En el tiempo que estas cosas pasaban en Chile, el licenciado Castro, gobernador del Perú por muerte del conde de Nieva, su predecesor, bien informado de cuán falto estaba el reino de gente, y la guerra ordinaria que había, como celoso del bien común y por servir al rey, mandó hacer doscientos hombres de guerra, en la cual todos ellos aprobaron muy bien; ayudándoles con dineros de la caja real, conforme a su hábito y a la necesidad que cada uno tenía. Estos soldados, que entre ellos había algunos caballeros y hombres nobles, encomendó y dió cargo al capitán Costilla, vecino de la ciudad del Cuzco en el Perú, y con provisión secreta le encomendó que llegado al reino de Chile se informase del gobierno que traía Pedro de Villagra, y que si le hallase bien quisto le entregase toda la gente que llevaba, y si le hallase mal puesto la diese al general Rodrigo de Quiroga. Con esta orden y confianza despachó el licenciado Castro al capitán Costilla del puerto de los Reyes. Dijeron algunos que en el armada venían que el licenciado Castro, para el efecto dicho, le dió el nombre de gobernador en blanco, para que, conforme a la instrucción que traía, lo hiciese.

Salió a la vela en dos navíos grandes; en el uno venía su persona, y en el otro un caballero de Burgos llamado Diego Barona; tuvo tan buen tiempo en su navegación, que en tres meses llegó a la ciudad de la Serena. Estuvo allí seis días refrescando la gente, y al seteno se hizo a la vela para el puerto de Valparaíso, que está de la ciudad de Santiago diez y seis leguas, donde descargan los navíos que vienen del Perú. Allí desembarcó toda la gente y sacó el artillería; alojados con orden se mandaba velar de noche y tener guardia ordinaria de día, como hombre recatado. Habiéndose informado en la ciudad de la Serena del gobierno que traía Pedro de Villagra, le dijeron estaba mal quisto en la ciudad de Santiago y en las demás del reino; en Valparaíso, de las personas que se pudo informar, le dijeron lo mismo. Con esta nueva se inclinó dar la gente al general Rodrigo de Quiroga, que estaba en el reino bien quisto, y siempre lo estuvo, por tener de ordinario gran virtud este nobilísimo hombre. Pedro de Villagra, como supo era desembarcado, le escribió dándole el parabién de su venida, y que le hiciese saber la gente que traía, para quién la traía o con qué orden venía; con esta carta escribió [a] algunos caballeros y hombres principales que con él venían ofreciéndoles caballos y servicio, de que venían faltos. El capitán Costilla respondió que la gente traía para dársela como a gobernador del rey; con esto se aseguró algo, aunque con sospecha, porque Costilla se estaba en el puerto sin venir a la ciudad, y sabía Pedro de Villagra se comunicaba con el general Rodrigo de Quiroga y con Martín Ruiz de Gamboa, los cuales le proveían en la mar de bastimento con caballos y carretas para él y toda la gente que traía. Viendo que se tardaba, estuvo indeterminable si iría al puerto o no; resumióse de esperarle en la ciudad; y para más descuidarlo decía Costilla a los que le iban a ver que la gente que el presidente Castro le había dado, que era la que él traía de su mano, la tenía de entregar al gobernador Pedro de Villagra, que así se lo habían mandado: dando a entender ser así, porque al descubierto no le pudieron sacar cosa alguna que pareciese al contrario, ni los que con él venían en toda la jornada tal habían podido alcanzar. Pedro de Villagra, sospechoso por algunas aparencial, sabiendo que breve partiría del puerto, le envió al camino un alcalde ordinario con dos regidores, para que en la parte que le hallasen tratasen con él y exhibiese las provisiones y recaudos que traía del licenciado Castro, gobernador del Perú, para que conforme a ellas se proveyese lo que más convenía al servicio del rey. El capitán Costilla le respondió, después de haberlos oído, que no había necesidad de aquellas cosas que parecían manera de alboroto, que llegado donde Pedro de Villagra estaba le entregaría la gente. Hallábase cuando esto pasó distante de la ciudad de Santiago seis leguas, y siempre caminando. El alcalde se volvió y dió nueva de lo que con él había pasado y lo que había respondido. El general Rodrigo de Quiroga, con algunos amigos suyos, se estuvo en su casa, y no salía por el pueblo, por cuya causa le dijeron a Pedro de Villagra que habían visto meter armas y arcabuces en su casa. Oído esto, salió con treinta hombres a la plaza, y con ellos fué a la casa del general Rodrigo de Quiroga, y mandó le dijesen estaba allí; los que dentro estaban no le quisieron responder. Pedro de Villagra quiso entrar, defendiéronle la entrada diciendo no estaba en su casa, tuvieron palabras los soldados de una parte a otra. Pedro de Villagra mandó le trajesen dos barriles de pólvora para derribarle la casa: no hubo efecto, porque no se determinaba en lo que hacía y había de hacer sino tarde, y por su mucha tardanza se determinaba mal. Mandó así mismo que le trajesen el estandarte de la ciudad, a quien todos los vecinos y estantes están obligados a acudir; el que lo tenía, que era un regidor, no se lo quiso dar, antes se fué con él a la casa del general. Quiso así mismo mandar repicar la campana, que es con la que se da arma al pueblo; fuéronle a la mano sus amigos, diciéndole que no consistía en fuerza lo que había de hacer, sino en quien mejor papel tuviese, pues por él habían de determinar la justicia de cada uno, y que dado caso que quisiese salir al camino al capitán Costilla con mano armada, le era mucho inferior, porque demás de la gente que traía de los que estaban en la ciudad, habían salido más de treinta hombres e ido a juntarse con él, y que la demás que quedaba era cierto tocando la campana se habían de juntar en la casa de Rodrigo de Quiroga y le habían de acudir todos los más. Por este respeto lo dejó de hacer, y quiso esperar que llegase para saber la certidumbre que traía, aunque desde a poco pidió un caballo, y con algunos amigos se fué a ver con Costilla dos leguas de la ciudad, que se recibieron bien dándose el bien venido: y tratado de algunas palabras amigables, le dijo que llegado a la ciudad su merced sabría lo que el licenciado Castro mandaba; que no tuviese pena, pues sería breve.

