Por fallecimiento del maestre de campo Alonso de Villanueva, se le dió el gobierno de Valdivia al capitan Francisco Jil de Negrete. Cultivó la amistad de don Juan Manqueantú, cacique de la Mariquina i acordó con él la reedificacion de la ciudad. Manqueantú habló a los de Valdivia i allanó su consentimiento. Pero Negrete, que conocia el carácter de aquellos hombres, se condujo con cautela i dispuso que el sarjento mayor Rivera reconociese el terreno ántes de emprender la poblacion. No estuvo de mas esta precaucion. Tenian dispuesta una emboscada i la descubrió Rivera casi a costa de su vida (diciembre 25 de 1647). Ya le tuvieron prisionero i el valor de sus soldados le libertó i regresaron a tomar sus embarcaciones. Descubierta la perfidia, desembarcó Negrete cuatrocientos hombres i fundó la ciudad de Valdivia con el título del dulce nombre de María. Las paredes de los edificios arruinados eran de piedra, i las injurias del tiempo no pudieron arruinarlas i por eso en pocos dias se pusieron a cubierto de cualquiera invasion.

Nada agradó a los indios esta recuperacion, i unidos de la comarca con los de Calle-Calle, Guanehue, Quinchilea i Riobueno, bajo la conducta de Alcapaguí, destruyeron todas las sementeras de que podian aprovecharse los españoles i tuvieron la arrogancia de atacar la ciudad con un cuerpo de seis mil hombres. Negrete les escarmentó con las armas de fuego; i puestos en desordenada fuga, hizo que un escuadron de caballería les picase la retaguardia i logro en ellos hacer tal destrozo, que en mucho tiempo no se vio un indio por aquellas inmediaciones.

Alcapaguí tentó por otro lado la fortuna Se valió de Maqueantú para que le introdujese en la amitad de Negrete i fué admitido, pero no sin cautela. Cortejaba mucho a los españoles para insinuarse en la voluntad de Negrete. I cuando ya le pareció que la credulidad de aquel jefe tenia confianza de su amistad, trazo un hecho capaz de acreditarle en el concepto de sus compatriotas i negociar con ellos le protejiese en sus ideas. Bajó a la parcialidad de Rarique, donde se finjió enfermo i pidió a Negrete le enviase medicinas i al P. Andrés de Lira, de la Compañía de Jesus, primer cura i capellan de la ciudad de Valdivia en su segunda fundacion, para que lo bautizase i dispusiese a morir cristianamente. Conceptuó el bárbaro que acompañaria al jesuita una partida de soldados i dispuso cojerles en la red. Se negó el gobernador i le ofreció enviar una lancha que le condujese a la ciudad, dónde seria bien asistido. Aparentó admitir i se le mandó embarcacion al mando del alferez Lunel con orden de mantenerse en medió del rio sin bajar a tierra. Se presento Alcapaguí a caballo en la ribera conducido por otro indio que le iba sosteniendo i finjió tan al vivo la enfermedad, que hizo caer a Lunel en la persuasion de que estaba gravemente malo. Mando que presentasen algunas frutas i les pidió que bajasen a tierra para refrescar. Olvidado Lunel de la orden de su gobernador, admitió incauto el obsequio i fué sorprendido por mas de cien indios que estaban emboscados. Tomaron a Lunel i ocho hombres que tripulaban la barquilla. Al mismo, tiempo i en el mismo lugar quitaron la vida a cuatro i a los demas los reservaron para sacrificar en sus asambleas.

Con las cabezas i manos de los difuntos convoco Alcapaguí para la guerra; i en breve tiempo se le juntaron tres mil hombres i con ellos ataco la ciudad. Negrete previno que no se les hiciese fuego hasta tenerlos a quema-ropa. Ellos, orgullosos, se arrimaron tanto, que batidos de la mosquetería i del cañon a metralla, perecieron muchos. Dejaron todos sus muertos i heridos por la necesidad de retirarse con demasiada celeridad i escarmentados se retiraron del territorio de la ciudad. Negrete mandaba salir partidas de caballería sobre las parcialidades de Chumpullí i Mamahualla; i haciéndoles buenas presas les hizo retirarse hasta Calle-Calle i le dejaron libre los ejidos de la ciudad