Luego que don Pedro de Valdivia tomó posesión del gobierno, volvió a nombrar por su teniente jeneral a Francisco de Villagra con título en forma, refrendado de su secretario Juan de Cárdenas. Hizo equitativa distribucion de las aguas para el cultivo de las chácaras (45). Puso mejor orden en la ciudad para la administracion de justicia. Concluyó el repartimiento de indios con respecto al mérito de los interesados, i todos quedaron contentos i satisfechos de la equitativa distribucion del gobernador, cosa mui difícil de alcanzar cuando se trata de distribuir premios; porque es natural propensión en el hombre pesar su mérito en la balanza del amor propio, i cada uno juzga el suyo por el mas sobresaliente. Renovó sus antiguas ordenanzas, sobre el cobro i pago de los diezmos. Ordeno la íntegra satisfaccion de este tributo debido al culto de la adorable Majestad, i amonesta sea de lo mas florido de los frutos que se cosechen.

Esperaba Pedro de Valdivia que de las provincias interiores del Perú pasasen españoles a Chile por el despoblado de Atacama. Era indispensable allanarles la, entrada, i resolvió recuperar la ciudad de la Serena i aldea de Copiapó. No podía hacer por sí mismo esta expedicion, pues meditaba hacer el descubrimiento i poblacion de todo el distrito de que se le labia hecho merced, i determinó confiarla a la conducta de Francisco de Aguirre. Era este capitán adornado de buen talento con discrecion para aplicarlo, i siempre supo usar bien de él en cuantos negocios se le encargaron. Pero resentido de que el gobernador no le hubiese dejado el gobierno cuando fué al Perú, se hallaba en ánimo de no admitir la comisión, i se dejó decir «que se echaba mano de él para las duras, i se olvidaban para las maduras.» Consolaríamos a Aguirre si le pudiéramos decir, que ese achaque se ha continuado hasta hoy en Chile. Los oficiales de desempeño son para los asuntos peligrosos i difíciles, i los de limitadas luces para los intereses particulares de los gobernadores, i éstos llevan los premios que son debidos a aquellos. Mas como los buenos servidores del Rei fácilmente olvidan los agravios i resentimientos , cuando se pone por medio su real servicio, proponerle el gobernador la empresa i el admitirla, toda fué una misma cosa.

Se aprontó Aguirre para la espedicion, i autorizado con el título de teniente de gobernador de aquel distrito, (Julio de 1549), marchó a la testa de 80 soldados que se le dieron para ella (46). El ayuntamiento de la de Santiago suplicó al gobernador que a la de la Serena se le quitase el título de ciudad por el de villa, i que se adjudicase a su jurisdiccion. No accedió aquel jefe a la súplica, i mandó se le conservase con el gozo de jurisdiccion señalada en su primer establecimiento, sin que se innovase cosa alguna. Transada esta pequeña dificultad, salió Aguirre para Coquimbo. Entró en la provincia extinguida tratando con severidad a sus habitantes. Tuvo con ellos varias guerrillas en las frecuentes emboscadas que le disponían i en las muchas  sorpresas con que le incomodaban en el nuevo establecimiento que fundó en el sitio que hoi tiene su habitacion (47). i para defenderse de estas invasiones, levantó un torreón que dominase la ciudad, i desde éste ventajoso sitio se defendía cuando era acometido, i salía a hacer corridas, las mas veces con buen efecto. Estas pérdidas les volvieron a poner el yugo de la sujecion, i tan afirmado, que si tuvieron ánimo de pensar en otra sublevacion, jamás se esforzaron a verificarla. Subyugados los coquimbanos, sin dificultad se sujetaron los del Huasco Copiapó, i reedificada la aldea, quedó franca la entrada en Chile por ambos caminos de la cordillera i despoblado de Atacama. Bien desempeñó Aguirre la comisión, i mereció el renombre de restaurador de aquella ciudad, i con este blasón se honran i lisonjean sus descendientes que hasta, hoy han perpetuado en ella su vecindad.

Desembarazado el gobernador de aquel cuidado, que su prudente sagacidad supo poner en buena mano, i desempeñado de sus deudas con el oro que le acopió Francisco de Villagra de los indios de su encomienda, le pareció conveniente enviar por mas jente, aunque fuese a costa de contraer nuevas deudas. Tan empeñado estaba en su heroica empresa, que nada reparaba. Comisionó a Francisco de Villagra para este importante encargo, (julio 17 de 1549), habilitado para él se embarcó en el puerto de Valparaíso, con destino al del Callao (setiembre de 1549). En lugar de Villagra, nombró para teniente de gobernador al licenciado Antonio de las Peñas, con título de justicia mayor del reino de Chile, espesando en él que por ser profesor del derecho le condujo desde el Perú para este fin, en descargo de la real conciencia i de la suya. ;Oh, i que bien gobernado estaría Chile si todas las elecciones de asesor tuviesen este objeto, i recayesen en hombres de tan buena conducta Pero ya hemos visto alguna vez, i no sin dolor, que esta eleccion se hizo por amistad contraía en los jardines de Venus, i recayó en un hombre, que si fué jurisperito, estuvo mui distante de ser jurisprudente, i son fáciles de inferir sus consecuencias. Para recibir Pedro de Valdivia al licenciado Peñas al uso del empleo, le mandó otorgar apelacion de sus sentencias para la real audiencia de Lima. En todo se hace admirar la justificacion de este famoso capitán. Con humilde sinceridad conoce que el hombre puede errar, i espesamente manda, se permita la apelacion a la real audiencia, que en nuestros tiempos la hemos visto detestar con odio implacable contra los apelantes, por mas que esté espesamente mandada i recomendada por las sabias equitativas leyes reales, tan propias de la notoria piedad de nuestros soberanos.

