Las primeras críticas a la Ley Orgánica de 1879 surgieron en el Congreso de Educación Pública realizado en 1901. Entre ellas destacó la efectuada por Valentín Letelier, quien planteó las reformas que, a su juicio, requería dicha ley. La enseñanza universitaria era puramente profesional y utilitaria, su personalidad jurídica no estaba bien definida y llevaba una vida sin expansión. El Consejo debía ser reestructurado: darle las atribuciones necesarias y constituirlo por tres Consejos especiales, uno de Instrucción General, a cargo de la enseñanza primaria y secundaria; el Consejo de Instrucción Superior; y el Consejo de Instrucción Especial, para garantizar su eficiencia técnica. Podría así cumplir con lo dispuesto en el artículo 6, que entregó a ese organismo la Superintendencia de la enseñanza costeada por el Estado. Para fomentar la investigación, el cultivo de las letras, de las artes y contratar profesores, Letelier sostuvo que era preciso crear una fuente de entradas para la Universidad y conferirle algunas atribuciones para instituir premios, becas, conferencias y enseñanza. Al respecto, el entonces Rector de la Universidad, Manuel Barros Borgoño, sostuvo en 1902, que la defectuosa organización del cuerpo docente, la insuficiente autonomía de la Universidad y la carencia de recursos propios, eran los motivos que influían en la poco fecunda producción científica de la Casa Superior.
En su rectorado, Letelier presentó un proyecto para obtener fondos para la Universidad, gravando los trabajos, análisis y ensayes que se realizaban en los laboratorios y los derechos de exámenes, grados y títulos. La reducida ayuda económica que el Congreso y el Gobierno dispensaban a la Corporación fue destacada por el Secretario General Luis Espejo en 1904. Apenas se concedían fondos indispensables para el mantenimiento de sus servicios, y se llegó al extremo de no poder pagar las instalaciones eléctricas hechas dos años antes; los fondos destinados al pago de profesores examinadores fueron disminuidos. En cambio, se gastó medio millón de pesos en beneficio de la enseñanza particular y privada. Por su parte, el Decano de Filosofía, Domingo Amunátegui Solar, planteó otra dificultad provocada por la escasez de presupuesto: las bajas rentas de los profesores universitarios, que no les permitía dedicarse a la investigación científica. Como Rector, Letelier se dolía de esta deficiencia y trató de remediarla. Para impulsar la investigación intentó crear cátedras de duración transitoria y otras de carácter general, de esa formase abrirían campos de acción en la ciencia y la historia. Correspondía a las facultades, bajo la tuición de sus decanos, estimular la labor científica de sus profesores.
El deseo de fomentar la investigación fue compartido por el rector Gregorio Amunátegui (1923-1924), quien destacó el Seminario de Ciencias Económicas de la Facultad de Leyes como lo que podría llegar a ser el principio de un Instituto; y por Claudio Matte (1926-1927), que intentó promover los seminarios, "verdaderos talleres de ciencia, en que los jóvenes aprenden a trabajar e investigar bajo la dirección de sus profesores".
