Los estudios superiores anteriores a la creación de la Universidad de San Felipe son aquellos de filosofía y teología equivalentes a los que se cursaban en todas las facultades de artes y de teología, los que en ellas conducían a los grados universitarios.
Como preliminares a éstos encontramos las escuelas de primeras letras, en las que se aprendía a leer, escribir y contar y las de gramática, es decir de latín, que era la lengua obligatoria para los estudios superiores. En Santiago hubo escuelas de primeras letras en el siglo xvl, regentadas por un maestro, que tenía ciertos privilegios otorgados por el cabildo, o como tarea anexa a algunos conventos. En éstos y en el Seminario Conciliar, fundado en 1587, se enseñaba también el latín. La Corona decidió establecer una cátedra de gramática en Santiago costeada por la real hacienda; como no se encontrara un preceptor idóneo que la desempeñase, los dominicos obtuvieron por cédula de 1591 que se les encargase a ellos.
Hay testimonio de que los dominicos, que por instituto debían tener una alta formación, daban cursos de artes y teología en su convento santiaguino de Nuestra Señora del Rosario, desde fines del siglo xvi Famoso como maestro de teología fue el jerezano fray Cristóbal de Valdespino, sus discípulos se preciaban de ser los principales hombres de letras chilenos de su tiempo, particularmente sus hermanos de orden.
Los jesuitas llegaron a Chile en 1593. La finalidad de su venida era esencialmente misionera y en los comienzos no tuvieron intención de practicar la enseñanza, sin embargo, ante la insistencia de la población de Santiago para que lo hicieran, abrieron un establecimiento. Una vez adquirido en Santiago el inmueble que iba a ser el centro jesuítico de Chile, el 15 de agosto de 1594 iniciaron un curso de artes al que luego se fueron agregando materias teológicas.
La enseñanza de dominicos y de jesuitas era de alta calidad. Su finalidad primordial era preparar correctamente a los pertenecientes a su instituto, es decir tenía lo que podríamos llamar un carácter profesional. También se enseñaban las mismas materias en los seminarios de La Imperial y de Santiago y en los conventos de agustinos, franciscanos y mercedarios, pero la calidad de los cursos de dominicos y jesuitas era reconocidamente la más alta y con ello atraían para que los siguieran a laicos y a individuos de otras órdenes. Esto explica que en sus claustros fueran fundadas las primeras universidades chilenas.
Desde 1589 los dominicos de Santiago hicieron gestiones ante el Rey y ante la curia romana para que sus estudios fueran elevados al rango de universidad. Su pretensión estaba abonada por sólidos antecedentes: en 1538 Paulo III había erigido en universidad, "al modo de la de Alcalá", al colegio que la orden tenía en Santo Domingo y, en 1580, Gregorio XIII había dispuesto lo mismo respecto al de Santa Fe de Bogotá. Sin contar que su convento de Lima fue autorizado por el Rey para dar grados hasta la creación de una universidad bajo patronazgo real en esa ciudad.
Las gestiones en Madrid, ante el Consejo de Indias, fueron prolongadas, pues éste pidió informaciones a Chile sobre la calidad de los cursos de artes y teología que se impartían. Se formó un extenso expediente, lleno de testimonios favorables y finalmente a instancias de Felipe III, el Papa Paulo V, por bula de 11 de marzo de 1619, estatuyó que en los conventos de dominicos de las Indias, que estuviesen a más de doscientas millas de las universidades de México y de Lima y en los que se impartiese enseñanza de artes y teología, los estudiantes que hubieren cursado cinco años y fuesen aprobados por el rector y ministro del colegio, podían ser graduados de bachilleres, licenciados, maestros y doctores en esas facultades por los obispos, y en sede vacante por los cabildos eclesiásticos. Dado el pase regio a la bula por el Consejo de Indias, los dominicos de Santiago, a cuyo poder llegó el documento en 1622, ocurrieron al provisor Juan de la Fuente Loarte, gobernador del obispado en ausencia del obispo Francisco de Salcedo, para que declarase su convento por universidad, "pues en él concurren todas las partes, requisitos y calidades expresados en la concesión y privilegio". Previo el pase otorgado por la audiencia, el provisor dictó el 19 de agosto de 1622 el decreto por el que daba licencia para que el provincial de la orden de predicadores en Chile, fray Baltasar Verdugo, usase de la concesión pontificia y real.
