El 22 de noviembre de 1847 se dictó un nuevo plan de organización para los estudios universitarios, el que se puso en práctica en 1852. Por él se dispuso la división del Instituto Nacional en dos secciones: una destinada a la instrucción secundaria o preparatoria y la otra a la instrucción universitaria o profesional y científica.

Esta última quedó inmediatamente sujeta al rector y al Consejo de la Universidad, pero con un jefe especial llamado delegado universitario, a quien correspondió el manejo y gobierno del establecimiento en todo lo relativo a su régimen y economía interior.

El delegado tenía, además, la facultad de castigar a los alumnos que transgredían las normas de estudio y de orden, pero requería de la aprobación del Consejo cuando se trataba de una expulsión.

Por decreto de 3 de marzo de 1852, se designó en el cargo de delegado universitario a Ignacio Domeyko, quien lo ejerció hasta septiembre de 1867, fecha en que fue elegido rector de la Universidad.

En su memoria de 1861, Domeyko dio cuenta del desarrollo experimentado por los estudios superiores desde la reestructuración. En una década -dice- se duplicó el número de clases y de profesores y por ende de alumnos y se organizaron los estudios para las profesiones científicas más útiles para el país. Funcionaban, por tanto, las tres facultades en forma de escuelas superiores especiales: la jurídica, la de medicina y la politécnica. En esta última se ubicaron las principales ramas de las ciencias básicas y aplicadas, indispensables para ingenieros civiles y de minas.

Domeyko agrega que durante este tiempo, y gracias a las medidas tomadas, se había logrado acabar con tres defectos comunes en los alumnos de estudios superiores que dañaban su rendimiento: la impaciencia y premura por terminar los estudios, la falta de orden y método en el trabajo, y la excesiva (casi exclusiva) importancia dada a los textos de estudio, en detrimento de las explicaciones entregadas en clases por el profesor.

Bajo la inspección directa del delegado universitario estaban también -aparte de las facultades ya nombradas- las Bellas Artes, que desde 1858 formaron parte de la sección universitaria del Instituto. Domeyko prestó a estas escuelas: de pintura, escultura y arquitectura igual atención y protección que a los estudios científicos, estimulando su progreso, e instó al Gobierno a enviar a Europa a los alumnos más aventajados para la continuación de sus estudios.

a) Estudios superiores de matemáticas

Toda la actividad de la sección universitaria en lo que se refiere a los estudios superiores de matemáticas, se reducía a la entrega de algunos títulos de agrimensores. Esta carrera logró algún desarrollo debido a los esfuerzos de Lozier y Andrés de Gorbea, pero la falta de organización en los estudios y de medios materiales para la instrucción alejaban a los estudiantes.

Con el propósito de mejorar la preparación de los aspirantes a la carrera de agrimensura, Antonio Varas redactó un plan de estudios preparatorios en marzo de 1843 y el catedrático y rector del Instituto, Francisco de Borja Solar, propuso establecer una clase de dibujo topográfico y otra de mecánica, creada en enero de 1850. En 1851, los ramos que se impartían en la carrera eran cinco: física, química y mineralogía, tercera de matemáticas, mecánica y arquitectura.

Un decreto de diciembre de 1853 organizó los estudios creando las carreras de ingeniero geógrafo, ingeniero de minas, ingeniero de puentes y calzadas, ensayadores y arquitectos. La antigua carrera de agrimensura fue reemplazada por la de ingeniero Geógrafo. Algo parecido sucedió con la profesión de ensayador, absorbida por la de ingeniero de minas.

Después de tres años de la aplicación del plan, sólo se presentaron dos candidatos aspirantes al título de ingeniero geógrafo, cinco al de ingeniero de minas, siete al de ensayador y uno al de arquitecto. Faltaba un curso para completar el plan de estudios de la carrera de ingeniería de puentes y calzadas y otro de explotación de minas. Ante la carencia de profesores, Domeyko se veía obligado a atender cinco ramos a la vez. Otro problema era contar con un taller u oficina de dibujo de máquinas, hornos y aparato de ingenios para la elaboración de proyectos industriales. Sólo en 1859 se completó el plan, con la creación del taller especial de máquinas y construcciones.