Satisfechos estos deberes, promulgó el Gobernador su viaje a los paises meridionales de su gobernacion i tomó prudentes medidas para hacerlo con acierto. Hizo testamento, i cerrado i sellado, le mandó archivar (20 de diciembre de 1549), imponiendo multa de cinco mil pesos al que se resistiese al cumplimiento de su última voluntad, en orden al nombramiento de Gobernador que hacia para el caso de fallecer en aquella espedicion. dió orden para que no encadenasen a los indios que hiciesen fuga, con multa de 500 pesos a los contraventores. Nombró de alcalde de minas a Mateo Díaz, i en su título librado en 2 de enero de 1550 le dice: «porque conocéis los indios naturales, i sabéis cuan mentirosos son i huidores, no por el mal tratamiento que en las minas se les hace, ni trabajos escesivos que se les dan en sacar el oro, no por falta de mantenimiento que tengan, si no por ser flojos, bellacos, i en todo mal inclinados, no embargante no se castigarán, i se tratarán bien.» La proteccion de estos miserables era uno de los cuidados que le llevaban la atencion a este piadoso Gobernador.

El vulgo estimó dudoso el buen éxito de esta empresa, i el capitán Pedro de Miranda, procurador jeneral de la ciudad de Santiago, a nombre de ella, pide al Gobernador, que la deje bien resguardada. Este jefe cuya animosidad era superior a los riesgos, respondió: que deja mas jente que la que condujo cuando la conquistó, i fundó; que ellos la aseguren con el cuidado como hombres de guerra; i les mandó intimar el siguiente auto: «su señoría, además de lo que le ha sido pedido i suplicado en este cabildo, por los señores justicia i rejidores, dijo: Que mandaba i mandó, que si viniesen navíos a esta gobernacion, i puerto de esta ciudad de Santiago, porque su señoría espera vendrán cuatro, que los navíos de su señoría que así vinieren, éstos vayan luego, i los despachen con toda- la jente de guerra, que en ellos viniere adelante a donde su señoría estuviere. i que no traigan a esta ciudad la jente de guerra, porque conviene que vayan luego a las dichas provincias a servir a S. M. I que su señoría les pide por merced a todos los señores de este cabildo, les provean de comida si hubieren de necesidad, o de lo que hubiere menester a los dichos navíos, i jente que en ellos viniere. i que los demás navíos de mercaderes i otra jente hagan a su voluntad, i por cuanto su señoría tiene por cierto, que por tierra vendrán con jente algunos capitanes de los que dejó, que los manden aviar, i avíen de esta ciudad lo mas breve que pudieren para que vayan a donde su señoría estuviere a servir a S. M.» Así se previno este animoso i prudente jefe contra los temores que advirtió en aquellos capitanes.

Trazados todos los negocios a su inspeccion, se puso en marcha entre los dias 2 i 7 de enero de 1550, con ciento cincuenta españoles i muchos indios del valle de Mapocho para que, por falta de bagajes condujesen los útiles para la campaña, i prometio volverlos desde Italia con Juan Gómez i Francisco Viveros, que le siguieron con este destino. Entró en las provincias de los promaucaes sus aliados, i sacó un grueso destacamento de auxiliares. Atravesó el caudaloso Maule, i se condujo hacia Italia. Los itatenses le hicieron alguna resistencia incomodándolo con emboscadas de poca consideracion. En marzo llego al valle de Penco sin pérdida alguna, i en él fundó la ciudad de la Concepcion del Nuevo Estreno sostenida de un pequeño fortín.

Impacientes los indios de Penco i su comarca por ver a los españoles establecerse en su tierra, se resolvieron a desalojarlos. Sigilosamente se convinieron con los de Andalien, Mocha, Gualpén i Talcahuano, que ascendían a cien mil habitantes, i nombraron por caudillo al famoso Ayllavilu (48). Los indios de Chile jamás reconocieron la superioridad, pero la necesidad de defender su país, les obligo a nombrar caudillo que les condujese en la guerra, mas sin la autoridad de que debe estar revestido. Admitió Ayllavilu el encargo. Dispuso el ataque, i fijó hora para él. No tomó sus medidas, ni libró sus disposiciones con el secreto que conviene en iguales circunstancias, i llegó a noticias de los españoles la conjuracion. El Gobernador envió a reconocer el ejercito enemigo i su situacion, i avisado de que se Hallaba al poniente del río Andalien, en las llanuras que se acercan a Talcahuano, le pareció mejor salir a encontrarle, para que los caballos pudiesen pelear, porque en esta ventaja consistía entonces la mayor parte de la fuerza.

