Recordemos que la Universidad de San Felipe había adquirido a raíz de la expulsión de los jesuitas las bibliotecas de la Compañía, que eran el mayor acervo bibliográfico existente en el país. La biblioteca era cuidada e incrementada en lo posible y estaba instalada en dos salas del edificio universitario. Al mismo tiempo que fundó el Instituto Nacional, la junta de Gobierno destinó la biblioteca universitaria para que constituyera la base de una biblioteca pública. En el discurso antes aludido de Mariano Egaña, se le da por ya establecida y lo mismo aparece en otros documentos de ese año 1813; al mismo tiempo hizo una suscripción pública pidiendo libros en donación o venta. Uno o dos centenares de volúmenes se juntaron, de los que da cuenta el periódico oficial El Monitor Araucano.

La Biblioteca Nacional fue vuelta a fundar por el gobierno de O'Higgins, el que nombró bibliotecario a Manuel de Salas y como su ayudante a Fernando Antonio de Elizalde y funcionó en las salas de la Universidad hasta 1824. El año anterior se había dispuesto su traslado a un local en el edificio de la Aduana, ya que se consideraba muy alejado del centro el de la Universidad. El nuevo estaba en la esquina de las calles Bandera y Compañía, el antiguo, en la de Agustinas y San Antonio. A Salas lo sucedió en la dirección de la biblioteca Camilo Henríquez, que había colaborado con él como subdirector. Este último empleo fue entonces confiado a José Miguel de la Barra.

En el mismo decreto que ordenaba el traslado, dictado ya en el gobierno de Freire, el 22 de julio de 1823, se disponía que se rogara al, obispo que permitiese la unión a la Biblioteca Nacional de la que se llamaba Biblioteca de la Catedral, es decir la que había legado el obispo Alday, dotándola de una renta para su encargado. Esto no ocurrió, pues esa biblioteca se conserva, hasta ahora, instalada en su mayor parte en el Museo anexo al Templo Votivo de Maipú.

Por el hecho de haberse traspasado la dictación de los cursos universitarios al Instituto y a la circunstancia de que la Universidad había sido privada de su biblioteca, se planteó la necesidad de que el Instituto formase una. Se comenzó pidiendo a los particulares, en avisos en El Monitor Araucano, que cooperasen con obsequios para ella y así se reunieron unos doscientos volúmenes que, durante la Reconquista, fueron depositados en el local de la Universidad. Al reabrirse el Instituto, el rector recurrió a los tribunales para recuperarlos y el director de la biblioteca fue obligado a devolverlos.