Pero las novedades planteadas por los colegios privados, tuvieron su repercusión completa en la organización de la enseñanza oficial de 1832.

En 1831 el Gobierno designó una comisión para que propusiera un nuevo reglamento interno para el Instituto y para que bosquejase un nuevo plan de estudios. Esa comisión compuesta por Manuel Montt, Ventura Marín y Juan Godoy cumplió su cometido y ambos proyectos tuvieron la aprobación oficial por decretos de 15 de marzo y 27 de abril de 1832, respectivamente.

El reglamento tendía a dar al rector autoridad suficiente apoyado y dirigido por una nueva junta de educación, provista de mayores atribuciones y que estuvo compuesta por Juan de Dios Vial del Río, Diego José Benavente, Andrés Bello, José Miguel Irarrázabal y Diego Arriarán.

El plan de estudios de 1832 se ocupó de la enseñanza secundaria y de la profesional y científica. Organizó la primera (Humanidades) en seis años en los cuales se estudiaban conjuntamente dos o tres materias que era necesario aprobar para ingresar al curso siguiente. Esta era una gran novedad, pues hasta entonces los cursos del Instituto no estaban bien articulados y comprendían una serie confusa de materias en las que el alumno se matriculaba en una o varias que le interesaban; los prerrequisitos para poderlas cursar eran muy pocos; así, por ejemplo, las clases de latín debían seguirse en orden y para optar a algunos grados universitarios se requería haber sido aprobado en tales o cuales cursos; a veces ocurría que a un candidato le faltaba alguna materia elemental y trataba de obtener que se le dispensase.

En los cuatro primeros años debía estudiarse latín y además geografía, matemáticas, historia sagrada, antigua y moderna, gramática castellana y francés e inglés. El idioma moderno seguía en los cursos cuarto y quinto que comprendían también filosofía y moral, además de derecho natural, y griego.

Andrés Bello había criticado el nuevo plan en un artículo en El Araucano. Su principal oposición se refería a la pluralidad de ramos que se exigía a los alumnos a cursar coetáneamente, pues su parecer era que un estudiante debía dedicarse, con la profundidad posible a un solo ramo cada año. Sin embargo, al parecer se convenció de que era mejor el sistema propuesto, pues, en la junta de educación, colaboró con decisión a hacerlo realidad.

Durante diez años, bajo los rectorados de Manuel Montt, de Francisco Puente y sobre todo de Antonio Varas, el plan de humanidades de 1832 se fue mejorando hasta llegar a principios de 1843 a transformarse en lo que podemos considerar como plan moderno de educación secundarias, y tan duradero fue que su esquema y buena parte de su método se cursaron durante muchos años.

En esta modernización de los estudios de humanidades colaboró siempre Andrés Bello y algunos de los profesores del Instituto, pero de una manera fundamental lo hicieron Ignacio Domeyko, con una memoria publicada en 1842 en el Semanario de Santiago y Antonio Varas con tres artículos aparecidos en la misma revista.

Se puede advertir que ya, a partir de 1832, la enseñanza secundaria había adquirido un variado contenido propio, que no cabía en los moldes de la tradicional Facultad Menor de Filosofía que, salvo algún leve rastro, había desaparecido.

En lo que toca a las cuatro facultades mayores también este plan tuvo una importancia extraordinaria: complementó los estudios de leyes en el curso introductorio de "Legislación universal", siguiendo a la letra el que había impartido con ese nombre Andrés Bello en el Colegio de Santiago, e incluso utilizando el texto que Bello había dictado a sus alumnos. Volvió a aparecer el derecho romano, que había sido suprimido en 1813 y se consideró el estudio del derecho patrio o nacional. La carrera duraba cinco años.

En cuanto a los estudios matemáticos se articuló un plan que se extendió por seis años. Éstos fueron adquiriendo consistencia -aunque muy lentamente- gracias al empuje y decisión de Andrés Antonio de Gorbea. En un informe enviado al ministro de Instrucción Pública por el rector del Instituto, Manuel Montt, en 1839 se exponen los tropiezos evidenciados en esta área: "las matemáticas -dice- tan fecundas, en aplicaciones útiles, son también poco cultivadas. Setenta y dos alumnos cuenta la primera clase i solo tres la última, porque la mayor parte abandona el estudio después de concluir los primeros ramos, sin tener la constancia necesaria para llegar al término en que las nociones teóricas recibirían sus verdaderas aplicaciones". Gorbea intentó hacer más atractivos estos estudios, y para ayudar a ello tradujo el extenso Curso completo de matemáticas puras de L. B. Francoeur y el Tratado de geometría descriptiva, de Leroy. Por otra parte logró implementar la carrera profesional de agrimensor, que quedó oficialmente organizada con el decreto de 15 de enero de 1831. A la fecha se había concedido dicho título a algunos alumnos pero "sin los precedentes jurídicos ni académicos que reglamentaran su recepción". Los estudios teóricos fueron complementados con una práctica de trabajos topográficos para cuyo efecto se abrió una cátedra en el Instituto. Ella fue encargada a un profesor del establecimiento, quien debía salir con los alumnos a los terrenos que presentaran mayor dificultad en la mensura y mayor variedad en la configuración. Otras dos disposiciones, de 30 de abril y 2 de mayo de 1842, que incorporan nuevos estudios, se inscriben en el propósito de perfeccionar esta carrera.

En lo que toca a medicina, el plan de 1832, comprendió una carrera racional, como no había existido nunca, que constaba de cinco años. Ello permitió la inauguración de los estudios el 17 de abril de 1833; meses antes se había creado la clase de farmacia, y en mayo de 1835 fundada la clase de cirugía y clínica obstétrica. Los especialistas de más alta formación que había en el país colaboraron en esta obra: Blest, Sazié, Morán y Bustillos, los principales.

Los mayores tropiezos enfrentados en su desarrollo dicen relación con el desprecio con que los alumnos miraban aún las ciencias médicas, y con el reducido número de profesores para el servicio de las cátedras, lo que hacía la enseñanza irregular e incompleta. La creación de seis becas en el Instituto para aquellos que optaran por las ciencias médicas así como la publicación de artículos en El Araucano ensalzando dichos estudios, tendieron a estimular la dedicación a ellas.

En 1839 las cátedras de medicina del Instituto comenzaron a dictarse en el hospital San Juan de Dios, en salas que se habían habilitado para este efecto. Se pretendía que este traslado, no alterara la autoridad, dirección e inspección que el rector del plantel educacional tenía sobre los profesores, alumnos y régimen de enseñanza del curso. Sin embargo, al parecer esto no sucedió.

Los primeros frutos se lograron en junio de 1842, cuando cuatro alumnos: Javier Tocornal, Luis Ballester, Francisco Rodríguez y Juan Mackenna rindieron su último examen, después de casi diez años de estudios, convirtiéndose así en los primeros graduados del curso médico de 1833.

La reforma abarcó también el plan de los estudios de teología, que habían llegado a una extrema pobreza pero, como se consideraba que ellos estaban destinados a los seminaristas, la separación del Seminario Conciliar del Instituto en 1835, no permitió que se pusieran en práctica. Incluso la cátedra de teología fue suprimida expresamente por un decreto misceláneo que eliminó algunos empleados administrativos del Instituto que no eran útiles en ese momento en que se había suspendido el funcionamiento del internado.