Aunque Paillamacu, Palantaru i Millacalquin con sus aliados de Catirai, rehusaron entrar por ajustes de paz, i vagaban por los montes de Puren con jente armada, los de las poblaciones mas meridionales, estaban quietos i en tranquila sujecion a la obediencia. Esta misma daba esperanzas al Gobernador, i se prometía suavizar a los de Puren, o reducirlos con la fuerza, para ser restituida toda su gobernacion a la paz jeneral en que la tuvo Pedro de Valdivia, i poder llevar a ejecucion las ideas de este su antecesor. Imbuido en la idea de descubrir todo aquel continente hasta la Tierra del Fuego i mar del Norte, remitió a la Corte el plan del descubrimiento que se habia figurado hacer, con noticia del buen estado en que se hallaba lo conquistado hasta el canal de Chiloé.

I deseoso de verificar sus pensamientos,  procuraba con celo infatigable mantener a los naturales en obediencia, miéntras el soberano resolvía dar las providencias conducentes a esta útil idea. Con este motivo u objeto salió de la Concepcion (diciembre de 1596), con 400 españoles, i 2,000 auxiliares, a visitar los establecimientos meridionales, i de camino convidar con la paz a los de Puren, i si les hallaba renitentes, hostilizarlos con todo el rigor de la guerra hasta reducirles a buen partido.

Alojado en Quinel, tuvo aviso que don Luis de Velasco, promovido a virrei del Perú, a su ingreso en el virreinato envió, de orden del Rei un considerable refuerzo de tropa, armas, municiones, ropa i dinero conducido por el capitan Gabriel de Castilla, i dió orden para que este capitan se le presentase, i lo verificó en Quinel el 10 de enero de 1597.

Desde allí destaco una partida de aquella tropa a la provincia de Cuyo, con destino de establecer una poblacion que sirviese de escala a los viajeros de Buenos Aires, i el comisionado estableció en la Punta de Venados una ciudad, i para perpetuar la memoria del Gobernador la denominó San-Luis de Loyola. De su primer cabildo i vecinos no hemos adquirido noticia; estuvieron omisos en esta parte los escritores de Chile, i nada nos dijeron de esta poblacion, ni yo pude rejistrar su archivo i el de Mendoza, porque en marzo de 1792 pase a paso mas que redoblado por ellas.

Desembarazado el Gobernador de este negocio, caminó hácia la parcialidad de Puren con ánimo de perseguir a Paillamacu i Palantaru, hasta rendirlos. Pasó el Biobio por el fuerte de Jesus, i entró por Catirai devastando aquel territorio. Siguió para Paren, i en las vegas de San-Miguel le presento Palantaru una, reñida batalla. Pelearon aquellos bárbaros con desesperacion poco mas de dos horas, i sin declararse por parte alguna la victoria, repentinamente se retiraron a los bosques o montes de Nahuelbuta, donde les persiguió empeñosamente el Gobernador, pero sin efecto, i perdida la esperanza de hacer presa en ellos, siguió su marcha hasta la Imperial.

Aquí se detuvo el tiempo que fué menester para hacer una prolija visita de todos los ramos que pertenecen al gobierno económico. Esta celosa conducta hacia que las colonias de Villarrica, Valdivia i Osorno, donde no llegaban las funestas consecuencias de la guerra, visiblemente se aumentasen con el comercio, con la agricultura i con la minería. Todo el año de 97 se mantuvo por la Imperial i Villarrica i en aquella hacia mas largas residencias, por las frecuentes aunque infructuosas correrías con que incomodaba a Paillamacu i Palantaru, buscándoles ya en la ciénega del lago Lumaco, i ya en los montes de Puren, sin que jamás lograse ir con ellos a las manos.

El año siguiente (1598) tuvo el invierno en la de Osorno, la primavera en la de Valdivia, i en el verano se traslado a la Imperial. Pocos días se detuvo en ésta, porque una etiqueta en el ayuntamiento de la ciudad de los Infantes con su correjidor, le obligó a acelerar su salida; pero ántes quiso pasar por la provincia de Puren por si acaso hallaba a sus jefes, o bien para batirlos, o ya para atraerlos a la obediencia por medio de enviados, valiéndose de los prisioneros para rendirles con la suavidad.

Puesto en esta parcialidad envió a batir los montes inmediatos. Nada hallaron los batidores, i tomo la marcha para la de los Infantes por un costado del país de Quechereguas. Luego que salió de las provincias de guerra, despidió la comitiva de los vecinos de la Imperial, que le acompañaban, por acostumbrado cortejo que se hace a los Gobernadores de aquel reino, i quedo con la compañía de su guardia, compuesta de 60 capitanes reformados, i algunos auxiliares. Porque no halló a Paillamacu i Palantaru, i porque estaba algo distante de los montes de Nahuelbuta, donde se conceptuaba que podían estar los enemigos, concibió no se que necia confianza, i descansando en ella, se abandonaron a dormir en el valle de Curalabquen, sin las precauciones ordinarias que debe tener cualesquiera tropa que se hallase en campaña.

No tuvieron esta conducta Paillamacu i Palantaru, i a lo lejos le siguieron con una escuadra de 290 hombres escojidos. Entrada la noche, avanzaron sus espías, i reconocieron el abandono i el descuidado sueño de los españoles. Dieron aviso a sus jefes, i al amanecer cayeron sobre el incauto Gobernador, que en otras ocasiones habia sido prudentísimo i prevenido. Pasaron a todos por las puntas de sus lanzas, i sin haber tenido tiempo de ponerse en defensa, despertaron en la eternidad (noviembre 25 de 1598).

Fueron comprendidos en esta desgracia el padre frai Juan de Tovar, provincial de San Francisco, frai Miguel Rosillo, su secretario, i el hermano frai Melchor de Arteaga, que regresaban de visitar los conventos de la Imperial, Valdivia, Osorno, i Villarrica. Tan desgraciadamente acabó la vida este Gobernador, acaso porque siendo capitan tendría alguna parte en la cruel degollacion de la inocente real estirpe de los Incas, que mando ejecutar en el Cuzco el excelentísimo señor don Francisco de Toledo, virrei del Perú, que en todo fué excelentísimo ménos en esto. Se dió por mal servido el señor don Felipe II i le condujo tambien a un lamentable fin, como el que ha experimentado nuestro desgraciado Gobernador.

La piedad del Reí hizo conducir a estos reinos a la señora doña Beatriz i a una hija, que en ella tuvo el caballero don Martin. Casó esta niña con don Juan Enrriquez de Borja, de la casa de Gandia, i llevó en dote la encomienda de indios de Sairi-Tupac i el Marquezado de Oropesa, vinculado en un pueblo de este nombre, que fundó en él don Francisco de Toledo para perpetuar la memoria de su casa.