El barco que Bernardo de Huete llevó a la isla de Santa María con los negros que lo remaban, llegó a la Concepción y dió nueva de cómo habían escapado, y de la manera que había sido muerto Bernardo de Huete y los que con él habían ido. Francisco de Villagra recibió mucho enojo por ver que todo le hacía mal, y para el castigo de ello mandó a Pedro de Villagra, su general, fuese aquella jornada y castigase los culpados. Quisiera que el capitán Reinoso fuera a este efecto, y así lo trató con él, le haría mucho placer y daba contento en ir aquel castigo. Reinoso le dijo que aquella jornada era de su general y no suya, porque en aquel tiempo en lo secreto no se llevaba bien con Villagra por algunas quejas que de él tenía. Apercibido Pedro de Villagra con cuarenta soldados, se embarcó en un navío que estaba en el puerto de la Concepción: hecho a la vela, llegó a la isla de Santa María, otro día dió fondo frente del puerto, que es una caleta pequeña. Los indios estaban reparados de un bastión que habían hecho de piedras y arena, en frente de donde habían de desembarcar, para desde allí hacer sus tiros al seguro, y desembarcando dar en los cristianos sin que el artillería les hiciese mal; con esta orden esperaron ver lo que hacían. Pedro de Villagra mandó todos tomasen las armas y estuviesen a pique, para que sosegando la mar, que andaba alterada, desembarcasen todos juntos en tres barcos grandes que para el efecto llevaba, de manera que pudiese conseguir buen efecto. Viendo tiempo oportuno y la mar sosegada, antes que la noche viniese mandó meter caballos en los barcos, cada uno conforme al largo que tenía, y meter tres piezas de artillería que tiraban la pelota como un huevo, y trece soldados en cada un barco; e hecho esto fueron remando la vuelta de tierra. Los indios los estaban esperando sin moverse de su fuerte; la mar reventaba en tierra, a cuyo respeto no sosegaban los barcos ni podían hacer puntería para disparar el artillería en el bastión de indios que en él estaban. Puesta la proa en tierra, les era necesario salir o volverse a lo largo, porque los indios les tiraban grande número de flechas y herían algunos. Los cristianos traían los caballos ensillados para salir en ellos: Pedro de Villagra les daba mucha prisa que saltasen al agua los que tenían caballos, que saliesen en ellos, y los que no que se echasen al agua; obedecieron todos, y entre ellos principalmente un hidalgo llamado Juan de Villalobos, de Extremadura, hombre principal y valiente, confiado en un buen caballo que tenía, dándole de las espuelas saltó con él a la mar; bien armado como iba rompió con los indios que estaban a la lengua del agua, los cuales como era solo, sin repartirse en los demás el ímpetu de los bárbaros por ser el primero, le dieron muchos golpes de macanas y porras que lo derribaron del caballo en la reventazón de la mar; y como de los golpes que le dieron alcanzaron algunos de ellos al caballo, revolvió todo a un tiempo sobre un lado boleándolo: como estaba aturdido, y el agua era mucha, sin poder ser socorrido fué ahogado. Los demás salieron en sus caballos con trabajo, y los de a pie, mojados, el agua a los pechos, como hombres desesperados se fueron a los indios y comenzaron a pelear con ellos. En esto el artillería que en los barcos estaba, hechos un poco a lo largo, comenzaron a disparar algunos tiros que hicieron mucho efecto. Los de a caballo, con favor de los de a pie, entraron por ellos y comenzáronlos a bolear y a lancear; viendo que los mataban y que no tenían reparo donde se hacer fuertes, a causa de ser la isla llana y sin montes ni arboledas, se rindieron muchos sabiendo habían de usar con ellos de clemencia. Pedro de Villagra castigó a los rendidos, y mandó que a caballo anduviesen la isla y matasen todos los indios que pudiesen haber; y por respeto del castigo grande que se hizo no se han alzado más, ni se cree alzarán en tiempo alguno. Mandó así mismo que todos los que quisiesen llevar muchachos o indias los llevasen para más castigo de aquellos bárbaros, pues estando de paz y sobre seguro, mataron a quien culpa alguna no les tenía. Hecho este castigo, Pedro de Villagra, con mucha prudencia, envió un barco a la casa fuerte de Arauco que diese aviso al capitán Lorenzo Bernal de lo sucedido en la isla de Santa María. En este barco Lorenzo Bernal envió al capitán Hernán Pérez, natural de Sevilla, con una carta a Francisco de Villagra, que estaba en la Concepción, dándole aviso y razón del estado en que estaban las cosas en general, y a Hernán Pérez le encomendó le informase de todo.

