Caupolican por aviso que le dió Lautaro de la victoria que ganó a Villagra, le reforzó su destacamento i le dió orden de atacar la ciudad de la Concepcion. El dilijente Lautaro no perdió un momento de tiempo, i marcho hacia el Biobio, que lo paso sin contradiccion, i llegó a ponerse cerca de la ciudad 42 horas después de la, llegada de los españoles que repasaron el mismo río por su embocadura en el mar. Aun no comenzaban a llorar su repetida desgracia, cuando avisaron los centinelas avanzados que se acercaba a la ciudad un formidable ejército.
Confusos todos i despavoridos, no sabían qué partido tomar, i Villagra que había medido sus fuerzas con las de Lautaro, conociendo que no las podía contrarrestar, resolvió abandonar la ciudad. Se hizo este desalojo con la aceleracion que podía la presencia de un vencedor a quien son desconocidos los sentimientos de humanidad. Dispuso que se embarcaran las mujeres, niños i viejos i casi todos los 84 españoles que se salvaron en la pasada fascino, porque todos estaban heridos, i salieron luego para el puerto de Valparaíso (14 de marzo de 1554). El marcho con todos los además para la ciudad de Santiago (88), pero con tanta confusión, que si fuera perseguido de los enemigos, a pocos pasos hubieran sido víctimas de la cruel barbaridad. Se entretuvo su codicia saqueando la poblacion, que a poco rato quedó reducida a cenizas, i no advirtieron dar alcance a aquellos pocos fugitivos españoles. Después de doce marchas, llegaron con indecibles trabajos a la capital, en donde todos hallaron lo necesario en la caridad del vicario jeneral don Rodrigo Gonzalo Marmolejo, que abrió sus tesoros para socorrerlos.
Lautaro, ocupada la ciudad, la entregó al furor de sus tropas, i tuvo la arrogancia de prevenir a los indios penquistos que jamás poblasen aquella tierra, ni la destruyesen tanto que no quedase fragmentos de su desolacion para trofeo de sus gloriosas victorias. Blasono en presencia de su ejército su sobresaliente valor, porque pasó mas allá de lo que podan esperar, i supo vencer i hacer huir a los españoles, i les obligo a abandonar aquel establecimiento. De allí regresó al estado de Arauco a dar cuenta a Caupolican del. éxito feliz de las expediciones que se dignó fiar a su conducta. Celebraron mucho, días estas victorias con todos los regocijos de sus brutales costumbres.
Estas pérdidas no tuvieron bastante poder para hacer que Villagra olvidase sus derechos al gobierno. Desde. el camino escribió al ayuntamiento de la capital requiriéndole para que le recibiese como a Gobernador. El cabildo que i a se había puesto en este lance, se desentendió de la pretendida, i para manejarse diestramente tenia mandado en acuerdo de 17 de marzo, que Quiroga desistiese del mando del gobierno i lo renunciase. Este se negó a primera instancia, pero luego cedió así por evitar escándalos, como por dejar con honor lo que se le había de quitar con la fuerza, pues las tenían superiores Aguirre i Villagra.
El cabildo tomó en sí el gobierno de la capital i su distrito, i al requerimiento de Villagra respondió en acuerdo de 28 del mismo marzo, que al ayuntamiento tocaba gobernar en semejantes casos, i que llegando el tiempo en que debía volver a Arauco, le daría todo lo necesario para la sujecion de los araucanos. No hai duda que aquel ayuntamiento se manejo en este crítico lance con mui fina política, i surtió favorables efectos, porque viendo Villagra a sus rivales separados del pretendido mando, se aquietó por entonces.
Pero entró aquel cuerpo en los cuidados, que le daba la conducta de Aguirre, porque se presentó Fernando de Aguirre con una carta de su padre nombrándose en ella Gobernador de Chile (5 de julio de 1554). Se le respondió resistiendo su solicitud, protestándole que la estorbarían del modo que pudiesen, i para contenerle en sus deberes se le hizo una diputacion. Envió el ayuntamiento a Juan Gómez i Diego García de Cáceres a la ciudad de la Serena para requerir a su ayuntamiento no permitiese que Aguirre entrase en la capital con la jente que condujo del Tucumán, para evitar escándalos entre ella i la tropa que tenia Villagra, i que se comprometiese Aguirre e hiciese pleito homenaje, según costumbre de Castilla, de estar a la decisión que sobre este negocio hiciesen los letrados Julián Gutiérrez de Altamirano i Antonio de las Peñas.
El mismo requerimiento se le hizo a Francisco de Villagra, porque el ayuntamiento con juiciosa conducta se propuso hacer un convenio, que fuese capaz de evitar la guerra civil que amenazaba, sin perder de vista el sostiene conservacion de la ciudad imperial i Valdivia, a las que en una pequeña embarcacion se les dió aviso de la despoblaron de la Concepcion, i se les envió algunos socorros ofreciéndoles que en la siguiente primavera, se reforzarían sus guarniciones.
