La Universidad, desde la aplicación del Estatuto de 1842, contó entre sus miembros a varias personalidades de tendencia liberal. Esto fue posible debido a que los gobiernos conservadores de Bulnes y Montt, definidos como partidarios del orden en lo político, eran decididamente reformadores en materia educacional. La gran cantidad de recursos que invirtieron en el desarrollo de la instrucción primaria y los esfuerzos que realizó Montt desde sus cargos de diputado y ministro por defender la Universidad de Chile, institución que recibió fuertes críticas de algunos que la consideraban improductiva y costosa para el erario, prueban el afán progresista de aquellos gobiernos.
Lastarria primero y Miguel Luis Amunátegui después, genuinos representantes del liberalismo, fueron llamados a desarrollar importantes actividades dentro de la Universidad. Amunátegui, largos años secretario de la Corporación, se encargó de redactar numerosas memorias publicadas en los Anales. Igual cosa ocurrió con Diego Barros Arana, quien asumió como rector en 1893.
Los grandes temas que se ventilaban en la prensa, que se discutían en el Senado y la Cámara, que inquietaban a las elites políticas e intelectuales conmovieron también a la Universidad, especialmente cuando alguno de sus miembros estuvo involucrado o cuando el asunto tenía relación con la educación en cualquiera de sus niveles. Hubo problemas que repercutieron fuertemente en la Universidad como fueron, a partir del decenio de 1850, las discusiones entre la Iglesia y el Estado a propósito de la aprobación del Código Civil, posteriormente de la del Código Penal (1874) y de la ley de organización y atribuciones de los tribunales (1875), que prácticamente anulaba el fuero eclesiástico; cosa parecida ocurrió con el problema de la sucesión del Arzobispo de Santiago, Rafael Valentín Valdivieso en 1878, un decidido y enérgico defensor de las prerrogativas de la Iglesia y de la educación particular.
Los gobiernos de Federico Errázuriz Zañartu y Domingo Santa María implementaron una serie de leyes laicas que fueron motivo de fricciones entre el Partido Conservador, la Iglesia y los liberales. Entre estos conflictos, quizás el que tocó más de cerca a la Universidad fue el relacionado con el estado docente. El año 1871 cuando llegó a la Presidencia de la República el liberal Errázuriz Zañartu, gracias a la fuerza política de la fusión liberal conservadora, colocó en el Ministerio de Culto e Instrucción Pública al conservador Abdón Cifuentes.
Abdón Cifuentes decretó el 15 de enero de 1872, la libertad de exámenes, con lo cual los colegios particulares quedaron libres de la tuición del Instituto Nacional. Desde la dictación del decreto de 27 de octubre de 1843, los profesores del Instituto estaban encargados de tomar exámenes a los alumnos que cursaban estudios en colegios particulares, la mayoría de ellos controlados por la Iglesia Católica.
La pugna entre el estado docente y la libertad de enseñanza estaba planteada y las partes iniciaron la defensa de sus posiciones que fueron envolviendo poco a poco a toda la sociedad santiaguina de la época. Por un lado Abdón Cifuentes hablaba de "la aduana inquisitorial de los estudios" y sostenía que "monopolizar la enseñanza en manos del Estado es atribuir a éste su dirección exclusiva, es oprimir a la vez la razón y la conciencia de los ciudadanos". "El estanco intelectual de Chile, confiado a una sola universidad, la Universidad del Estado, tiene en sus manos el monopolio de las profesiones liberales, el monopolio de los grados universitarios, el monopolio de los exámenes generales y lo que es más inaudito, el monopolio de los exámenes anuales y por medio del monopolio de los planes de estudios, de los métodos de enseñanza, de los textos y de cuanto se quiera; porque aunque la ley consulta la libertad de los métodos y de los textos, esa libertad es una mera burla, desde que en esta materia es un axioma que el dueño del examen es el dueño de la enseñanza, desde que se entrega el examen más insignificante en manos de los profesores del Estado. ¡Nunca se vio despotismo semejante en ninguno de los pueblos de la tierra!".
Pero esta crítica que obviamente era cierta, se encontraba con una concepción fuertemente cimentada en el papel social de la educación pues, como sostenía Valentín Letelier, "un Estado no puede ceder a ningún otro poder social la dirección de la enseñanza pública. Para el sociólogo y para el filósofo, bajo el aspecto moral, gobernar es educar, y todo buen sistema de política es un verdadero sistema de educación, así como todo sistema general de educación es un verdadero sistema político".
Sin duda, la enseñanza entregada en manos de los particulares encerraba el peligro de destruir la identidad cultural que se deseaba tras la búsqueda de la unidad nacional, pero más que nada lo que temían los liberales era que la tutela del Estado fuera reemplazada por la Iglesia. "En sustancia, cuando se pide que se devuelvan al pueblo las funciones de la enseñanza, no es una aspiración popular la que se trata de satisfacer, es una aspiración de secta; se pide que la enseñanza se entregue a manos del pueblo, porque las iglesias desean acapararla en su provecho. En otros términos, se demanda en apariencia libertad para constituir en el hecho un privilegio y so capa de sujetar la enseñanza a la ley de la concurrencia industrial, lo que se quiere es ponerla en manos de la iglesia dominante". "No digo yo que esto sería un mal, pero sí digo que esto sería el resultado; y de consiguiente no está trabada la lucha entre la autoridad y la libertad, está trabada entre potestad y potestad, porque si la enseñanza no es dada por el Estado, necesariamente se encarga de darla la Iglesia".
Puesta así la cuestión ideológica estaba claro que el desencuentro era grande y nadie mejor que Abdón Cifuentes y Diego Barros Arana para protagonizar la conocida y fuerte querella que se suscitó al respecto.
Los hechos se sucedieron rápidamente. Abdón Cifuentes, ministro, encontró la manera de sustituir a Barros Arana en la dirección del Instituto. En respuesta, éste publicó su famoso artículo llamado "Mi destitución", en que acusó con energía al ministro y defendió con ardor los logros del Instituto, especialmente la fiscalización de los exámenes y la enseñanza de ramos científicos. El problema se hizo público y la opinión ciudadana se abanderizó. Se produjeron una serie de incidentes, que culminaron con el apedreamiento de la casa del ministro, debiendo intervenir la fuerza pública y pasando a constituirse en un verdadero escándalo que, por cierto, trascendió hasta el Congreso que en ese momento estaba en sesiones.
Guillermo Matta en la Cámara de Diputados propuso la censura del ministro dando motivo a uno de los debates más virulentos y apasionantes de la época. Todos los oradores eran magníficos: por la censura hablaron Miguel Luis Amunátegui, José Manuel Balmaceda, Isidoro Errázuriz y en contra lo hicieron Máximo Ramón Lira, Zorobabel Rodríguez y José Clemente Fabres. No se aprobó la censura, pues habría arrastrado a todo el gabinete, pero se logró un acuerdo de trascendental importancia para la educación chilena, cual fue, que a la brevedad la Cámara debería ocuparse en la discusión de un proyecto de ley que rigiese de manera estable la enseñanza secundaria y superior. En el fondo fue una censura al ministro, y de hecho, éste renunció a las dos semanas. En su reemplazo se nombró a un liberal moderado, José María Barceló.
Desde ese momento se consolidó la doctrina del estado docente, quedando claro que la docencia era la función más importante que le correspondía asumir al Estado.
La llamada "Libertad de enseñanza" fue derogada a fines de 1873.
Como consecuencia importante de esta medular querella quedó anunciada una reforma, que sería la de 1879, una de las más valiosas en la historia de la educación chilena.
