De resultas de la guerra en que se empeñaron las parcialidades de la Imperial, Boroa, Tolten i Mariquina, se vieron estrechados a solicitar la proteccion de las armas españolas i pidieron al gobernador volviese a poblar las antiguas colonias. Accedió a las instancias de los caciques i salió de la ciudad de la Concepcion con destino de internar hasta Valdivia la para reconocer por sí mismo las ubicaciones que convenia dar a las nuevas fortificaciones que meditaba establecer. Adoleció de gota sobre el rio Curaupe, hoi de los Sauces i de las Minas, i se trasladó a Tucapel. Comisionó para este encargo al maestre de campo Rebolledo con orden de levantar dos plazas entre los rios Tolten i Calle-Calle i volver a construir la de Boroa.

Cumplió el maestre de campo su comision i puso el fortin de San José sobre la ribera septentrional del rio Mariquina, en la parcialidad de este nombre, con inmediata sujecion al jefe de Valdivia i fueron comandantes de él don Juan Espejo i don Luis Gonzalez de Medina, terror de los rebeldes. De allí pasó (1648) a construir la de San Martin sobre la ribera meridional del rio Tolten, en la parcialidad de Pitufguen, que puso a las ordenes del comandante de la de Boroa. La situacion de ésta es defendida por naturaleza, tiene su ubicacion sobre el rio Quepe i su escarparla barranca le sirve de muralla por uno de sus costados. El sitio es ameno, delicioso i con todas las conveniencias para una poblacion. Dejó el maestre de campo por comandante de ella al capitan Ambrosio de Urrea i poco despues fué a tomar este cargo don Juan de Roa, por disposicion del gobernador.

Su estancia en Tucapel no la empleó mal: fundó dos casas de conversion, una en Moquehua i otra en esta plaza, que puso a la direccion de la relijion seráfica i fué superior de la de Tucapel el padre frai Juan de Pardo. Allí mismo dispuso se estableciesen otras dos al cargo de la Compañía de Jesus, una en la parcialidad de Ranguilue, en el paraje llamado Peñuelas, sobre la ribera del mar con el padre Alonso del Pozo por superior, i la otra en la plaza de Boroa, bajo la conducta del padre Diego Rosales. Encargó el gobernador a estos celosos conversores que propendiesen con todo el vigor de su espíritu ala conversion de los indios i a la defensa de sus derechos i privilejios sin descuidarse en hablarles sobre la sujecion al monarca.

De la plaza de Boroa salian correrías sobre los países rebeldes; pero como todo lo vicia la negra codicia, abusaron de leste derecho i llevaron el rigor de las armas contra algunas parcialidades de paz por interés de los esclavos. Les tomaron quinientas personas, mas no lograron este golpe. El padre Rosales orientó al gobernador de esta tiranía i los mandó restituir a sus provincias con tan estrechas órdenes que impuso pena de la vida a los transgresores.

Los caciques de las cuatro parcialidades de la liga repitieron sus instancias contra Alcapaguí i los de Valdivia. El gobernador condescendió con ellos i se juntaron cuatro mil combatientes que bajo las órdenes del comandante de Boroa i sostenidos de una compañía de caballería del ejército español, marcharon para la ciudad de Valdivia a disposicion de su gobernador don Francisco Jil de Negrete. Con esta tropa i doscientos soldados de la de Valdivia salió Negrete a campaña (1648) i batió las parcialidades enemigas hasta Osorno. Regresó victorioso i levantó los fortines de las Cruces i las Animas para contener a los rebeldes i obligar a los de paz contra las incursiones de aquéllos. Despidió Negrete al capitan de Roa i sus ausiliares de Boroa, Imperial, Tolten i Mariquina. Quedó con algunos caballos de los que quitó a loa enemigos i de los que le pudo dejar el comandante de Boroa i en ellos montaba alguna tropa i salia a tiempo oportuno a talar i devastar las parcialidades rebeldes.

Al gobernador se le agravó la enfermedad i se retiró a la ciudad de la Concepcion para medicinarse (1648). No pudo convalecer i se hizo conducir a la capital donde logró restablecerse (1649); pero murió repentinamente en mayo de 1649. Cenando una ensalada, cayó muerto. Todos los indicios fueron de veneno. I fué el caso. Se presentaron en la provincia de Chiloé unas mercedes falsas de encomiendas de indios, hacia vivas dilijencias secretas por descubrir el falsario que debia ser de su secretaría i familia, i se presumió que éste lo emponzoñó por no ser descubierto. No se hizo dilijencia alguna en la averiguacion de este hecho, que quedó envuelto en las oscuridades de la duda. Fué jeneralmente sentido su fallecimiento, porque fué buen gobernandor, era mui amante de la justicia i mui liberal. Premiaba el mérito i castigaba los delitos i con gallarda jenerosidad socorria la necesidad del prójimo. Se dio sepultura a su cadáver en la capilla provisional qué servia de Catedral, i cuando fué exhumado para trasladar sus cenizas a la nueva, Catedral se halló incorrupta la mano derecha (13)que muchas veces alargó jeneroso i compasivo en favor de la indijencia.