Villagra que era hombre prudente, de espera i advertido, i conocía mili bien de cuanto perjuicio son al real servicio i al Estado semejantes competencias, se conformo con las sabias disposiciones del ayuntamiento. Aguirre se negó con terquedad. Proteste que no estaría por ese partido, ni por otro alguno que no fuese admitirlo por Gobernador, i se entregó al desprecio su renuncia «porque vino noticia (así se lee en el acuerdo de 27 de agosto de 1554) que la tierra de arriba estaba en gran necesidad, i que aun se debía que eran muertos todos los cristianos que había.» Juramentaron a los dos letrados, i acompañados de Juan Fernández Alderete, Rodrigo de Araya, Juan Bautista Pasten i Alonso de Escobar, fueron conducidos a bordo del navío Santiago, surto en el puerto de Valparaíso i de partida para el Callao, para que expusiesen su dictamen sobre los puntos siguientes: 1,° Quien debía ser el Gobernador interino. 2.° De que modo se haría entrar al gobierno, la persona que fuese nombrada por la real audiencia de Lima. 3.° De qué modo se aseguraría el real erario, i como seria defendido del Gobernador, si intentase usar de el. 4.° De qué; arbitrios se habían de valer para que fuesen bien tratados los naturales en aquel caso. 5.° Qué medio debían tomar para que subsistiese lo mandado por Quiroga en el tiempo que fué Gobernador por el ayuntamiento. 6.° De qué modo harían para que la ciudad no quedase sin jente, i para que ninguno fuese llevado a la guerra sin su voluntad. 7.° Qué remedio pondrían para que el Gobernador no tomase los caudales de los vecinos contra su voluntad, si acaso lo intentase.
Puesto a bordo del espesado navío (1554), i en vela para el puerto del Callao, entregaron su dictamen a los comisionados, que el 4 de octubre estuvieron de regreso en la capital. Los letrados acompañados de Francisco Riberos fueron encargados de dar razón de su dictamen en la audiencia de Lima, como responsables de las consecuencias que de su ejecucion podían seguirse. Alderete, Araya, Pasten i Escobar, presentaron en pleno ayuntamiento el pliego de los letrados, que contenía su dictamen sobre los puntos consultados. Declararon nula la eleccion que hizo Pedro de Valdivia, porque tenia por objeto su interés particular, i por de mejor derecho la que se hizo en Villagra, por que sufragaron a esta cinco ciudades, i en las de Quiroga i Aguirre, a lo que mas, dos. I para salvar los demás puntos de la consulta, tiraron el rasgo de declarar que por tiempo de siete meses debía residir el gobierno en el ayuntamiento de la capital, porque conceptuaron que este era el tiempo que tardaría la resolucion de la audiencia, con la que necesariamente se habían todos de conformar.
En el mismo dia se hizo saber a Villagra esta decisión. Graduó de impertinente los siete meses de gobierno del ayuntamiento, i dijo: que haciéndose recibir por Gobernador de todo el país, no faltaba al juramento que hizo de estar a la decisión de los letrados, pues a estos no pertenecía mas la declaracion del gobierno en uno de los tres nombrados por Valdivia, o en uno de los elejidos por la ciudad. Pidió que dentro de media hora se le recibiese por Gobernador, sin limitacion alguna, i que sin dilacion se le diesen las providencias convenientes para repoblar la ciudad de la Concepcion, i para mantener las demás colonias.
El ayuntamiento se hubo en este negocio con alguna morosidad por ver si tomaba mejor temperamento. Villagra lo miraba ya con el ardimiento que pedía la peligrosa constitucion en que se hallaban los paises meridionales de aquel reino, i en auto del 17 del mismo octubre, le declaró sus derechos i su intencion de hacerse recibir por la fuerza, i su maestre de campo Gabriel de Villagra se puso sobre las armas con las tropas de su a mando. El cabildo que a la sazón se hallaba en casa de Villagra, ofreció darle, bajo los correspondientes seguros, todo el oro de las arcas reales con nuevo requerimiento para que se conformarse con el dictamen de los letrados, que le concedía el gobierno del país meridional, reservando por siete meses al ayuntamiento el de la capital i su distrito, contenido entre los ríos Choapa i Maule. I al mismo tiempo pidieron aquellos capitulares, que les dejase salir de su casa a la sala capitular, para celebrar en ella su acuerdo con toda libertad.
Villagra no desistió de su determinacion, i ellos se vieron estrechados a recibido, i lo verificaron bajo la protesta de fuerza. Esta conducta no le agradó a Villagra, porque de este modo no quedaba afirmado su gobierno, i por otro auto hizo ver que en haberse hecho recibir por la fuerza hacia, un especial servicio al reí i al estado, porque la defensa del país i su situacion, así lo demandaba. En el mismo auto pidió se le volviese a recibir voluntariamente, para quitar a Aguirre toda la esperanza que pudiera fundar de ser recibido en su ausencia. Se prestaba a afianzarles el daño que de ello les resultase; les hacia responsables de los perjuicios que necesariamente se rabian de seguir, si se presentaba Aguirre con jente o sin ella a inquietar la ciudad; pero el cabildo supo hallar arbitrio para dejar indeciso este negocio.
