El Consejo Universitario, integrado por el rector de la Universidad, los decanos de las facultades, el secretario general y dos miembros nombrados por el Gobierno ejercía la Superintendencia de Educación Pública, establecida por el artículo 154 de la Constitución y reafirmada por el artículo 1° de la ley de 19 de noviembre de 1842.

Al Consejo, organismo asesor del Gobierno en materia de educación, le competía la dirección de todos los establecimientos de instrucción científica y literaria costeados con fondos públicos, provinciales o municipales, la inspección de los particulares y de las escuelas primarias, y la jurisdicción correspondiente sobre todos los empleados en la instrucción pública.

Como obligación primera, entonces, debía ocuparse de mejorar los estudios de todas las ramas de la enseñanza, lo que en la práctica comprendía el manejo de los planes de estudios, de los programas de exámenes, de la aprobación de textos; la concurrencia a los colegios de comisiones universitarias para presenciar la rendición de exámenes, además de la dictación de reglamentos de administración y disciplina pertinentes para los diversos centros de educación. Junto con el adelantamiento general de los estudios, el Consejo procuraba dar un giro de aplicación práctica a la instrucción en provincias. Teniendo en cuenta las características o circunstancias propias de cada lugar determinaba los ramos que era conveniente enseñar para el progreso de las industrias en ellos predominantes.

En cuanto a su facultad inspectiva velaba por la observancia de las leyes y disposiciones relativas a la instrucción pública, por el buen funcionamiento disciplinario y académico de los establecimientos, por el uso de los textos y métodos de enseñanza previstos, así como por el arreglo económico de los mismos. En teoría la supervisión sobre los colegios privados perseguía iguales objetivos que los señalados para los establecimientos fiscales, no obstante, efectivamente se reducían a impedir la inmoralidad o abusos que comprometieran la salud de los alumnos.

El reglamento disponía que las visitas inspectivas fueran practicadas a lo menos cada tres meses por los propios miembros del Consejo en la capital, por los empleados subalternos con que contaba en el resto del país, o por cualquiera otra persona que se tuviese a bien nombrar para este efecto . La Facultad de Filosofía y Humanidades, por otro lado, obedeciendo el mandato del artículo 8° de la Ley Orgánica colaboraba también en esta tarea, aunque sólo en relación a la instrucción primarias. Los comisionados estaban facultados para tomar las medidas convenientes cuando las transgresiones a los reglamentos fueran manifiestas, y en situaciones más complejas, informar al Consejo proponiendo las soluciones pertinentes.

Respecto a la jurisdicción que en mayor o menor grado tenía el Consejo sobre los empleados de la instrucción pública, le correspondía asegurarse de que éstos no fueran ineptos, inmorales o que descuidaran de manera grave sus deberes. Para evitarlo podía reprender, suspender por un tiempo y hasta proponer al Gobierno la separación definitiva de sus funciones a dichos empleados, incluyendo a los preceptores. No obstante, permitía al afectado ser oído antes de decidir.

Estas funciones del Consejo, asociadas a su calidad de Superintendencia de Educación, eran desarrolladas en el resto del país por las juntas provinciales y por las inspecciones de instrucción pública, las que tenían también la obligación de remitir al Consejo informes periódicos sobre el estado de las escuelas y establecimientos de educación ubicados en sus respectivos sectores. Al parecer, sin embargo, esta última tarea no fue cumplida en la práctica con la eficiencia deseada, y con frecuencia fue necesario recurrir a la intervención de los intendentes para la obtención de dichos datos.

Por cierto que el Consejo dedicaba parte importante de su tiempo a la atención de los asuntos relativos a todos los ramos de la educación, pero era ésta una de las áreas de su incumbencia, pues a él correspondía también ocuparse del gobierno interno y de la economía de la Universidad. De hecho las facultades podían resolver, sin su intervención y aprobación, sólo en aquellos casos en que la ley o los estatutos así lo declaraban, y disponía todas las erogaciones que hubieren de hacerse de los fondos propios de la Universidad, revisando la cuenta de sus gastos y tomando las medidas de economía ordinaria necesarias, para cuyos efectos podía nombrar un tesorero.

Por otro lado, era el Consejo quien en primera instancia analizaba y resolvía los problemas suscitados en la práctica a causa de los vacíos y desinteligencias de la reglamentación y disposiciones universitarias vigentes. Éstos, de origen diverso, se referían principalmente a aspectos administrativos, organizativos y académicos.

Dentro de las materias universitarias tratadas, especial importancia tenían el arreglo e implementación de los grados y de los cursos superiores. Era el rector en Consejo quien confería los grados de bachiller y licenciado. Y en la colación de grados era el Consejo que estudiando caso a caso podía eximir de algunas o todas las pruebas literarias a quienes presentaban los respectivos diplomas que acreditaban haber recibido iguales grados en otras universidades. O bien el que permitía pasar por alto alguna de las solemnidades exigidas por el reglamento, o la admisión de exámenes en épocas distintas a las preestablecidas. Tenía además injerencia en los proyectos de estatutos para el otorgamiento de grados y en las cédulas de exámenes de los mismos.

Si bien los acuerdos tomados por el Consejo en la multiplicidad de materias tratadas necesitaban de la aprobación gubernativa, lo cierto es que en la práctica era éste quien decidía, pues la ratificación a sus decisiones llegaba casi invariablemente.

El Consejo, que en ausencia del patrono o del vicepatrono era presidido por el rector, se reunía en forma ordinaria una vez por semana y extraordinariamente todas las veces que fuese necesario. Remitía mensualmente las actas de sus sesiones al Ministerio de justicia, Culto e Instrucción Pública y anualmente entregaba un extenso informe del estado de la instrucción pública en todas sus ramas, con sus aciertos y tropiezos.