En 1861, se puso en práctica una modificación para las carreras de ingenieros geógrafos y de minas, incorporando al plan de estudios las clases de astronomía, cálculo diferencial e integral, historia natural y explotación de minas y de metalurgia, creada en 1860. El Gobierno, para impulsar los estudios, financió la publicación de varios textos de las especialidades, un tomo de observaciones astronómicas efectuadas por Carlos Moesta, y otorgó fondos para solventar el viaje científico de Philippi al desierto de Atacama.

Domeyko, en su calidad de delegado universitario, hizo ver en 1863 el estado de estos estudios, destacando que por primera vez se impartieron dos cursos de aplicación inmediata: laboreo de minas y el de puentes y caminos. Las carreras de ingeniería tenían ya nueve profesores y habían llegado textos e instrumentos especializados desde Europa.

Al año siguiente, surgieron cursos especiales de ingenieros de minas y de ingenieros geógrafos en el Liceo de La Serena, y otro de ingenieros de minas en el Liceo de Copiapó.

Estos cursos, que duraban cuatro años, fueron complementados con otro preparatorio, que debían aprobar todos los que deseaban incorporarse a la enseñanza superior. Los egresados debían rendir en la Delegación Universitaria de Santiago el examen final y las pruebas orales y prácticas necesarias para titularse. Sin embargo, en 1875, el Consejo de Instrucción Pública concedió al Liceo de Copiapó la facultad de tomar en el mismo establecimiento las pruebas finales y de conceder el título correspondiente. Pero, a pesar de los esfuerzos de sus respectivos rectores, la matrícula siempre fue escasa y el Consejo amenazó varias veces con suprimirlos, por considerar que no armonizaban con las carreras que se impartían en Santiago y porque demandaban un gasto excesivo. En la discusión, algunos consejeros pensaban que suprimiéndolos, aumentaría la matrícula de las carreras de ingeniería de la capital, lo que era un error, porque los padres con dinero preferían que sus hijos estudiaran leyes o medicina en Santiago, por ser profesiones más consideradas en la época.

Cuando en 1893 se fijó un nuevo plan de estudios que estableció una duración de cinco años para esas carreras, los escasos alumnos de provincia se desalentaron, porque deberían concluir sus estudios en Santiago. Como la matrícula en 1896 era de sólo seis alumnos en el Liceo de Copiapó, y algo parecido ocurría en La Serena, el Consejo decidió eliminarlos.

Mientras tanto, en los cursos de ingeniería de la Sección Universitaria del Instituto, la matrícula tampoco creció en comparación con las carreras de leyes y medicina. Entre los años 1866 y 1870, los alumnos que seguían las tres carreras de ingeniería apenas superaban el 10 por ciento del total de la matrícula universitaria, en cambio, leyes atraía a un 50 y medicina aumentó de un 16 a un 28 por ciento.

Los egresados de las carreras de ingeniería soportaban la competencia de ingenieros extranjeros y las poco seductoras rentas que recibían aquellos que lograban emplearse en las reparticiones públicas. Por su parte, el delegado daba como causas de la falta de desarrollo de los estudios la carencia de profesores y la escasa ayuda proporcionada a los estudiantes en materia de becas y empleo . En 1867, pidió al Gobierno se enviara a Europa a los jóvenes más aventajados para que a su vuelta al país enseñaran los ramos de las especialidades prácticas y que se diera preferencia a los ingenieros chilenos en el servicio público. En 1870, el Congreso aprobó el envío de dos estudiantes a Europa para perfeccionarse, los que fueron seleccionados en un concurso abierto y presidido por una comisión compuesta de tres miembros de la facultad. Tres años más tarde, servían dos nuevas clases: una de explotación de minas y otra de resistencia de materiales y de construcción de ferrocarriles, creadas por el Gobierno.

b) El curso de medicina

La carrera de medicina, organizada en 1833, tropezó con varios inconvenientes que afectaron su desarrollo. Entre los más importantes cabe mencionar la falta de profesores y la lentitud de los estudios. Vicente Bustillos, a cargo de la cátedra de farmacia, planteó estos problemas al ministro del Interior en un detallado informe en 1838. Por su parte, los pocos alumnos que cursaban esos estudios, también se quejaban por la tardanza en concluirlos. Que Guillermo Blest dejara su clase por motivos de salud y Sazié no enseñara la práctica de cirugía, agravaba la situación. El Gobierno incluso se vio en la obligación de reconvenir al primero por permanecer ausente aun después de cumplir su licencia. Además en 1841 falleció Pedro Morán, quedando vacante la cátedra de anatomía.

