Los movimientos juntistas en toda América hispana no trajeron grandes cambios ideológicos ni institucionales en los antiguos reinos que formaban el conjunto imperial español americano. Al poco tiempo, sin embargo, y especialmente por los enfrentamientos bélicos y los lapsos de reconquistas peninsulares, los grupos separatistas fueron configurando sus propias ideologías, tomando ideas de los principios de la Revolución Francesa en una primera época y agregando luego otros de la Revolución Norteamericana y del liberalismo europeo.

Las reacciones antiespañolas, centradas particularmente en cuestiones políticas y económicas, fueron muy diferentes en los distintos reinos y virreinatos. Todas tocaron, de algún modo, a la educación y la cultura. Fueron drásticas en el área del Río de la Plata y Chile, casi inexistentes en el Virreinato peruano y su área de influencia, y más superficiales en la Nueva España.

Los intelectuales y pensadores en Latinoamérica, aún se movían bajo la impronta de la Ilustración, aunque fluctuaban entre el acervo ideológico tradicional de ella u otros en su corriente avanzada, parte de la cual había penetrado en la llamada Ilustración Católica, la modalidad española del movimiento.

Las reacciones de los grupos independentistas, contra la orientación y la organización tradicional de los estudios y de la cultura, dependió en buena medida del avance que, en diversos lugares, habían tenido las ideas ilustradas.

En el virreinato de la Nueva España, por ejemplo, en muchos aspectos, éstos habían sido espectaculares. La labor de los jesuitas, que dominaban allí la educación superior, hasta antes de su expulsión, había permitido la aparición y uso de obras como las de Francisco Javier Alegre, Diego José Abad o la de Francisco Javier Clavijero. A esto se añadía la política de los virreyes ilustrados, la creación de la cátedra de anatomía (1768), el seminario de minería (1779), la Escuela de Bellas Artes con estudios de arquitectura (1784), la cátedra de botánica y el jardín Botánico (1787) y, junto con ello, un verdadero equipo de sabios y profesores. Sólo al seminario de minería llegaron 11 especialistas alemanes en procedimientos de amalgamación de la plata, uno de los cuales, Soneschmidt, escribió el famoso Tratado de amalgamación de la Nueva España, publicado en 1805, además de incorporar entre los estudios del seminario la obra de Lavoissier.

El espíritu de renovación también se dejó sentir, aunque tímidamente en Chile, ya que los jesuitas -como vimos en el capítulo anterior- habían dado inicio a esta tarea. La ofensiva contra el latín y la enseñanza escolástica, y la actualización de las bibliotecas fueron algunas de sus expresiones.

En este contexto, asimismo, se inscribió la fundación en 1797 de una escuela técnica llamada Academia de San Luis, establecida gracias al empeño y diligencia de Manuel de Salas y con la colaboración económica de los tribunales del consulado y del cabildo. Ella pretendió ser una réplica en Chile de los establecimientos que la Ilustración había logrado crear en España para la difusión de las ciencias útiles y la preparación de individuos para la actividad económica desde la artesanía y la agricultura hasta la práctica de las profesiones de ingenieros y otras basadas en los conocimientos de las ciencias matemáticas, físicas y químicas. Se impartió aquí enseñanza de primeras letras y latinidad, dibujo, matemáticas y en algún período docimasia, pero el proyecto original no llegó a completarse a pesar del entusiasmo de su creador.

Estas innovaciones, sin embargo, no parecieron suficientes para quienes propiciaban transformaciones más radicales. De allí que aquellas instituciones tradicionales asociadas a la cultura en Chile fueron cuestionadas a poco de iniciado el movimiento independentista. Así, en la primera etapa del mismo, conocida como Patria Vieja, el Convictorio Carolino de Nobles cerró sus puertas en 1812, la Real Academia de San Luis fue clausurada en 1813 y la Real Academia Carolina de Leyes y Práctica Forense dejó de funcionar en 1814.

La Universidad, por su parte, que aparecía como un fiel reflejo de la monarquía, tampoco quedó al margen de los nuevos acontecimientos. Ella vio mermados algunos de sus privilegios y en ciertos casos, abolidos; fue instada a introducir modificaciones en sus programas de estudios, suspendida la provisión de sus cátedras vacantes y finalmente incorporada al Instituto Nacional, centro de enseñanza creado en 1813.

Con la restauración monárquica, después de Rancagua las cosas volvieron a su cauce, Sin embargo, se revertirían luego del triunfo patriota en la batalla de Chacabuco, en febrero de 1817.

Las innovaciones introducidas anteriormente fueron restablecidas en su mayoría y, esta vez, en forma permanente. De tal suerte que la Universidad entraba ahora en una etapa de franca decadencia. En el corto lapso de la reconquista no consiguió "adaptar los planes de estudios y estructuras docentes a las nuevas exigencias de la época, ni fue capaz de amoldarse a las mutaciones ideológicas y políticas connaturales al advenimiento del siglo XIX".