Notando el Gobernador que Palantaru de la parcialidad de Puren i otros sus vecinos, no se apersonaron en el congreso, manifestó en él sus recelos de un rompimiento. I para sincerarse Paillamacu i Antupillan i asegurarle de su buena fé, le propusieron levantase poblaciones en las parcialidades de Catirai i de Puren para contener a sus habitantes, prometiéndole jente de trabajo para construir sus fortificaciones. Admitió el Gobernador la proposicion (1594) i fundó en Millapoa una ciudad con el nombre de Santa Cruz de Coya, para perpetuar la memoria de su esposa. Nombró dos alcaldes ordinarios, cuatro rejidores, i un escribano, i la puso a las ordenes del capitan Antonio de Avendaño, en calidad de correjidor. Sus primeros vecinos fueron 80, i fundaron en ella los relijiosos franciscanos i mercedarios. Su situacion era desagradable sobre una colina baja batida de todos los vientos, i sin agua corriente, que para beber i para los demas usos necesarios, cada vecino abria un profundo pozo en su casa, cuyos vestijios he visto muchas veces. Pero estos defectos no impedian su aumento, que todo lo suplia la proteccion del gobernador porque en aquellos remotos destinos raro es el hombre que tiene constancia i fortaleza para no dejarse llevar del viento que reina, aunque sea de malignas impresiones. Confieso que aquel país influye mucho en la adulacion, a que se inclinan servilmente sus habitantes. Tal era su mala situacion, que si los ocursos de la guerra no la despoblaran, ella hubiera medido su duracion con el gobierno de su fundador, que esta es la permanencia que produce la adulacion. Distaba del Biobio tres leguas por el oriente, ocho por el septentrion, sin que en todas sus inmediaciones se vea correr un pequeño arroyuelo que fertilize sus campiñas.

I para afianzar mas la, seguridad de aquel territorio, levanto dos fortificaciones. Una sobre el confluente de los rios Laja i Biobio, al norte de aquel, i se dedicó a San Rosendo. Al frente de esta, tres leguas al norte de la ciudad de Coya, estableció el fuerte de Jesus, sobre el mismo Biobio, en la ribera que cae al oeste, i lo puso al mando del capitan Juan de Rivadeneira.

Puso 50 soldados de guarnicion en cada uno de estos fortines, i pasó adelante visitando lo conquistado para, asegurarse del gobierno establecido en sus colonias, i poner buen orden en la administracion de justicia, en el laboreo de las minas, que se trabajaban con empeñosa codicia, i en el gobierno de los indios que servian. Hizo esta visita con demasiada celeridad, porque entro al mar del sur el pirata ingles Ricardo Hawkins, (1594) i aterrado sobre las costas de Chile intentaba desembarcar. Este ocurso le hizo regresar luego a la Concepcion, i sucesivamente a la de Santiago, para poner a cubierto toda la costa de su Gobernacion.

Viendo los araucanos empleadas las fuerzas españolas por la marina, les pareció no ser despreciable la ocasion con que les brindaba la fortuna, i que les incitaba mas por la ausencia del Gobernador, i sin mas motivo que no perder oportunidad de ofender a la nacion conquistadora, tomó Paillamacu las armas, i volvió a mover la guerra. Puso en movimiento a los belicosos indios de Catirai con su capitan Loncotehua, i dispuso que este animoso caudillo con 600 hombres escojidos allanase el fuerte de Jesus. Dividió Loncotehua su jente en tres escuadrones, i asaltó a media noche aquel establecimiento incendiando sus edificios. No esperaba Rivadeneira la sorpresa, i con todo no tuvo lugar en su esforzado animo la turbacion. Acudió pronto a su defensa, i puesto el mismo en la puerta, defendió de tal modo la entrada al mayor golpe de los enemigos que ni un solo paso pudieron avanzar por aquella parte. Pero incendiando todo el recinto de la plaza, abrieron brecha por otra parte i entraron apellidando victoria. El capitan Francisco Guajardo, segundo comandante del fuerte, oyó las voces i ocurrió a contener el ímpetu de los bárbaros que acertó a rechazar con daño de aquella chusma. Mas luego tuvo que acudir a defender la parte por donde acometia Loncotehua, que llevaba vencida la brecha, pero de un golpe de espada le dividió la cabeza hasta los hombros; i fué lo mismo que concluir, gloriosamente la accion, porque muerto el caudillo, se retiraren los araucanos con precipitacion.