Durante la vigencia de la Ley Orgánica de 1879, fueron creadas cuatro universidades: la Universidad Católica de Chile, la Universidad de Concepción, y las Universidades "industriales" Federico Santa María y Universidad Católica de Valparaíso. Todas ellas, en virtud de lo dispuesto en el Estatuto, quedaron bajo la tuición de la Universidad de Chile. Lentamente, estos centros de educación superior iniciaron un proceso de autonomía que los desligó de la Universidad estatal, lo que en parte fue reconocido en la Ley de 1931.

a) Universidad Católica de Chile

Al ganar espacios el concepto de estado docente, la Iglesia y sectores católicos de la sociedad chilena, decidieron crear una universidad que, a su juicio, fuera capaz de garantizar la divulgación de los valores cristianos en la juventud universitaria. Fue así como, por decreto del entonces Arzobispo de Santiago, Mariano Casanova, fue fundada en 1888 la Universidad Católica. Como primer rector asumió Monseñor Joaquín Larraín Gandarillas.

Sus primeros cursos superiores fueron leyes, ingeniería y arquitectura. Surgieron después el Instituto de Humanidades, el Curso de Subingenieros y de Agronomía. En 1913 la Universidad ya contaba con una matrícula de 748 alumnos. A la Facultad de Comercio y Ciencias Económicas, iniciada en 1924, siguió la de Medicina en 1930 y la de Teología en 1935. Todos los cursos aumentaron rápidamente su matrícula, a excepción de las carreras de ingeniería que, al igual que sus similares de la Universidad de Chile, tenían poca demanda. De acuerdo a la ley universitaria, los exámenes se rendían ante comisiones designadas por el Consejo de Instrucción Pública.

Corría el año 1904, cuando en El Porvenir de Santiago se dio cuenta que la Universidad Católica había otorgado el título de licenciado a un alumno de leyes. De inmediato, el Secretario General, Luis Espejo, lo denunció como una usurpación de las atribuciones especiales que la ley de 1879 confirió a la Universidad de Chile. El grado de licenciado en Ciencias Jurídicas y Políticas sólo podía ser otorgado por la facultad respectiva de la universidad estatal y era requisito para optar al título de abogado que entregaba la Corte Suprema.

En su búsqueda de autonomía, la Universidad Católica logró ser reconocida como cooperadora de la función educacional. Pero, según el decreto respectivo continuaba siendo de dirección y responsabilidad del Estado, el otorgar grados y títulos de enseñanza. La ley de 1931 reconoció los logros alcanzados por las otras universidades que existían antes de su dictación, pero determinó que se exigiría títulos profesionales otorgados por la Universidad de Chile para la práctica autorizada de la profesión de abogado, médico-cirujano, de farmacéutico o dentista y para ejercer la enseñanza en establecimientos de educación secundaria del Estado. Los alumnos de estas universidades que rendían exámenes para optar a esos títulos debían hacerlo ante comisiones especiales nombradas por la Universidad del Estado y así lo reconoció el Reglamento General de la Universidad Católica. Las autoridades de esta institución entendieron que los demás títulos podían ser otorgados por ella. Pero la reglamentación que reguló el ejercicio de las profesiones sólo tardíamente reconoció títulos conferidos por la Universidad Católica: en 1942, para la profesión de arquitecto; en 1951, el de practicante y profesor de enseñanza secundaria; y en 1953, el Congreso aprobó una ley que dio a esta Universidad la facultad de conceder el grado de licenciado en Ciencias Jurídicas. Un dictamen de la Contraloría, de 1953, negó validez al título expedido por la Escuela de Servicio Social "Elvira Matte de Cruchaga", anexa a la Facultad de Ciencias Jurídicas y Sociales de la Universidad Católica. Se volvía así a la situación anterior. El Consejo de la Universidad de Chile aprovechó la ocasión para negar a las nuevas universidades el derecho a entregar títulos profesionales.