La concesión otorgada por la bula era por diez años y aunque no se pidió su renovación la universidad, que se la suele llamar de Santo Tomás de Aquino, siguió en funciones. Al publicarse la Recopilación de Indias en 1681, una de sus disposiciones se refería a privilegios universitarios temporales, entre ellos el de Santiago de Chile, que cesarían si no eran renovados. Ante ello los dominicos volvieron a obtener del Papa Inocencio XI, por bula de 28 de julio de 1684, privilegio por quince años que, en seguida, por bula complementaria de 30 de septiembre de ese mismo año, pedida por el general de la orden, se extendió por todo el tiempo en que en la ciudad de Santiago no hubiese establecida "universidad pública de estudios generales". La concesión se puede considerar ampliada en su contenido, pues ahora no se exige que los grados los otorgue el obispo, sino el provincial de la orden y en su ausencia el prior del convento, es decir, el rector de la universidad. Naturalmente que estas bulas tuvieron el pase del Consejo de Indias y en Santiago el de la audiencia.
Los jesuitas obtuvieron privilegio de universidad para su Colegio Máximo de San Miguel, en las mismas condiciones que los dominicos, por bula de Gregorio XV, de 8 de agosto de 1621, la que llegó a Santiago en 1623, junto con la real cédula de 2 de febrero de 1622, que encargaba a los obispos, o cabildos en sede vacante, que otorgasen los grados.
Los jesuitas iniciaron pleitos a los dominicos acerca de cuál era la concesión que valía. Después de varias escaramuzas judiciales, cuyos testimonios han servido para puntualizar algunos datos, los superiores de ambas órdenes llegaron a una transacción de convivencia y así hubo en Santiago dos universidades. La Compañía de Jesús se ocupó, eso sí, de obtener en tiempo la renovación del privilegio, que le fue otorgada por bula de 9 de marzo de 1634
Al parecer la universidad de los jesuitas logró un mayor desarrollo y prestigio que la dominicana en la segunda mitad del siglo XVII. La Compañía fuera de enseñar a sus propios estudiantes jesuitas tenía la asistencia de otros alumnos, principalmente de los del Convictorio de San Francisco Javier, que había sido fundado en 1611 y que era el colegio más reputado de la época. En el Convictorio había pasantes de filosofía y teología que colaboraban en la preparación de los estudiantes que querían seguir las cátedras universitarias, las que eran dictadas en el Colegio Máximo. Por otra parte, los jesuitas contaban allí con una excelente biblioteca y podían utilizar sus propios autores, que eran recientes y cuyas obras gozaban de gran prestigio. Baste recordar los nombres del padre Antonio Rubio en filosofía y de Francisco Suárez en teologías.
Como hemos indicado, las universidades conventuales estaban limitadas sólo a las facultades de artes y de teología. Por esto en el siglo xviii suelen ser llamadas menores, en oposición a las mayores que eran aquellas que contaban con todas las facultades. Su régimen era intraclaustral: el rector era el superior del convento o colegio respectivo y él designaba a los profesores. La enseñanza era gratuita y lo mismo la obtención de los grados. Éstos eran los de bachiller, licenciado y maestro en artes y los de bachiller, licenciado y doctor en teología. Los estudios de artes duraban tres años y los de teología, para seguir los cuales era menester estar graduado en artes, duraban de tres a cuatro años. Los grados que debían ser originariamente otorgados por el ordinario eclesiástico, luego pudieron ser conferidos por las autoridades conventuales; este privilegio lo tuvieron los dominicos hasta el cese de su universidad; en cambio, los jesuitas lo disfrutaron por un tiempo y después volvieron a recibirlos del ordinario.
El programa de estudios, las pruebas y los exámenes estaban minuciosamente reglamentados y todo se realizaba con seriedad notoria.
A pesar de la igualdad de planes de ambas órdenes, en la enseñanza se seguían líneas diversas: los dominicos enseñaban la teología apegados a la Summa, en cambio los jesuitas utilizaban los comentaristas de la Compañía, Francisco Suárez, el principal. En el curso de artes los jesuitas insistieron en que se utilizasen libros impresos; sobre ello hubo una orden del propio general: la obra más utilizada fue la del padre Antonio Rubio "que recogió en su curso filosófico cuanto se podía desear en la materia", más tarde debe haberse recurrido también al extenso tratado del padre Miguel de Viñas: Philosophia Scholastica. Sin embargo, seguramente por la escasez de ejemplares de los libros, persistió el sistema de los textos manuscritos, que luego eran explicados con conferencias y en los actos académicos.
