El marqués de Baides hizo repetidas súplicas al rei para que le relevase del gobierno de Chile. Accedió su majestad i nombró para que le sucediese a don Martin de Mujica, de la orden de Santiago, que sirvió en Flandes de capitan, sarjento mayor i teniente de maestre de campo i fué excelente militar. Pasó a la ciudad de Lima por la ruta de Panamá i de allí se condujo al puerto de la Concepcion, donde tomó posesion de su gobierno (mayo 8 de 1646). Procuró orientarse en el estado de su gobierno. Vio que las negociaciones de paz habían tomado buen temperamento i le pareció era en aquel tiempo la época en que podia verificarse en Chile una jeneral tranquilidad, i con ella poner fin a tan dilatada, sangrienta i gravosa guerra, que tenia exhausto el real erario i no dejaba lugar al aumento de las poblaciones, ni permitía medrar a sus vecinos. Se dedicó a conseguirla con todos los esfuerzos de su cuidado. Pasados los días destinados a la celebridad de su llegada i desembarazado de la residencia del antecesor, comenzó a poner en ejecucion sus ideas. Dio libertad al capitan Chicaguala i a otros indios principales que el marqués de Baides hizo prisioneros en su última campaña., i se sirvió de ellos para convocar a los demas que con la mutacion de gobierno se habían inquietado sin otro mérito que el de su carácter receloso i demasiado propenso a la novedad.

Por otra parte, al mismo tiempo envió al veedor Villalobos para que tratase con el gobernador de Valdivia sobre la pacificacion del butanmapu o canton de aquel distrito. Despachado Villalobos, salió el gobernador para la capital a recibirse de presidente de la Audiencia i entró en ella con lucido acompañamiento (setiembre 26 de 1646) compuesto de aquel tribunal, del Ayuntamiento i del vecindario noble, seguido de innumerable pueblo. Recibido de la presidencia, se entregó con desvelo al cumplimiento de sus deberes i a su ejemplo todos desempeñaban los cargos de su obligacion.

Luego que llego a la capital dispuso que el padre Juan de Moscozo, de la estinguida Compañía de Jesus, se incorporase con Villalobos; i encargado de la misma negociacion, pasase a la parte del sur del Riobueno a, tratar de la paz con los indios cumcos (1646). El padre Moscozo fue hasta la arruinada ciudad de Osorno conducido de los caciques de la Mariquina i de Valdivia. Trató con ellos los asuntos de su jornada i hubo mala intelijencia, pero no la penetró el jesuita.

A Villalobos le fue peor en su embajada (1646) Tuvo una asamblea con los caciques de la Mariquina i demas provincias confinantes. Entraron por las proposiciones de paz que admitieron sin dificultad. Pasó a la ciudad de Valdivia en prosecucion de su legacía i fué bien recibido de los caciques de aquel distrito, aunque no procedian con sinceridad. Concluida la comision, regreso para la ciudad de la Concepcion i en la marcha Curiguangue, Catimahuel i Mariantú, caciques de Callecalle i Cayumapú intentaron quitarle la vida i se libertó de sus acechanzas, refujiándose bajo la autoridad de los de la Mariquina que estuvieron de buena fe.

Ya perdia el gobernador las esperanzas de conseguir la deseada paz i resolvió volver a la frontera. Pidió al Ayuntamiento de la capital le diese jente para la guerra, en que presumia le habian de empeñar los indios i sin poner mayor instancia salió para la ciudad de la Concepcion (noviembre de 1646). El padre Moscozo i Villalobos le dieron individual noticia del estado de la negociacion que les encargó, i no obstante las malas resultas que esperimentaron, todo se llevó a buen fin con la prudente sagacidad del gobernador. Tendió este jefe las miras de sus ideas por otro lado. Les convidó para un parlamento jeneral, en que los indios se interesan por las dádivas que recojen i fue medio eficaz para suavizar la tenaz resistencia de los caciques que estaban poseidos del espíritu de inquietud. Entraron por este partido i se determinaron a concurrir a la asamblea para que eran convidados.

Convencidos todos los butanmapus, se asignó para su celebracion el valle de Quillin i estuvieron en él para el dia prefijado treinta i nueve caciques i treinta i seis capitanes de los de mayor fama. El gobernador nombró de maestre de campo a Juan Fernandez Rebolledo i de sarjento mayor a Ambrosio de Urra, i salió de la frontera para el mismo paraje a la testa de cuatro mil hombres. Al siguiente dia de su llegada (febrero 24 de 1647) se estuvo el congreso, i ratificáronse las paces sobre los mismos ignominiosos tratados que estableció el marqués de Baides, restaurador de la independencia que comenzó a establecer el padre Luis de Valdivia.

No faltaron al congreso Curiguangue, Catinahué i Mariantú i reconvenidos por el insulto que hicieron al veedor Villalobos se vieron en la indispensable necesidad de confensarlo i ocurrieron tambien a la necesidad de pedir indulto: no les fue concedido; i de comun acuerdo i pleno conocimiento de todos los caciques i capitanes de guerra de su faccion, resolvió el gobernador fuesen degollados i puestas sus cabezas en los caminos públicos para escarmiento. Se ejecutó la sentencia i no tuvo buenas consecuencias aquella intempestiva, sanguinaria determinacion.

Hechas las paces, se retiró el gobernador a la ciudad de la Concepcion i los indios pasaban tambien a ella i su frontera con mucha frecuencia, i trataban con demasiada familiaridad i libertad con las indias de servidumbre ya cristianas i educadas en el catolicismo. De este trato i frecuente comunicacion resultaba un mutuo convenio de seguirles i volver al barbarismo. Ocurrian los caciques e indios principales al gobernador, demandándolas con pretesto de parentesco, solicitando por este título su restitucion. Aquel jefe no se detenia en semejantes condescendencias; tan opuestas al bien de la relijion i del Estado i a las piadosas intenciones de nuestros monarcas, repetidas veces espresadas en las leyes de Indias. El reverendo obispo de la Concepcion se opuso viribus et armis a estos perniciosos indultos. Entraron en escandalosas competencias i el desorden del gobierno subió tanto al punto, que mandó el prelado estender un edicto prohibiendo el regreso de los indios católicos a tierras de los que permanecen en la ciega infidelidad. Lo hizo publicar en circunstancias de hallarse los dos gobernadores i obispos en la iglesia Catedral. Se levantó aquél con arrogancia para salir del templó, pero le contuvo el obispo con uña vehemente exhortacion que le hizo, i como hijo obediente de la Iglesia volvió a tomar su silla. Escuchó con humildad el edicto i la exhortacion, i concluida la misa, acompañó al obispo hasta dejarle en su casa. Correspondió el prelado la visita con relijiosa cortesía i se hicieron amigos en aquel momento; mas todo fué ceremonial. No tuvieron fin las desaveniencias, que duraron hasta el sepulcro del gobernador.

Estas competencias fueron seguidas i aun acompañadas de un informe del gobernador al soberano. Hace ver a su majestad que los indios solo en el nombre eran cristianos: que ni aun sabian rezar el texto de la doctrina i que era engaño todo cuanto los jesuitas hablaban de sus conversiones a la relijion. Aquellos relijiosos procuraron vindicar su conducta con la falta de templos en las provincias interiores para instruirlos; i trataron de captarla voluntad del gobernador, que supieron ganarla, i de este modo embotaron los filos de su pluma.