El traslado de las clases al hospital San Juan de Dios se transformó en otro problema. Así lo señaló Varas en 1844.

Con el cambio de local la enseñanza médica fue relegada al último patio del establecimiento de caridad, bajo condiciones insalubres, lo que desalentó aún más a los estudiantes. La falta de comodidades y de elementos para impartir la enseñanza, era una de las causas del lento progreso de los estudios médicos, considerados en la época poco dignos de caballeros. La otra causa era el prestigio de los estudios legales, que atraían a los estudiantes mejor dotados.

Sólo después de diez años, pudieron graduarse los primeros cuatro médicos, que se sumaron a los 13 facultativos -la mayoría extranjeros- que había en Santiago, autorizados por el Protomedicato para ejercer la profesión.

Antes del establecimiento de la Delegación Universitaria en 1852, el curso de medicina, de acuerdo con el plan de estudios de 1845, quedó dividido en dos series de materias de tres años cada una. Durante los tres primeros años se enseñaba anatomía, fisiología e higiene y como cursos accesorios: química orgánica, farmacia y botánica. En los tres últimos años: patología interna, clínica interna, terapéutica, medicina legal, patología externa y obstetricia. Para atender todas estas asignaturas había sólo cuatro profesores: Bustillos, Padín, Sazié y Blest, por lo que ningún alumno podía concluir sus estudios en menos de 12 años.

Con lentitud, el curso de medicina fue consolidándose, como puede apreciarse en un leve aumento de la matrícula: en 1853 contaba con 14 alumnos, en 1858 había 20 y en 1860 llegaba a 22. Sin embargo, el total de alumnos del curso apenas representaba el 10 por ciento de los estudiantes matriculados en la Sección Universitaria del Instituto; mientras, los matriculados en leyes superaban el 60 por ciento. El resto se repartía en los cursos de matemáticas y de bellas artes.

Para dar mayor consistencia a la carrera se realizaron algunas innovaciones: la clase de farmacia fue declarada obligatoria para los aspirantes al título de médico y farmacéutico. A la clase de cirugía le fueron agregadas otras materias complementarias y a la de patología el estudio de nuevos conocimientos aplicados en Europa.

En 1860 fue aprobado un nuevo plan de estudios, que consultó seis profesores. A petición de Domeyko fueron creadas una clase paralela de anatomía y después una de higiene. Una clase sobre enfermedades mentales -considerada indispensable al existir en la. capital una Casa de Orates desde 1856- quedó incorporada al plan de estudios en 1869. Ambos cursos, los de higiene y sobre enfermedades mentales fueron entregados a Ramón Elguero, que atendía a los pacientes del hospital de insanos. Dos años más tarde, Tocornal, el mismo Elguero y José Joaquín Aguirre, sugirieron que fuera reemplazada por una sobre enfermedades de niños, tomando en consideración el alto índice de mortalidad infantil de la época.

A partir de 1866 el Consejo de Instrucción Pública acordó la exigencia de la aprobación previa del bachillerato en humanidades para los aspirantes al curso de medicina, tal cual regía la disposición para el de leyes. Ese año la matrícula era de 59 alumnos -el 16 por ciento de los estudiantes de la Sección Universitaria- y Domeyko presagiaba un porvenir próspero a los estudios médicos.

En 1868, a petición de los profesores del curso, el plan de estudios fue reformado de nuevo, para obligar a los estudiantes a asistir diariamente a los hospitales. Se procedió, además, a nombrar un nuevo profesor de terapéutica y obstetricia. Como la matrícula. continuó aumentando, el local donde se impartían las clases quedó estrechos; el anfiteatro anatómico y el lugar para disecciones y preparaciones anatómicas resultaron insuficientes.