En las vegas de aquel río se avistaron los dos ejércitos, i puestos ambos en observacion, procuró Valdivia esforzar a los suyos. «Estas, señores, les dijo, al frente de esos tan numerosos, como bien formados escuadrones de bárbaros. Vosotros mismos esperimentasteis, no pocas veces que su animosidad pasa mas allí de un esforzado valor. No ignoráis que de ninguna otra cosa presumen mas que de ser soldados. Sabéis que a la robustez de sus nerviosos cuerpos para pelear, añaden la astucia, la cautela i la prevencion, mui necesarias en la guerra. Me alegrara que no estuvierais tan experimentados de que su crueldad excede en mucho a la fiereza de las bestias. Nunca supieron rendirse o pedir cuartel i jamás acertaron a darle, i con cuanta serenidad presencia de animo sufren la, muerte, con . tanto mas rigor i mayor crueldad acostumbran darla. Mas no por esto penséis que mi ánimo es acobardaros. No, señores Persuadido estoi que los mas peligrosos riesgos estimularon siempre nuestra osadía. Ni se me puede ocultar que cuanto les sois inferiores en número, los escedéis en valor, i que todas las victorias que les habéis ganado, poderosamente influyen en la que ahora tenéis a la vista. Vuestra es, señores ellos vencidos están ya en su imajinacion. Vienen a pelear con unos hombres que ellos mismos saben fueron siempre vencedores. Pero si por secreta Providencia del Altísimo no nos fuese propicio el airado Marte, ninguna otra cosa os encargo, sino que evitéis el cautiverio. A esto se dirigen, señores, mis esfuerzos. Buen ánimo! Morir peleando si así lo pide la suerte. Ni queda otro recurso. Es impracticable la retirada, quedan a la espalda 80 leguas pobladas de belicosas naciones, que viéndonos volver huyendo, conspiraran contra nosotros, i acabarán hasta con nuestra memoria. Vamos a la batalla. En ella, como en otra semejante ocasión os dije, muchas mas veces tendréis que imitar mis acciones, que obedecer mis órdenes.»

Irritadas las tropas españolas con la exhortacion de su caudillo, pedían con estancia llegar a las manos. Pedro de Valdivia por exceso de su piedad levantó bandera de paz, i con un prisionero que había hecho, se la envió a ofrecer a los indios en nombre del rei, sin mas condicion que pedirles el sitio donde estaba el fortín. No volvió el enviado, i comenzó la batalla atacando el débil atrincheramiento de los enemigos, (marzo de 1550). Ayllavilu presentado al frente de seis a ocho mil hombres, parece que también había animado a los indios. Salieron de sus líneas en bien formados escuadrones. Resistieron con denuedo el ímpetu de los caballos, i sin manifestar demasiado pavoroso espanto del estruendo i del estrago de las armas de fuego, dieron a conocer cuanto lo despreciarían después. Destacó un trozo de su ejército para que atacase a los españoles por la, espalda, i Valdivia evitó las consecuencias de esta operacion milita r, mandando dar dos frentes al suyo. No bien advirtió Ayllavilu esta formacion, cuando destacó otros dos con destino de acometer por los costados, i en breve tiempo tuvo cercados a los españoles, i acometidos por todas partes. Pero Pedro de Valdivia que era excelentísimo en el arte de la guerra i pronto en ejecutar, sin perder un breve instante, puso en el centro de su pequeño ejército a los mosqueteros. Sacó al frente la caballería i la infantería, armada de fuertes picas, para que en esta muralla de puntas de acero, quebrasen su impetuosa fuerza las olas de bárbaros que las inundaban. Salía a su tiempo la mosquetero, a dar dos o tres descargas, i aprovechando el desorden en que les ponía el fuego, avanzaba la caballería i obraba primorosamente, porque el terreno era llano i desembarazado.

Era horroroso el estrago que hacia las armas de fuego i la caballeria en aquella feroz jente, pero mayor i de mas admiracion el tesón i constancia con que peleaban. Le mataron al Gobernador su caballo, i estuvo cerca de ser prisionero, i hasta entonces jamás había estado en mayor riesgo. Pusieron en desorden a los españoles, i se declaraba ya por los indios la victoria, pero se la arrebató de las manos la desgraciada prisión de su caudillo, que herido de muerte, cayó en manos del Gobernador. Preso su jefe, i muertos muchos de sus capitanes, se puso en fuga aquella desordenada multitud, La caballería les fué a los alcances haciendo en ellos Horrible carnicería, hasta que el Gobernador, mas piadoso que irritado, dió voces: Perdonada esos miserables; i se retiró obediente. Este fué uno de los mas sangrientos combates de aquellos tiempos, i se derramó mucha sangre, con pérdida considerable de una i otra ;parte, i muerte del jeneral araucano que falleció de las heridas.