La idea de las facultades-academias está inspirada en el Instituto de Francia. La aplicación de estos conceptos en Chile encontró en Juan y Mariano Egaña a dos importantes artífices. Tanto uno como el otro intentaron, desde los diversos cargos que les correspondió desempeñar, llevar a la práctica sus ideas sobre educación y cultura. Eran hombres de gran ilustración, conocedores tanto de los clásicos como de los filósofos y literatos franceses del siglo XVIII, y con una acentuada capacidad de asimilación. Adolecían, sin embargo, del sentido práctico que les permitiera adaptar los conocimientos adquiridos a las necesidades y características propias del lugar donde pretendían implantarlas, por lo que algunos de sus proyectos estuvieron condenados al fracaso. Con todo, su labor dejó huellas.

Fue así como la creación de la Academia Chilena por parte de Mariano Egaña, constituyó un claro antecedente de las facultades establecidas en la Ley Orgánica del 19 de noviembre de 1842. Dividida en tres secciones, ciencias morales y políticas, ciencias físicas y matemáticas y literatura y artes, tenía por objeto, tomos hemos indicado, el estudio y perfeccionamiento de las ciencias. De igual modo la Universidad comprendía como una de sus funciones fundamentales el cultivo de la literatura y de las ciencias. Así lo enfatizó Andrés Bello en el discursó leído en la ceremonia de instalación de la Universidad, el 17 de septiembre de 1843, destacando sus bondades y el progreso al que su dedicación conduce.

Fueron las cinco facultades, concebidas como centros sabios, las encargadas de esta misión. Éstas no eran docentes, ni estaban asociadas a la cátedra, y por lo tanto quienes las integraron fueron miembros -designados por el Gobierno los primeros y elegidos los siguientes- y no por catedráticos, como en la Universidad de San Felipe. Hubo también miembros honorarios y corresponsales y de éstos un grupo numeroso, especialmente de la Facultad de Ciencias Matemáticas y Físicas, participó con sus observaciones en las tareas científicas, desde distintos puntos del país.

Las funciones de cada una de estas facultades, establecidas en la Ley Orgánica, fueron descritas con más precisión por Andrés Bello en el discurso anteriormente citado. La Facultad de Filosofía. y Humanidades debía dedicarse al estudio y enriquecimiento del idioma, a pulir las costumbres, a afinar el lenguaje haciéndolo un vehículo fiel de las ideas, a contactarse con la Antigüedad y con las naciones más civilizadas, cultas y libres, mediante el estudio de idiomas vivos y muertos, y a dar a conocer directamente y no por traducciones la producción literaria extranjera.

A la Facultad de Medicina correspondía investigar las peculiaridades que daban al hombre chileno su clima, sus costumbres y sus alimentos y dictar las reglas de higiene privada y pública, procurando prevenir y erradicar las enfermedades endémicas y epidémicas más frecuentes.

A la Facultad de Teología correspondía el fomento de las ciencias eclesiásticas para la formación de dignos ministros del culto; debía proveer a los pueblos de la República de una competente educación religiosa y moral, sin olvidar el promover los conocimientos del dogma y los anales de la fe cristiana entre la juventud.

A la Facultad de Leyes y Ciencias Políticas, por su parte, se le abría el campo más vasto en aplicaciones prácticas. A ella tocaba preocuparse por la formación y el perfeccionamiento de las leyes orgánicas, por la recta y pronta administración de la justicia, velar por la seguridad en el respeto de los derechos de los ciudadanos y la credibilidad de las transacciones comerciales ocupándose, probablemente también, del estudio de las leyes romanas, pues este estudio era el mejor aprendizaje de la lógica jurídica forense.

Finalmente, la Facultad de Ciencias Matemáticas y Físicas tenía un gran desafío: hacer efectiva sus aplicaciones a una industria naciente que tenía en ejercicio unas pocas artes, sin procederes bien entendidos, sin maquinarias y utensilios adecuados; sus aplicaciones a una tierra rica en metales y fértil en riquezas vegetales, la que se conocía superficialmente.

Aparte de lo señalado, las facultades tenían algunos otros deberes específicos. La de Filosofía la dirección, inspección y mejoramiento de las escuelas primarias; la de Matemáticas la supervigilancia de la construcción de edificios y obras públicas y el mantenimiento de un museo o gabinete de historia natural, y la de Medicina debía proponer al Gobierno los medios que considerara adecuados para la formación de una estadística médica y de tablas exactas de mortalidad. Por su parte, los decanos de la Facultad de Teología y de Leyes y Ciencias Políticas, debían dirigir la Academia de Ciencias Sagradas y la Academia de Leyes y Práctica Forense, respectivamente.

De otro lado, las facultades desarrollaban también una importante labor de apoyo de la docencia a través de: a) elaboración de programas de estudio: para suplir la insuficiencia de textos era fundamental la redacción, lo más perfecta posible de programas especiales para cada curso y para cada ramo de estudio. De ello estaba encargada cada facultad -a petición del Consejo en la especialidad de su competencia, b) asistencia a exámenes: miembros de las facultades eran comisionados para presenciar y tomar parte en los exámenes rendidos en ambas secciones del Instituto, en el Seminario, la Escuela Normal, la Academia Militar y en la Escuela de Artes y Oficios, con la obligación de hacer llegar un informe al Consejo, una vez concluida la tarea, c) Revisión de textos de enseñanza: a través del Consejo llegaban hasta el seno de las facultades libros de enseñanza para ser sometidos a exhaustivo examen y apreciación.