Por última disposicion del adelantado Rodrigo de Quiroga, gobernaba el reino de Chile el capitan Martin Ruiz de Gamboa, natural de Viscaya, i sabido en Lima el fallecimiento de aquel al mismo tiempo que llegaron a manos del virrei del Perú los reales despachos del mariscal para el caballero Gamboa, le confirmó S. E. aquel gobierno en real provision dada en Lima a 24 de abril de 1,591. Con ella se aquietó el licenciado Lope de Azoca que, por teniente de Gobernador de todo el reino, pretendia corresponderle el gobierno, con preferencia a la real facultad que tuvo el adelantado para nombrar Gobernador en caso de fallecimiento.

No obstante la pretencion del licenciado Azoca, que fué bastante ruidosa, el mariscal Gamboa le mantuvo en el empleo, pero continuando la desavenencia, le envió a Lima, i nombró por su teniente de Gobernador en la capital i todo su obispado, al licenciado Diego de Rivas, i al capitan Alonso de Alvarado para la ciudad de la Concepcion i obispado de la Imperial (1583).

Luego que llegó el capitan Juan de Losada con la tropa de su mando, salió el Gobernador para la Concepcion. No pudo descansar en ella, porque los pehuenches infestaban la provincia de Chillan, i tuvo que mover el ejército hácia la cordillera. Batió todas aquellas llanuras, i las limpió de los bárbaros que los hostilizaban, i fundó la ciudad de San Bartolomé de Gamboa, que el año interior habia determinado establecer su antecesor, i sus dolencias frustraron esta idea. Situó la poblacion en la ribera septentrional del rio Chillan, que da nombre a la provincia, en una hermosa i fertilísima vega. El tiempo manifestó los inconvenientes de este sitio para esta poblacion, i fué necesario trasladarla al paraje en que hoi tiene su ubicacion. Se Ignora su primer ayuntamiento, sus primeros pobladores, i el título de ciudad i sus armas, porque se perdió el archivo en su despoblacion, acaecida 75 años despues de su poblacion i fundacion. Levantó en ella un pequeño fortin para su resguardo, i dejándola con suficiente guarnicion, volvió a la capital.

Tampoco en esta pudo permanecer mucho tiempo, porque aunque, Paineñancu no pudo juntar ejército capaz de una formal espedicion, no cesaba de hostilizar los establecimientos españoles situados a la parte meridional del Biobio. Estas hostilidades le hicieron volver a la ciudad de la Concepcion (enero de 1582), de donde salió luego a reforzar las guarniciones de aquellas colonias, i desde la Villarrica envió a su hermano don Andres Lopez de Gamboa a la de Santiago con titulo de correjidor de ella, para que erijiese su gobierno segun sus ideas, que siempre fueron acertadas.

Tuvo en esta espedicion varios encuentros con Paineñancu, pero ninguno de consecuencia, i quedó el rebelde en la misma situacion recojiendo partidas sueltas i haciendo hostilidades con ellas. Así le dejó, i se retiró a la capital, porque tuvo noticia que el rei habia hecho merced de aquel gobierno a don Alonso de Sotomayor i atendidas estas circunstancias, le pareció conveniente la suspension de toda hostilidad, i mantener lo conquistado, separándose de los peligrosos cuidados de la guerra.