Llegado Francisco de Villagra a la Concepción con ochenta soldados que llevaba maltratados y heridos, hizo una oración al pueblo, diciéndoles el suceso que había tenido y cómo era imposible sustentarse contra los indios según estaban victoriosos; mas que no embargante haber recibido aquel infortunio, creyesen de él que no faltaría allí en público: que todos se animasen y aderezasen con sus armas para defender la ciudad, que a lo que él creía convenía así, porque era de entender con una victoria tan grande habían de venir sobre ella.

Mandó luego hacer reseña de toda la gente que había en el pueblo después de los que con él escaparon. Habiéndolos visto a todos y que eran hombres mal armados y de caballos peor aderezados, y el mismo Villagra que lo había todo de reparar, hacía esto con tanta tibieza que por ella se entendía las pláticas secretas que de ordinario traía con su maestre de campo Gabriel de Villagra, a quien había dejado por su teniente, las cuales fueron de allí a poco descubiertas, y para más poner en efecto su intención, porque supo que en Santiago no le habían querido recibir, antes habían enviado a llamar a Francisco de Aguirre, se dijo haber salido de su casa una nueva falsa, diciendo, muchos escuadrones de indios pasaban el río de Biobio, la cual extendida por el pueblo, y siendo el miedo que tenían grande por las muertes que habían visto, no esperando si era verdad o no, comenzó el pueblo a levantar una plática de hombres desanimados diciendo que por la salud y conservar sus vidas, todo se había de posponer, y que si se perdiese lo que tenían, era nada en comparación de lo que se ganaba guardándose para otro tiempo mejor, y al presente irse a Santiago, desamparando aquella ciudad: y como estas razones salían de hombres medrosos, encarecían su perdición conforme a sus ánimos e inficionaban a otros muchos; aunque los que eran hombres discretos entendían que todo aquello debía salir de el capitán que lo mandaba, pareciéndoles que aunque quisiesen con palabras y obras irse a la mano no habían de ser parte. Conformábanse con los demás y veían que Villagra no hacía diligencia alguna, ni recogía bastimento, ni reparaba parte alguna donde se recogiesen, ni proveía de enviar las mujeres a Santiago juntamente con la chusma, que era lo que un hombre de guerra había de hacer, porque con este reparo y proveimiento sustentaba su presunción, esperando lo que fortuna de él quisiera hacer y no desamparar una ciudad con tanta flaqueza sin ver lanza de enemigo enhiesta sobre ella, a fin de irse a recibir a la ciudad de Santiago, como lo hizo antes que Francisco de Aguirre viniese a tomar el gobierno. Todas estas cosas trataban después los vecinos de aquella ciudad estando en Santiago, viéndose fuera de sus casas donde tan principal remedio tenían, andando por las ajenas, pues extendido el miedo por la ciudad, comenzaron algunos hombres y mujeres a irse por el camino de Santiago unos tras otros; los que tenían caballos cargaban lo que podían en ellos, y los que no los tenían iban a pie.

Sabido esto, Villagra, para que a él no le parase perjuicio en algún tiempo, mandó al capitán Gabriel de Villagra fuese al camino por donde iban, y ahorcase a todos los que se fuesen, el cual le envió a decir eran muchos los que se iban, mandase lo que fuese servido. Villagra, con esta nueva, juntó a los del cabildo y les dijo que ya veían cómo desamparaban la ciudad, derribados los ánimos; que él tenía por cierto por lo que había visto no se habían de poder sustentar, si de propósito los indios venían sobre ellos; que le parecía mejor, antes que sin orden se fuesen una noche donde en los unos o en los otros sobreviniese algún caso adverso, sería mejor irse todos: los del cabildo le ayudaron a la voluntad que tenía. Luego se puso por obra, que fué gran lástima ver las mujeres a pie ir pasando los ríos descalzas, aunque entre ellas hubo una tan valerosa que con ánimo más de hombre que de mujer, con un montante en las manos se puso en la plaza de aquella ciudad diciéndoles en general muchos oprobios y palabras de mucho valor; y tales que movieran el ánimo a cualquier hombre amigo de gloria o de virtud. Mas Villagra no curó de ello, aunque en su presencia le dijo: "Señor general, pues vuestra merced quiere nuestra destrucción sin tener respeto a lo mucho que perdemos todos en general, si esta despoblada es por algún provecho particular que a vuestra merced resulta, váyase vuestra merced en hora buena, que las mujeres sustentaremos nuestras casas y haciendas, y no dejarnos así ir perdidas a las ajenas, sin ver por qué, mas de por una nueva que se ha echado por el pueblo, que debe haber salido de algún hombrecillo sin ánimo, y no quiera vuestra merced hacernos en general tan mala obra". Villagra, como estaba inclinado a irse, aprovechó poco todo lo que esta señora, llamada doña Mencia de los Nidos, dijo, natural de Extremadura, de un pueblo llamado Cáceres; que si esta matrona fuera en tiempo que Roma mandaba el mundo y le acaeciera caso semejante, le hicieran templo donde fuera venerada para siempre. Pues volviendo a los que iban caminando por tierra, dejando la ropa en sus casas perdidas a quien la quisiere tomar, y en la casa de Valdivia la tapicería colgada y las camas de campo armadas, con grande cantidad de ropa y muchas mercaderías y herramientas, todo perdido, que ponía gran tristeza en general a todos ver la destrucción que por aquella ciudad vino. Un vecino acertó a hallarse fuera en su repartimiento, éste llegó a la ciudad, como fué despoblada, que aún no sabía su perdición, y desde un alto vió andar los indios robando y saqueando lo que hallaban, quemando las casas. Visto su daño, tomó el camino de Santiago que llevaba Villagra. El cual despobló aquella ciudad por la orden que se ha dicho, habiendo cuatro años que la había poblado Valdivia con mucho trabajo año de 1550. Fué en Santiago recibido con grande descontentamiento de el pueblo.