b) Universidad de Concepción

En 1916, el Rector del Liceo de Concepción, Enrique Molina, junto a un grupo de connotados vecinos de la ciudad, pidió al Consejo autorizara al liceo para recibir las pruebas finales que se rindieran para obtener los grados de bachiller en Humanidades y Leyes. De esa forma, decía la solicitud, los estudiantes economizarían el viaje a Santiago. El Consejo aceptó nombrar comisiones examinadoras y acordó que el sorteo de cédulas se hiciera ante el Rector, que entregaría los diplomas. Sólo podrían presentarse los alumnos que hubieran hecho sus cursos, o por lo menos el 6° año de Humanidades, en liceos fiscales o particulares de Ñuble al sur. Los postulantes a bachiller en Leyes debían ser estudiantes del curso del Liceo de Concepción y haber rendido satisfactoriamente el tercer año. En diciembre de 1917 recibieron sus diplomas los primeros bachilleres. Ese año se organizó un Comité que buscó la fundación de una universidad en la ciudad. Para reunir fondos, se realizaron colectas, las colonias extranjeras organizaron fiestas y se formó un "Centro Dramático", dirigido por el estudiante Juvenal Hernández, que salió en gira con ese mismo propósito. Esta iniciativa encontró el apoyo de la Facultad de Medicina, con su decano accidental Octavio Maira, pero también provocó inquietud en otros consejeros. El proyecto que contemplaba la creación de la nueva universidad estaba en el Congreso y otorgaba autonomía administrativa, económica y docente al Rector, entregándole de hecho la dirección de la enseñanza en la zona sur. Quedaba lesionada así, la labor de superintendencia del Consejo, que propuso se le permitiera la revisión del proyecto. En 1919, el Comité Pro Universidad solicitó el nombramiento de comisiones examinadoras para que recibieran las pruebas anuales de los alumnos de primer año de los cursos de Dentística, Farmacia y Pedagogía en Inglés. El Consejo respondió pidiendo se remitieran los programas de estudio, horarios de cada una de las clases, programas detallados de los trabajos prácticos, nómina de los profesores y ayudantes con antecedentes que acreditaran su preparación y condiciones de ingreso a cada carrera. Determinó, además, enviar una comisión para que le informara. El Comité sostuvo que los cursos se atenían a los programas vigentes en la Universidad de Chile y acompañó listas de alumnos que asistían a cada una de las asignaturas de botánica, física y química de la Escuela de Farmacia; prótesis dental, operatoria dental, histología y anatomía en el primer año de Dentística; y de inglés y de lingüística general del curso de Pedagogía en Inglés. Insistió en el nombramiento de las comisiones examinadoras. La Comisión del Consejo quedó compuesta por el decano de Medicina, el director de la Escuela Dental y un profesor de Farmacia.

Los comienzos de la Universidad de Concepción fueron penosos; en la denominada Escuela Dental, que ocupaba dos salas de una vetusta casa, el único sillón disponible provenía de la peluquería del club de la ciudad y varios profesores dictaron sus clases ad honorem o recibiendo escasas remuneraciones. A comienzos de 1921, el Comité Pro Universidad propuso el establecimiento de las "donaciones con sorteos", comienzo del juego llamado Lotería de Concepción y logró su legalización, solucionando el problema del financiamiento para la nueva universidad.

La Comisión del Consejo informó favorablemente de las actividades que realizaba la naciente universidad. Asistió a las clases e interrogó a los alumnos, detectando que aún faltaban materiales de enseñanza en el laboratorio de física. El Curso de Farmacia poseía una "Farmacia Modelo", donde los estudiantes realizaban su práctica reglamentaria, y el reducido número de alumnos -en opinión de la Comisión- permitía a los profesores una mayor vigilancia. El pago de la enseñanza (300 pesos anuales por alumno), estimulaba a los estudiantes a aprovechar mejor su tiempo y aumentar su dedicación al estudio. Los exámenes del Curso de Dentística fueron tomados por Germán Valenzuela y se presentaron 37 postulantes, siendo reprobados sólo 5 de ellos. El establecimiento mejoró sus instalaciones y su profesorado, y Valenzuela sostuvo que en él "había laboriosidad y disciplina". En el resto de los cursos el número de reprobados fue de un 10 a un 12% . El Curso de Medicina partió en 1924 con una matrícula de 360 alumnos para el primer semestre, alrededor de 70 provenían de liceos que funcionaban al sur del río Maule. El rector Enrique Molina informó al Consejo que el nuevo curso funcionaría en el local de la Escuela de Farmacia, la enseñanza y práctica de la anatomía se haría en el pabellón de la Escuela Dental, que sería ampliado. Anexo al pabellón se construyó un anfiteatro para la sala de clases, salas para el profesor y ayudantes, ropería y depósito para la conservación de cadáveres. Las cátedras de zoología y botánica serían dotadas de material de enseñanza. La asignatura de química contaba con amplios laboratorios y material didáctico adquirido en Alemania.

c) Universidad Católica de Valparaíso

Isabel Caces de Brown legó a sus hijas Isabel Brown de Brunet y Teresa Brown de Aristía, 1,5 millones de pesos, para destinarlos a fines benéficos sin fijarles ninguna obra determinada. Después de repartir medio millón de pesos entre instituciones de caridad, resolvieron dejar el resto para establecer una Universidad comercial e industrial en Valparaíso. La nueva Universidad abrió sus puertas en marzo de 1928 con dos facultades: de Industria y de Comercio y Ciencias Económicas, e impartió cursos libres de idiomas y ramos prácticos de comercio y cursos nocturnos industriales para obreros y empleados. Fue reconocida como universidad particular industrial por decreto número 5879, de 13 de diciembre de 1929, junto a la "Fundación Federico Santa María"