Pedro de Villagra se embarcó con toda la gente y fué a la Concepción; y el cuerpo muerto de Villalobos, porque tenía muchos deudos en la Concepción, lo mandó meter en una caja y llevarlo para que lo enterrasen en aquella ciudad. Llegó a la Concepción día de Corpus Christi: Villagra andaba en la procesión cuando le dijeron que era venido, y aunque informado de lo bien que había castigado la isla, se enojó y no le quiso ver de presente, porque de secreto le había mandado y rogado que, después de hecho aquel castigo, desembarcase en la playa de Arauco, teniendo nueva que el cerco estaba levantado, y con toda la gente se fuese al fuerte y juntase al capitán Lorenzo Bernal consigo, diciendo no querer desamparar aquella fuerza, aunque lo demás hubiese perdido, y desde allí reparar todo lo que había de guerra, y entre hombres que lo entendían trataban era imposible hacerlo. Mas como muchas veces vemos a los que mandan y tienen el supremo [mando] asentándose en una cosa con grande libertad, según su parecer, sin querer tomarlo de los que lo entienden mejor, que les parece pierden de reputación no salir adelante con ello; mas Pedro de Villagra, como hombre que entendía la guerra y tenía de ella mucha plática, no lo quiso hacer, sabiendo por experiencia que no convenía al bien del reino lo que el gobernador le mandaba. "¡Qué más quieren los indios -decía Pedro de Villagra- que ver encerrados en un fuerte ciento y cincuenta soldados tan buenos y muchos caballos sin poder salir de allí a hacerles daño, y en el entre tanto con esta seguridad ir sobre las ciudades comarcanas hallándolas desproveídas de guarnición, entrar por fuerza de armas sin haber quien se lo estorbase!" Por cuya causa, como capitán prudente, dejó de hacer lo que su gobernador le había mandado.

En este tiempo y días, Martín de Peñalosa, soldado antiguo en Chile y hijodalgo, que había ayudado a ganar y descubrir todo el reino con Pedro de Valdivia, viéndose pobre y que no tenía posible para poder sustentarse conforme a su merecer y trabajos, trató de secreto con algunos amigos irse del reino a una noticia que tenía de tierra rica y próspera de oro y gente. Comunicado con Francisco de Talaverano, que era mucho su amigo, comenzaron hacer gente de callada, y para un día señalado que se juntasen entre Valdivia y Osorno, dos ciudades que están cerca una de otra. Para el efecto salió Martín de Peñalosa de la Ciudad Imperial, donde tenía su casa, con cuatro amigos que estaban en el número de ir con él; y como se tenía cuenta con su persona y sospecha en lo que andaba, la justicia de aquella ciudad, hallándolo menos, salió tras de él con doce hombres, aunque no lo pudo alcanzar, y dió aviso a las demás ciudades. Salió de Osorno el capitán Juan de Larreynaga, y de la Ciudad Rica Pedro de Aranda, de la ciudad de Valdivia Juan de Matienzo, en su busca todos juntos con gente armada; y no teniendo rastro ni plática dónde estaba, se volvieron a sus pueblos. Aunque ya había cuando salieron a buscarlo tres días que estaba en la parte donde se habían de juntar, esperando la gente qué había dicho acudirían allí, y acaeció que le faltaron todos, y no vino alguno; como de ordinario se ve en esta tierra de las Indias meter a hombres principales en pelazas y pasiones, y después que los ven metidos en ellas los dejan solos, siendo, a lo que después se supo, muchos. Viendo que no le acudía nadie y le habían dejado solo, dijo a los que con él estaban se fuese cada uno a donde quisiese, que él sabía lo habían de venir buscar; pues no tenían culpa no se quisiesen perder. Hiciéronlo así, que se quedó con tres amigos que en amistad tenía prendados; y otros cuatro que se le habían juntado, se fueron donde les pareció. El capitán Juan de Matienzo, natural de las montañas de Burgos, tenía a su cargo la ciudad de Valdivia por Francisco de Villagra; viendo que no parecía ni se tenía rastro alguno, pidió por merced a los demás capitanes que todos se volviesen a sus ciudades, que pues andaba Martín de Peñalosa solo, bastaba un alguacil con cinco o seis hombres que lo buscasen, y que a él tocaba proveerlo, pues estaba en su jurisdicción; y siendo buscado por esta orden, lo hallaron en casa de un indio, que se había apeado a comer y dar de comer a su caballo. De sobresalto, Hernando de Alvarado, Martín de Herrera Albornoz, con otros cuatro, lo prendieron allí, y a Francisco de Talaverano con él.

Llevólos luego a la ciudad de Valdivia: la justicia los metió en un navío a entrambos, y les dió tormento; confesaron estaban conjurados mucha gente principal para irse del reino. Por su propia confesión, sin más información otra, les mandó cortar las cabezas y ponerlas en la horca, diciendo eran amotinadores; la demás información envió a Francisco de Villagra, el cual, como hombre discreto, viendo que entraban en ello algunos hombres de lustre, mandó no se tratase más, ni se entendiese en ello, por no darles ocasión alguna de envoltura. De esta manera se deshizo un nudo, que cierto si pasara adelante fuera muy dañoso para Chile.