El rectorado de Juvenal Hernández puso fin al período de crisis y agitación que convulsionó a la Universidad de Chile por algunos años, dando inicio a una gestión caracterizada por la fecundidad, paz y entendimiento. En veinte años intentó poner en práctica en esta Casa de Estudios el pensamiento del rector Valentín Letelier, cuya obra por razones circunstanciales quedó inconclusa. La mayor autonomía otorgada a la Universidad por el Estatuto de 1931 creaba condiciones más propicias para cumplir aquel propósito.
Con la colaboración de destacadas figuras universitarias como Domingo Amunátegui Solar, Gustavo Lira, Amanda Labarca, Armando Larraguibel, Domingo Santa Cruz y Arturo Alessandri Rodríguez el nuevo rector se propuso hacer de esta Corporación un centro cultural, científico y social.
A su juicio, los esfuerzos de la Universidad no debían orientarse sólo a la formación de profesionales, como había ocurrido -salvo algunas excepciones- desde la aplicación del Estatuto de 1879, sino también al apoyo y fomento de la investigación. "En nuestra enseñanza -decía- ha dominado como base fundamental de los estudios el aspecto profesional de tradición napoleónica, estamos absorbidos por el pragmatismo y hemos dejado sin estímulo el alma de la Universidad, esto es, el incansable anhelo de descubrir e investigar. Los maestros, hombres cargados de ciencia, grandes eruditos, glosadores distinguidos, no han estimulado suficientemente en sus alumnos la rebeldía espiritual que investiga, progresa y escudriña, y así se explica la notoria carencia de exploración y creación; ni siquiera hemos arrancado verdades nuevas a nuestra propia vida.
Lo que debe dominar en los estudios universitarios es el cultivo de la inteligencia en la investigación científica, el propósito irreductible de descubrir la verdad por sí misma, la aspiración inquebrantable de descifrar lo desconocido" .
Por ello, y de acuerdo con lo prevista en la Ley Orgánica, Juvenal Hernández estimuló decididamente la creación de nuevos institutos, laboratorios, seminarios y bibliotecas, y la ampliación de los ya existentes. Apoyó, asimismo, el establecimiento del cargo de profesor de jornada completa y dedicación exclusiva, indispensable para que estos centros de investigación -que requerían de personal especializado- realizaran una labor efectiva y de real trascendencia.
Según su programa la acción de la Universidad debía desarrollarse sin perder de vista la realidad nacional. "Es un hecho innegable -planteaba- que los mejores exponentes de nuestra cultura, que los frutos más distinguidos y excelsos de esta Corporación, orgullo de la tradición universitaria, transmiten las enseñanzas de las ciencias, las artes y las letras a través del intelectualismo europeo. No tenemos, en cambio, verdaderos expertos en los asuntos de la propia nacionalidad, hombres que conozcan a fondo los intereses y las exigencias de nuestro pueblo". "Esta es, sin duda, una de las manifestaciones más dramáticas de la crisis educacional; la enseñanza está desvitalizada y se hace indispensable sacudir el yugo de las imposiciones extrañas, proveyéndonos de elementos forjados en nuestras propias fraguas espirituales".
Por otra parte, los conocimientos acumulados por la Universidad tenían que, necesariamente, ser irradiados al mundo exterior, más allá de sus claustros, pues de lo contrario no cumplía con los altos ideales propuestos para ella. La Corporación tenía responsabilidades adquiridas con la sociedad a la que pertenecía y debía crear las alternativas de comunicación pertinentes para que su misión civilizadora y su fuerza creativa no cayeran en el vacío. De ahí la gran importancia que el rector Hernández concedió a los trabajos de extensión universitaria, materializados por las Escuelas de Temporada y el Departamento de Extensión Cultural. Según su criterio fue ésta una de las iniciativas más valiosas emprendidas bajo su administración, ya que permitió la actualización de los conocimientos de sus egresados y la difusión de la cultura de un vasto sector de la sociedad. Contribuyó con este propósito el hecho de que por esta época la Universidad concentraba la mayor parte de sus actividades en Santiago, y no había comenzado su expansión a provincias.
La interacción propiciada con el medio social extrauniversitario no debía entenderse, sin embargo, como un menoscabo en la autonomía de la Universidad en ninguno de sus aspectos, docente, administrativo o económico. El decisivo rol que a ella correspondía en el progreso nacional demandaba una independencia plena. "El estudio desapasionado de la ciencia -dijo el rector al asumir sus funciones- exige del que lo practica la libertad necesaria para exponer y criticar todas las doctrinas. La seguridad de su independencia espiritual engendra en los maestros y alumnos un sentimiento de responsabilidad que les hace honrar exclusivamente la sabiduría y el mérito, colocando la alta cultura del pueblo al margen de los caprichos de la política". "Las instituciones públicas pueden caer -agregaba- y transformarse sufriendo las contingencias del estado social y político del país; pero la Universidad cuyo objetivo se pierde en el infinito, que sirve al interés supremo del grupo social debe mantenerse siempre en funciones haciendo la labor silenciosa de los que buscan el ideal frente a las zozobras de la realidad".
Para medir las dimensiones de la obra emprendida por Juvenal Hernández baste recordar como era la Universidad al momento de tomar su dirección. Según sus propias palabras "imperaba en ella la preocupación profesional y académica; la memorización y la clase magistral eran su método, y la graduación de profesionales capacitados, su objetivo". Se abocó, entonces, al trabajo de modernizar la docencia a través de la revisión y reforma de los planes de estudios y los reglamentos de las escuelas universitarias y anexas. Para cumplir mejor esta tarea de preparar profesionales -labor que no descuidó a pesar de su deseo de ampliar los esfuerzos de la Universidad hacia otros ámbitos- dotó a algunas escuelas de locales nuevos y confortables.
Esta obra material fue posible gracias a la creciente ayuda económica que las autoridades de Gobierno otorgaron a la Universidad en esos años y a las leyes especiales que la favorecieron. La mayor amplitud y comodidad de los locales permitió el aumento de la matrícula universitaria que alcanzó a más de 14 mil estudiantes en 1953. Además, ante la consolidación de algunas escuelas, varias de ellas se transformaron en nuevas facultades, para llegar al número de doce al término de su rectorado. Respecto al profesorado, procuró la extinción del catedrático improvisado, de conocimientos especializados pero carente de vocación o condiciones pedagógicas, reemplazando este inconveniente por una formación sistemática y gradual del, profesor.
El nuevo rector también manifestó una gran preocupación por el alumnado. Una relación de cordialidad y entendimiento era crucial para instaurar un clima de tranquilidad que permitiera el desarrollo normal de las actividades universitarias. Fruto de esta política fueron "las becas a los estudiantes de provincias, la ayuda por medio del Bienestar Estudiantil para la impresión de memorias, el establecimiento del Servicio Médico, el reconocimiento del club Deportivo y el fomento en general de las actividades del deporte".
En suma, al término de sus veinte años de administración, la situación de la Universidad era ampliamente satisfactoria, y esto a pesar de las dificultades generales por las que atravesaba el país. Un ejemplo del buen pie en que entonces se hallaba la Corporación era el aspecto económico. En los últimos ejercicios financieros los ingresos fueron mayores que los previstos y ello permitió a la Universidad no tener necesidad de recurrir al Fisco en demanda de suplementos para el cumplimiento de sus funciones.
