Concluidas con felicidad las negociaciones de paz, i terminada la cruel guerra con los indios, pasó noticia de ello al virei i a la corte, i fije aplaudida su conducta dándole gracias a nombre del rei. Desembarazado de aquellos enfadosos cuidados, resolvió dedicarse con eficacia al gobierno político i económico de su distrito para restablecer 1 reparar en la paz lo que arruinó la guerra. Dispuso trasladarse a la capital para recibirse de la presidencia, i dar principio a negocios de tanta arduidad. Entró en ella el 13 de mayo de 1671, i fue recibido con el alborozo de la popular aclamacion. Libertó la ciudad de la opresion en que se hallaba, con la que padecían algunas familias, que cargó sobre ellas el pesó de la justicia del juez pesquisidor del gobernador Meneses. De la pesquisa resultaron muchos comprendidos en sus excesos (el que gobierna jamás peca solo), i los indultó con perdón jeneral, i desembargados sus bienes, se les entregaron. Todo lo aprobó la corte menos el que hubiese tomado por confidente al auditor de guerra don Alvaro Nuñez de Guzman i a don Pedro de Ugalde, i por real cédula dada en Madrid a 9 de marzo de 173 le mandó el rei que los separase de su lado, porque habiendo hecho fuga de la prisión, fueron llamados por edictos i pregones, i sentenciados en rebeldía por principales cómplices en los delitos de aquel gobernador.

Estableció la libertad de comercio cortando el abuso de exijir derechos a los mercaderes por las licencias para traficar sus efectos, i les libertó de los gastos i molestias que padecían con aquella costumbre. Distribuyó los empleos políticos i militares, i las encomiendas de indios graciosamente, i quitó la inicua costumbre que había hecho venales aquellas mercedes i gracias, que se hacían a nombre del rei, i en virtud de real facultad. Se manifestaba con todos afable i cortés, i era pronto i desinteresado en el despachó de los negocios públicos i particulares; i porque fue invariable en esta practica en todo el tiempo que gobernó a Chile, se granjeó con estas cualidades el amor i la estimación de sus súbditos.

Puso buen orden en el gobierno de los indios de encomienda, i renovó la ordenanza de los gobernadores Pedro de Valdivia, don Francisco Lazó de la Vega, i don Antonio de Acuña i Cabrera, que prescriben su buen tratamiento, i las hizo publicar en 4 de octubre de 1671. Dispuso la limpieza i aseó de las calles de la capital, i dio orden para que se empedrasen. Intimó lo conveniente al convento de la Merced sobre los derrames de la acequia de su molino que inundaba la ciudad, i surtió el efecto de que se hiciese de cal i ladrilló con la latitud i profundidad que era menester para evitar aquel dañó, que hasta entonces ninguno pudo remediar por no entrar en ruidosas competencias con el convento, i su sagacidad lo supo alcanzar sin la temida desavenencia.

Estancó las nieves para aumentar las rentas de la ciudad, i estableció buen orden en todos sus ramos económicos. Mandó hacer la fuente de bronce, que adorna la plaza mayor de la capital, i surtió de agua al público. Reconoció por sí mismo el cauce del río Mapocho, porque a causa de una copiosa lluvia amenazaba inundacion, i para contener las aguas en 61, dispuso levantar espaldones de tierra i fajina, i tomó las providencias convenientes para que se concluyesen los tajamares o murallones que se hablan principiado, i por falta de caudales quedaron tan en principios, que la ciudad estaba en peligro de ser arruinada. I porque la esperiencia manifestó que los murallones de piedra tenian poca solidez, porque lavada la cal con los embates del agua se deshace su trabazon, ordenó se continuasen de cal i ladrillo por la mejor union de este material. I para que todo se hiciese con perfección, i se adelantasen aquellas obras, las puso a dirección de don Jerónimo de Quiroga, que era buen arquitecto, i libró sus gastos en el ramo de balanza (51), establecido en la capital en 1651 a solicitud de sus vecinos, i aprobado i destinado a sus obras publicas por real cédula de 20 de julio de 1663. Quiroga desempeñó bien su comision, i el gobernador, dejando excelentes disposiciones de gobierno para todo el obispado de Santiago, volvió a la ciudad de la Concepción en octubre del mismo año de 1671.