Aunque -como hemos indicado- la ley universitaria de 1879 dio preferencia a los estudios profesionales, la investigación científica desinteresada continuó desarrollándose al interior de las facultades por iniciativa individual de sus miembros. Además, la ley conservó los certámenes literarios y las memorias sobre temas de historia nacional, pese a que esta disposición terminó por no ser aplicada. Por su parte, en los Anales prosiguió la publicación de memorias científicas y literarias, entre las que se incluyeron discursos de incorporación, memorias de prueba para optar a los grados de licenciado y artículos diversos sobre medicina, historia natural, derecho y otras materias.
Con la creación del Instituto Pedagógico la Facultad de Filosofía estimuló la investigación siguiendo los pasos del profesorado alemán recién contratado por el Gobierno. Así, se abrió una clase especial de historia documental de América y de Chile, a cargo de Luis Barros Borgoño, y más tarde de Alejandro Fuenzalida Grandón, que fue suprimida en 1896. Luego se proyectó un seminario con el fin de crear estudios de humanidades superiores que no tuviesen propósito utilitario. Mediante un convenio de intercambio de profesores con la Universidad de California, tomó el seminario Charles E. Chapman, trabajando con un grupo de estudiantes en la sección manuscritos de la Biblioteca Nacional, intento que tampoco pudo perdurar por falta de presupuesto. En 1923, el entonces Director del Instituto, Ricardo Poenich, propuso crear un seminario matemático, sin resultados.
En la Facultad de Medicina el esfuerzo de investigación se orientó a combatir las continuas epidemias que diezmaban a la población. El Gobierno procedió a enviar a Europa a destacados miembros de esa Corporación para estudiar bacteriología y algunas enfermedades infecciosas. En los Anales quedaron impresas estas preocupaciones en diversos artículos que describen las condiciones higiénicas de los hospitales, el tratamiento de la sífilis y el tifus exantemático y medidas de profilaxis para mejorar la higiene pública. En 1918, el profesor Juan Noé se dirigió a la zona del carbón para indagar las causas de la epidemia de anquilostomiasis; ese mismo año, desde la cátedra de anatomía patológica de la Escuela de Medicina se dio la voz de alarma de la epidemia de tifus que apareció en Santiago.
A pesar de la estrechez del presupuesto, la Facultad de Ciencias Físicas y Matemáticas logró desarrollar las observaciones astronómicas y magnéticas, las que fueron publicadas en folletos y en un Anuario, editado por el Observatorio. Las mediciones meteorológicas fueron recopiladas por la Oficina Central organizada en 1884, con datos recogidos desde los liceos de provincia y publicados en el Diario Oficial y en los Anales desde 1892, a cargo del profesor Alberto Obrecht.
Algunos miembros de la Facultad de Teología contribuyeron, a través de los certámenes bienales, con investigaciones de historia eclesiástica. Entre otras la obra de Domingo Cruz: La intervención de los eclesiásticos en la cosa pública ante la razón, la historia y la enseñanza de la Iglesia y la Biografía de Rafael Valentín Valdivieso, de Rodolfo Vergara, fueron premiadas por la facultad.
Por su parte, la Facultad de Leyes, además de publicar en los Anales los artículos de jurisprudencia preparados por sus miembros, creó con el aporte de Daniel Martner, un Seminario de Ciencias Económicas, que perseguía preparar a los alumnos para el trabajo científico independiente. En la misma facultad se fundó en 1918 el Seminario de Derecho Público, instituto que comprendió la historia del derecho a cargo de su director Enrique Matta Vial, quien promovió la investigación en temas de historia del derecho patrio chileno. Esta línea científica fue proseguida por Aníbal Bascuñán, designado director del seminario en 1930. Otra iniciativa valiosa fue la puesta en marcha del Seminario de Derecho Procesal en 1920, con Humberto Trucco, que contó con imitadores en el Curso Fiscal de Leyes de Valparaíso y en la recién inaugurada Universidad de Concepción.
Aportes individuales desarrollaron los profesores alemanes contratados para dictar clases en el Instituto Pedagógico y en la Escuela Normal. Rodolfo Lenz incursionó junto con Federico Hanssen en los estudios filológicos, é investigó en los campos de lingüística general, gramática comparada y folclore. A Jorge Schneider le correspondió divulgar los principios de la enseñanza práctica de la pedagogía en el Liceo de Aplicación, anexo al Instituto Pedagógico; y Guillermo Mann abrió un laboratorio de sicología experimental, con una escuela especial para tratar niños con retardo mental, dirigida por Max Beyer. A su vez, los profesores Schulze, Johow y Krüssel, iniciaron en 1892 una expedición botánica al archipiélago de Juan Fernández, que concluyó en la publicación de un volumen sobre la flora de la isla y dos artículos sobre el tema escritos por Johow. En historia natural sobresalieron Carlos Emilio Porter, Edwyn Carlos Reed y Rodulfo A. Philippi, Director del Museo, que desarrolló una vasta labor científica que quedó reflejada en más de cien artículos publicados por los Anales entre los años 1852 y 1901. Indispensable es citar los esfuerzos bibliográficos de Ramón Briseño, José Toribio Medina, Nicolás Anrique y la labor historiográfica de Domingo Amunátegui Solar y Tomás Thayer Ojeda.
Finalmente, miembros de la Facultad de Ciencias Físicas y Matemáticas desarrollaron un valioso aporte en sus especialidades: Luis Zegers Recasens y Roberto Pohlmann, en geología y meteorología; Karl Koning en resistencia de materiales, Francisco Vidal Gormaz en hidrografía y Fernando Montessus de Ballore, Director del Instituto Sismológico, en mediciones sísmicas.
