cuenta, el capitán Costilla estuvo en la ciudad de Santiago el tiempo impetuoso de invierno, y a la entrada de primavera se embarcó y fué al Perú, llevando a Pedro de Villagra en su navío, que después se supo en el Audiencia de los Reyes había puesto demanda al capitán Costilla en que decía estando sirviendo al rey quietamente en el reino de Chile, entró con número de gente armada y le prendió. Este pleito anduvo en el Audiencia, aunque no se determinó: dijéronme que cuando llegó el capitán Costilla al puerto de los Reyes, y se dijo en Lima que Pedro de Villagra venía preso, le dijeron los oidores al licenciado Castro: "¿Vuestra señoría mandó prender a Pedro de Villagra?", y que les respondió: "Fué trato gallego", porque el licenciado Castro era natural de Galicia.

Rodrigo de Quiroga, teniendo a su cargo el reino, proveyó por su teniente general a Martín Ruiz de Gamboa, hombre suficiente por la plática de guerra que tenía, solícito y de buen entendimiento y discreto, al cual en un navío lo envió a la ciudad de Valdivia, para que de aquella ciudad y las demás a ella conjuntas trajese la más gente que pudiese, porque quería a la entrada del verano hacer la guerra a la provincia de Arauco y poblar la ciudad de Cañete, que Francisco de Villagra había despoblado, dándole comisión para que con los oficiales del rey que allí estaban pudiese hacer acuerdo y gastar de la hacienda real todo lo que le pareciese y tuviese necesidad. En este mismo tiempo Pedro Fernández de Córdoba fué recibido en la ciudad de Valdivia por teniente del gobernador; Pedro de Villagra. Estando en su cargo, comenzó a proceder contra el cabildo y pueblo por la resistencia que habían hecho a Gabriel de Villagra, teniendo presos en sus casas a unos y en la cárcel pública a otros, siendo tratados a su parecer ásperamente. Llegó a aquella ciudad un soldado que traía una carta habida en la de la Concepción, la cual decía cómo Rodrigo de Quiroga era recibido al gobierno y proveía en todas las cosas como gobernador. Esta carta hubo uno de los alcaldes, y con ella aquella noche habló a todos sus amigos, diciéndoles cómo Pedro de Villagra no era gobernador, y pues había nuevo gobierno, le parecía no debían de perder aquella coyuntura, y que por la mañana llamasen al capitán Pedro Fernández de Córdoba, diciéndole. habían venido despachos para el cabildo, que su merced se hallase presente, si le pareciese. Resumidos en este acuerdo, por la mañana se juntan en cabildo y se lo envían a decir. Descuidado de aviso cordobés, aunque era de Córdoba, no advertido de lo que le podría resultar, fué al ayuntamiento; estando dentro, le dijeron viese aquella carta, y por ella le constaría que Pedro de Villagra no era gobernador, sino Rodrigo de Quiroga; que su merced debía deponer el cargo. Respondióles que no habiendo más información de aquélla, no era bastante recaudo. Queriéndole quitar la vara, puso mano a su espada, y como estaba en lugar angosto, teniéndole en medio, se abrazaron con él; como eran muchos, quitáronle las armas y la vara, y le pusieron dos pares de grillos y guardas. Él les dijo que le diesen parecer de letrados de que su cargo era espirado, que él lo depondría. Juntáronse para este efecto el licenciado Agustín de Cisneros, natural de Medina de Ríoseco, y el licenciado Molina, de Almagro y el licenciado Peñas, de Salamanca; tratando de ello, dijo el licenciado Peñas, porque me hallé yo presente, que no quería dar su parecer si no se lo pagaban. Este fué el que por el parecer que dió entre Francisco de Villagra y Francisco de Aguirre sobre quién debía gobernar, le dieron cuatro mil pesos: Con esta respuesta se desavinieron, y quedó para otro día, que no se concertaron más ni se trató de parecer. Desde a tres días, estando todos comiendo, se quitó los grillos, y al pasar por donde estaban los guardas le defendió uno de ellos la salida, al cual dió una cuchillada en un brazo; haciéndole lugar se metió en la iglesia. Acudió luego todo el pueblo al repique de una campana, y cercaron la iglesia donde se había metido con un foso y muchos maderos con ímpetu de bárbaros, sin que le pudiesen meter comida ni otra cosa alguna, y una vez que le quiso meter una bota de agua un fraile de la Orden de San Francisco, mirándole si llevaba algo, le hallaron la bota; demás de quitársela, lo echaron de allí. Bien pudieran sacarlo de la iglesia si quisieran; dejáronlo de hacer, porque se metieron con él algunos hidalgos sus amigos, y porque no hubiese alguna muerte, queriendo evitar más el daño que el escándalo y alboroto: de esta manera que hemos dicho estuvo dos días. Viendo que se perdían por sed y hambre, acordó darse al vulgo, deponiendo ante todas cosas el cargo de teniente de gobernador: de esta manera salió de la iglesia. Depuesto el cargo, se fué a la Ciudad Rica, donde era vecino.

Desde a ocho días siguientes llegó a la ciudad de Valdivia Martín Ruiz de Gamboa, quedando concertado con el gobernador que para tantos días de enero del año de sesenta y seis estuviese con la gente que había de traer en el río de Biobio, abajo de la ciudad de Angol dos leguas. Llegado Martín Ruiz a la ciudad de Valdivia, fué recibido con infinita alegría, y porque salían de la pelaza en que habían estado con Pedro Fernández de Córdoba, corrieron toros y otros autos de placer.

El general proveyó por la comisión que llevaba tenientes de gobernador en todas las ciudades, y comenzó a hacer gente para acudir con tiempo donde tenía de hallar al gobernador; y para buen aviamiento hizo acuerdo con los oficiales del rey para pagar la ropa que se tomase de los mercaderes. Hizo gasto de quince mil pesos en ropa, caballos y armas, con tanta solicitud, que en cuatro meses se aprestó y salió de la ciudad de Valdivia para la Imperial, que es el camino por donde tenía de ir con ciento y diez hombres bien aderezados de caballos y armas.

El gobernador, después que despachó a su teniente general, como arriba se ha dicho, para su buen aviamiento, proveyó por su maestre de campo al capitán Lorenzo Bernal, teniendo entendido que era hombre que se le podía encomendar mejores cargos, por su buen entendimiento de guerra, comprando caballos de los vecinos de Santiago, en descuento de los pesos de oro que debían al rey, con que aderezar los soldados que trajo el capitán Costilla, que todos venían a pie. Mandó hacer fustes de sillas, muchas celadas y las demás cosas necesarias para la guerra; todo lo cual se hizo con gran presteza, y se proveyeron todos; y para llegar al río de Biobio al tiempo concertado con su general, partió de la ciudad de Santiago con trescientos hombres y ochocientos amigos. El artillería envió por la mar a la ciudad de la Concepción.

Por sus jornadas se puso en el río, y otro día llegó el general con ciento y diez hombres. Pasado el río, que era por donde se tenía de entrar a hacer la guerra, se juntaron los dos campos.