Desde años tempranos algunos juntistas y separatistas comenzaron, en sus discursos y escritos, a hacer notar las carencias de estudios prácticos y profesionales. Las críticas fueron mordaces, culpaban a la Corona española y a la Inquisición de haber mantenido a sus posesiones, privadas de los avances de la ciencia y de la cultura, en lo que llamaban una época de "oscurantismo colonial". Insistían en la urgencia de cambiar la situación y en la necesidad de reformar, con un nuevo espíritu, el sistema de educación del país.

Esta inspiración fue la que movió a algunas personas, al propio Salas, a Camilo Henríquez y principalmente a Juan Egaña, a idear la creación de un único establecimiento de enseñanza y de cultivo de las "ciencias útiles", por medio de la unión de los establecimientos que existían y principalmente de sus bienes y rentas, ya que cada uno tenía autonomía económica como propietario de sus bienes y libertad en su manejo. Un expediente con todos los proyectos planteados se siguió ante el congreso de 1811, pero éste no alcanzó a decidir su realización, pues en diciembre de ese año fue suprimido por el golpe militar de Carrera. Juan Egaña, por su parte, esbozó de nuevo un plan basado en los mismos principios. Tras él se advierte la lucha, que conocemos, en contra de la Universidad desinteresada que entendía que la práctica que llevaba en concreto a las profesiones no era asunto universitario, por laudable que fuese y a la que estaba bien dispuesta a colaborar como hemos visto en las modernizaciones de la segunda mitad del siglo XVIII.

Juan Egaña había logrado tener una situación política influyente: miembro del Senado establecido por la Constitución de 1812 y además, su hijo Mariano, colaborador devoto de sus proyectos, era ministro de la junta de Gobierno. A principios de 1813 la junta, presidida por Carrera, se preocupaba de la instrucción pública y había decidido reparar los edificios del Convictorio Carolino y dar nuevo empuje a este colegio. Cuando Carrera partió para dirigir la defensa frente a la agresión militar dispuesta por el virrey del Perú, la Junta de Gobierno ahora compuesta por Francisco Antonio Pérez, Agustín de Eyzaguirre y José Miguel Infante, y el secretario Mariano Egaña, decidió la creación del Instituto Nacional. Ese nombre, de raigambre francesa, lo había propuesto Camilo Henríquez en una presentación sobre el asunto. Se encargó de la realización a Juan Egaña, acompañado del rector del Convictorio Carolino. La mayor dificultad que se les presentó fue la de obtener la incorporación del Seminario, lo que finalmente se logró con un acuerdo con José Ignacio Cienfuegos que había sido designado para resolver las dificultades por el vicario en sede vacante, Andreu y Guerrero, que acompañaba a Carrera como predicador.

El plan de Juan Egaña era enorme, se trataba de establecer una gran variedad de cursos, para muchos de los cuales no había ni profesores ni alumnos. Los catedráticos de la Universidad se desempeñarían en el Instituto o, si eran titulares de cátedras perpetuas, podrían jubilar. Además, la institución contaría con un museo de historia natural, término a que se daba gran amplitud, jardín botánico, biblioteca, gabinetes de física y química. Incorporada al plan de Egaña fue la creación de una Sociedad de Amigos del País que serían eficaces colaboradores del establecimiento, así como el cuerpo académico de la Universidad, considerado "academia de los sabios y museo de las ciencias".

El decreto de creación del Instituto es de 27 de julio de 1813 y su instalación fue el 10 de agosto siguiente. Ésta se hizo con gran solemnidad en la sala principal de la Universidad y luego los actos religiosos en la capilla del Instituto. Mariano Egaña fue encargado de pronunciar el discurso oficial y esa pieza es uno de los más curiosos textos que se pueda imaginar, pues da por realizado y por existente todos los proyectos de su padre, de los que en la realidad no existía sino muy poco. El Instituto, sin embargo, funcionó unos meses con algunos cursos. La derrota de los patriotas en Rancagua, en octubre de 1814, puso fin a su existencia y, como antes vimos, los establecimientos amalgamados recobraron su personalidad por disposiciones de Osorio.

Después de declarada la Independencia de Chile, el Senado establecido por la Constitución de 1818, movió con intenso entusiasmo la reapertura del Instituto. Fueron encontrados los medios económicos para ello. E1 local que hasta entonces había sido ocupado como cuartel y una parte de él como teatro, fue desocupado para que volviese a su destino de establecimiento de educación. Se logró de nuevo arreglar la dificultad que surgió, como en 1813, para unir el Seminario al Instituto y se encargó a José Ignacio Cienfuegos, a la sazón gobernador del obispado y senador, la misión de dirigir su refundación. Con solemnidades semejantes a las de 1813, abrió sus puertas el 20 de julio de 1819. Su organización y sus planes de estudios fueron, con pequeñas variantes, los mismos de su primera fundación.