Paralelamente a las universidades funcionaban los colegios de dominicos, jesuitas, franciscanos, agustinos y mercedarios, y el Seminario Conciliar, que tenían planes de estudios encaminados a la formación sacerdotal pero que, en parte, coincidían con los universitarios en artes y teología. En estos colegios, fuera de los alumnos eclesiásticos y religiosos, eran admitidos laicos. La formación que se impartía era de buen nivel pero, para obtener los grados debían seguirse los cursos universitarios y someterse a todas las pruebas que para ellos se requerían.
Entre los colegios se destacó por la calidad de sus estudios, a fines del siglo XVII, el de San Francisco Javier de los jesuitas y en el siglo siguiente el franciscano de San Diego de Alcalá.
No había confusión entre las universidades y los colegios, aunque ésas funcionaban en los mismos sitios y el prior del convento o colegio era a la vez rector de la universidad.
El método de la enseñanza y de las exposiciones en exámenes y actos académicos era el llamado escolástico, con un predominio de encadenamientos silogísticos unidos por el ergo como ritornelo. Estos desarrollos racionales resultaban en el siglo XVIII notoriamente envejecidos en lo que se refiere a la carrera de artes, en particular en cuanto tocaba a la física.
Una extensión de la universidad jesuítica fue la Universidad Pencopolitana. El primer obispo de la diócesis de la Imperial, fray Antonio de San Miguel, quiso fundar universidad en su capital, pero sólo pudo establecer con éxito, muy temprano, en 1571, el Seminario Conciliar. Al ser abandonada la Imperial ante la gran sublevación que acabó con las ciudades al sur del Bío-Bío y trasladada la sede episcopal a Concepción por fray Reginaldo de Lizárraga en 1603, cesó de funcionar el Seminario y al parecer no fue reconstituido en forma durante el curso del siglo xvii.
En las primeras décadas del siglo xvii la situación se presentaba más halagüeña, habían aumentado los diezmos y la ciudad se había desarrollado. El obispo Juan de Nicolalde (1716-1724) refundo formalmente el seminario en 1718 y le dio una instalación satisfactoria. Sin embargo, se topó con la dificultad de encontrar un profesorado idóneo y por ello recurrió a la Compañía de Jesús que tenía un colegio en Concepción, de enseñanza elemental y de centro de las misiones de Araucanía. Así, en 1724, antes de dejar la diócesis para asumir el arzobispado de Charcas, Nicolalde, ultimó los pactos con la Compañía, la que tendría todo el manejo docente del seminario. Este establecimiento ya había atraído, fuera de los becarios para el sacerdocio, un número importante de alumnos cuyos estudios eran costeados por sus familias, pues se trataba del único establecimiento que, en el sur del país, podía proporcionar una formación intelectual más elevada. Los jesuitas establecieron, con todos los requisitos de su ratio studiorum los cursos de filosofía y de teología, y de esta manera, los alumnos podían aspirar a los grados de bachiller, licenciado y maestro en filosofía y de doctor en teología, los que, una vez cursados los estudios y cumplidas todas las pruebas, al igual que en la Universidad en Santiago, permitían al obispo otorgárselos. No fueron pocos los graduados. Los primeros de que hay noticia fueron dos laicos que obtuvieron el doctorado en teología: en 1725 Alonso de Guzmán y Peralta, quien fue catedrático de cánones y en 1762 rector de la Universidad de San Felipe y, en 1731, Manuel de Alday y Aspée, más tarde obispo de Santiago.
La Universidad funcionó normalmente hasta 1751, fecha en que un terremoto destruyó la ciudad y obligó a refundarla en otro lugar. Lentamente fue restablecido el seminario en la ciudad nueva y aun se llegó a conferir algún grado antes de la expulsión de los jesuitas en 1767.
Las universidades de dominicos y jesuitas hubieron de cesar en sus funciones con la creación de la Real Universidad de San Felipe. Ésta fue fundada en 1738, pero su establecimiento definitivo, cuando ya cuenta con tribunal de examinadores y con sus cursos en actividad, vino a ocurrir entre 1751 y 1758. Por ese motivo el término de las universidades menores se prolongó hasta cerca de las fechas indicadas: consta que en la dominicana se otorgaron grados hasta 1747. En las jesuíticas de Santiago y Concepción hasta algunos años más adelante.
El número de graduados fue abundante y en signo de continuidad de la historia universitaria, los doctores de las universidades conventuales fueron incorporados a la universidad real.