Diez profesores atendían en 1870 los distintos ramos de la Escuela de Medicina: José Joaquín Aguirre, de anatomía descriptiva; Francisco Tocornal, patología interna; Adolfo Murillo, terapéutica y obstetricia; Pablo Zorrilla, fisiología y medicina legal; Adolfo Valderrama, patología externa; Jorge Petit y Ramón Elguero, cirugía y clínica interna; Alfonso Thevenot, clínica externa; Ramón Elguero, enfermedades mentales; y Miguel Semir, flebotomía.

Otros cambios fueron propuestos en 1874: crear una clase de histología y una segunda de clínica interna, para absorber la gran cantidad de alumnos que cursaban el quinto año de la carrera. A1 año siguiente, el decano José Joaquín Aguirre, propuso enviar a Europa algunos alumnos distinguidos, para perfeccionar sus conocimientos y que volvieran a aplicarlos en la Escuela. El Consejo de Instrucción Pública presentó al Gobierno un proyecto de convenio para aquellos estudiantes a los que se auxiliaría con fondos públicos .

A partir de 1875, no podía sostenerse ya que los estudiantes de la Sección Universitaria prefirieran los estudios legales a los de medicina. Así, en ese año, Domeyko destacó que 115 jóvenes -de un total de 616 que cursaban estudios en la Sección- se habían inscrito en el curso de medicina, número superior al de los que por primera vez se matricularon en la Facultad de Leyes. Influyó. en esta situación el hecho que se aceptara 78 alumnos que no habían rendido su bachillerato al momento del ingreso. Pero este aumento de interesados en la profesión médica reflejaba también el creciente prestigio que adquirió la carrera.

Este mayor número de alumnos dejó al descubierto una serie de defectos en el plan de estudios, relacionados con la distribución de los ramos. El decano promovió entonces otra reforma, que fue aprobada en abril de 1878. El nuevo plan dispuso que el curso de medicina se abriera todos los años y fijó un orden más lógico para las diferentes asignaturas, que se impartían en los seis años que duraba la carrera. En primer año: anatomía y disecciones, química inorgánica y botánica. Segundo año: anatomía y disecciones, química orgánica y fisiología. Tercer año: patología general, patología externa, terapéutica y matera médica, y farmacia cuarto ano: patología interna, patología externa, terapéutica y materia médica. Quinto año: clínica interna, clínica externa y medicina operatoria, partos, clínica de partos y enfermedades de recién nacidos e higiene. Sexto año: clínica interna, clínica externa y medicina operatoria, clínica de partos y de enfermedades de recién nacidos, enfermedades y clínica de niños y medicina legal. La incorporación de los ramos de histología normal y mórbida, oftalmología y fisiología experimental, fue postergada por falta de recursos .

c) Los estudios superiores de leyes

Al momento de aprobarse la Ley Orgánica de 1842, el curso de leyes que se dictaba en el Instituto tenía sólo dos cátedras: derecho romano, a cargo de Miguel Güemes, y legislación, servida por José Victorino Lastarria. Además, como materia accesoria, Manuel Novoa dictaba la clase de derecho canónico y economía política. Los aspirantes a la carrera del foro, después de cuatro años de estudios, debían incorporarse dos años a la Academia de Leyes y Práctica Forense y después recibir autorización de la Corte de Apelaciones para ejercer la profesión. La Academia se componía en 1842 de 45 individuos asistentes, celebraba dos sesiones semanales, en las cuales se disertaba sobre las Leyes de Toro, había réplicas de académicos y se daba cuenta de todas las causas que estaban en curso. Los días viernes había explicación de algunos juicios, aclarando dudas y los postulantes rendían examen.

Aparte del curso del Instituto, existían clases de derecho de carácter privado, de las cuales se daba cuenta en la prensa de la época.

Por acuerdo del Consejo de Instrucción Pública, fue establecido en 1848 el orden que debía seguirse en los estudios legales, que ahora contaban con cinco ramos. Primer año: derecho natural; segundo año: derecho romano; tercero: derecho de gentes y cuarto: legislación, reservándose este curso para el tiempo de la práctica forense.