Pedro de Villagra se volvió, y desde apoco entró el capitán Costilla con la gente que traía, todos en escuadrón, con el artillería en batalla y las mechas de los arcabuces encendidas. Con esta orden llegó a la plaza y pidió se juntase el cabildo, verían el recaudo que traía; juntos alcaldes y regidores, presentó un papel en que en él venía nombrado por gobernador del reino de Chile el general Rodrigo de Quiroga. Fuéle respondido mostrase por dónde el licenciado Castro podía proveer gobernador en Chile, porque Pedro de Villagra lo era por el Audiencia de los Reyes. Costilla les respondió que el licenciado Castro daría cuenta al rey de lo que hacía, y que no había necesidad de más recaudo, sólo aquél. Sobre esto hubo votos en los del cabildo; unos votaron en favor de Pedro de Villagra y otros de Rodrigo de Quiroga: estuvieron indeterminables, que no podían entender cómo el licenciado Castro podía deshacer, sin más razón de aquella voluntad suya, lo que había hecho toda una Audiencia; mas como veían doscientos hombres en escuadrón puestos en la plaza y los ciento y treinta arcabuceros y la determinación de Costilla, aunque ellos eran amigos de Pedro de Villagra (que era una cautela que los que gobernaban a Chile en aquel tiempo tenían, como hacían las elecciones, procuraban grangear a los del cabildo y tenerlos propicios para. casos semejantes), viendo que menos no podían hacer, y que todo, el pueblo estaba a la parte del general Rodrigo de Quiroga, lo recibieron por gobernador conforme a su proveimiento, y esto con mucho regocijo, que adelante le salió a todos muy bien, porque fué buen gobernador y de mucha virtud.

Recibido al gobierno, luego prendió a Pedro de Villagra y lo envió preso al puerto, con orden que le embarcasen en un navío, donde estuvo con guardas más de treinta días, hasta que el capitán Costilla se fué al Perú y lo llevó consigo, no por delito que había cometido, sino por sacarle del reino, que Pedro de Villagra era vecino del Cuzco, que en aquella ciudad le había dado de comer el marqués de Cañete cuando envió a su hijo don García al gobierno de Chile.

Era Pedro de Villagra natural del Colmenar de Arenas, y cuando gobernó el reino de Chile tenía de edad cincuenta años, bien dispuesto, de buen rostro, cariaguileño, alegre de corazón, amigo de hablar, aficionado a mujeres, por cuya causa fué mal quisto; fué amigo de guardar su hacienda, y de la del rey daba nada; aunque después de un año que fué gobernador, viendo que lo murmuraban generalmente, comenzó a gastar de la hacienda del rey, dando algunos entretenimientos a soldados. Tuvo el tiempo que gobernó buenos y malos sucesos en las cosas de guerra y de gobierno. Gobernó dos años, pocos días más.