Suprimida la Academia en 1851, la práctica forense quedó a cargo de Güemes, que en dos años enseñaría los códigos especiales de marina, comercio, guerra y minas y conocimientos prácticos a los alumnos, ejercitándolos con escritos y alegatos.

Por decretos de 1853 y 1859 los estudios legales quedaron distribuidos de la siguiente forma: primer año: derecho romano (Cosme Campillo), derecho natural (Ramón Briseño), literatura superior (que no llegó a crearse); segundo año: derecho romano, derecho de gentes (Santiago Prado); tercero: derecho civil (Enrique Cood), derecho canónico (Rafael Fernández); cuarto: derecho comercial, derecho público administrativo, economía política (Courcelle Seneuil); quinto: procedimiento civil, código de minería; y sexto año: procedimiento criminal y derecho penal. Los últimos años correspondían a práctica forense, a cargo del propio Güemes.

Respecto a la matrícula entre los años 1853 y 1859, superaba largamente el 50 por ciento del total de alumnos de la Sección Universitaria del Instituto Nacional, siendo la carrera más atractiva para la juventud de la época.

En 1863 fue aprobado un nuevo plan de estudios, que redujo la carrera a cinco años, limitando la práctica forense a un año. Por el mismo decreto se comenzó a exigir a los postulantes el diploma de bachiller en humanidades, para incorporarse al curso. La duración de los estudios se mantuvo después de una nueva reforma en 1866, que cambió el orden de algunas asignaturas.

Mientras tanto, en los liceos de Concepción, La Serena y Valparaíso, se crearon cursos de leyes. En 1865, se abrió en el Liceo de Concepción uno que logró completarse en 1879. El Consejo discutió esta situación, considerando la escasa matrícula de algunas clases, pero el curso logró mantenerse hasta que se planteó la creación de la Universidad de Concepción. En el Liceo de La Serena, el curso de leyes no tuvo esa suerte, porque fue eliminado en 1882.

Un curso de leyes, de carácter privado, intentó impulsar en el Liceo de Valparaíso su rector Eduardo de la Barra. Alcanzaron a funcionar, a partir de 1878, las clases de derecho natural y romano, a cargo de un abogado, y las de derecho internacional y código civil, impartidas por un juez. Eran costeadas por los diez alumnos que las seguían. El Consejo, que se informó por la prensa de la existencia de este curso, ordenó su eliminación. Pero De la Barra reincidió en 1889 cuando, otra vez sin permiso alguno, facilitó algunas salas del Liceo para un curso libre de leyes, similar al que ya existía en la Universidad Católica de Santiago. Otro privado funcionó esporádicamente en el Liceo de Valparaíso entre los años 1896 y 1901, para competir con otro impartido en el Colegio de los Sagrados Corazones, pero no llegó a consolidarse. Finalmente, en 1911, el Consejo autorizó la creación de un curso fiscal en el Liceo que perduró dando origen a la Escuela de Derecho de Valparaíso.

En 1867, la Corte de Apelaciones de Santiago comunicó al Consejo su preocupación por la falta de conocimientos de los postulantes al título de abogado. La Corte había reprobado a varios de los candidatos. Este hecho provocó un intercambio de notas que buscaban averiguar las causas de este deterioro en el nivel de los estudios. Como resultado, el Consejo determinó recomendar a los examinadores más severidad en los exámenes de derecho y se procedió a revisar el plan de estudios. Esta inquietud por la calidad de la enseñanza se vio acentuada al apreciarse que los estudiantes de los cursos de humanidades ya no preferían sólo la carrera de leyes para continuar sus estudios, sino que también medicina.

Sin embargo, aparte de un mayor control en los exámenes, el curso de leyes no sufrió innovaciones de importancia hasta 1874. Ese año se adoptó el Código Penal y el de Minería, recién promulgados, como textos de enseñanza. En 1861 se había incorporado el Código Civil.

Por este motivo, el Gobierno decretó la supresión de las antiguas clases de derecho penal y de ordenanza de minas.

d) La Sección de Bellas Artes

En cuanto a los estudios de bellas artes, éstos se iniciaron en enero de 1849, con la creación de la Academia de Pintura, aun cuando el Gobierno ya había intentado establecerlos en 1843 con un curso de pintura a cargo de Monvoisin, que no prosperó. En ella comenzaron a impartirse clases de pintura y de dibujo a cargo de Alejandro Ciccarelli, quien fue su primer director. Ese año, Augusto Franlois principiaba la enseñanza de la escultura y el arquitecto de gobierno, Brunet des Baines abría una clase de arquitectura. Los cursos de pintura, dibujo natural y escultura, por acuerdo del Consejo, funcionaron desde el 22 de septiembre de 1849 bajo la tuición de la Facultad de Humanidades, en tanto la clase de arquitectura quedó a cargo de la Facultad de Ciencias Matemáticas y Físicas.

Bajo los auspicios de la Academia, se ofreció una Exposición de Bellas Artes, en la que destacaron Clara Filleul, Francisco Mandiola y algunos discípulos de Ciccarelli.

En 1858, el Gobierno decidió organizar una Sección de Bellas Artes, que mantuvo las tres clases originales: dibujo natural y pintura, escultura y arquitectura. La nueva sección, que comenzó sus actividades con 35 alumnos: 5 en la clase de arquitectura (que sólo funcionó esporádicamente), 19 en la de pintura y 11 en la clase de escultura ornamental y estatuarial, quedó bajo la inspección inmediata del delegado universitario y el decano de Humanidades y anexada a la Sección Universitaria del Instituto. El decreto de fundación determinó que dos veces al año se abriera un concurso para determinar las abras que debían ser premiadas de cada clase, en presencia de una comisión presidida por el rector y el decano respectivo.

En su Memoria, publicada en 1872, Domeyko afirma que las actividades de la sección en sus primeros años sufrieron interrupciones por enfermedad de los profesores que impartían las clases de escultura y de pintura. La clase de arquitectura también experimentó trastornos por los continuos cambios en el personal que servía el cargo de arquitecto de gobierno, a cuyo empleo se consideraba anexa la enseñanza del ramo. A pesar de los inconvenientes entre 1857 y 1870 se titularon dos arquitectos.

Cuatro años después de instalada la sección, el Gobierno, a instancias de Domeyko y de sus profesores, comenzó a enviar a Europa a los alumnos más aventajados, para que se perfeccionaran en sus ramos. Al mismo tiempo, los concursos anuales y las exposiciones de bellas artes en la Sección Universitaria del Instituto daban a conocer cada año nuevos talentos. El delegado universitario describió su situación como floreciente en 1872: Ernesto Kirbach se hallaba a cargo de la clase de pintura y de dibujo natural; Nicanor Plaza, discípulo de Francois, se desempeñaba en la enseñanza de la escultura, subdividida en escultura ornamental para artesanos y estatuaria para artistas. Por otra parte, el arquitecto de gobierno, Luciano Henault, abrió un curso de construcción para ingenieros civiles y aspirantes a la profesión de arquitecto.

Al quedar acéfala la clase de pintura por retiro de Kirbach, fue contratado en 1875 el maestro italiano Juan Mochi. Sus amigos Ángel Custodio Gallo y Pedro Lira lo recomendaron a Alberto Blest Gana, Ministro de Chile en París, quien celebró con él un contrato, que se prorrogó varias veces hasta 1894. Mochi, de destacada labor, pasó a ser el tercer Director de la Academia..

El desarrollo alcanzado por las bellas artes y la incorporación a la Universidad del Conservatorio de Música y Declamación, surgido de la Cofradía del Santo Sepulcro en 1849, llevó a Barros Arana a proponer la creación de la Facultad de Bellas Artes. Esta iniciativa no llegó a concretarse sino hasta 1929, pero se dio un gran paso en esa dirección durante el rectorado de Valentín Letelier, al organizarse el Consejo Superior de Bellas Artes, entidad que reunió por primera vez las artes plásticas y la música. En esa época inició sus actividades la Escuela de Artes Decorativas, que buscaba aplicar las bellas artes a la industria. Abrió sus puertas en junio de 1907, con una matrícula de 97 hombres y 67 mujeres.